AI 制药日报 · 2026 年 10 月 20 日 · 星期二
下一分子
Arc Institute团队在Cell发表scBaseCount：AI智能体构建5.02亿细胞单细胞转录组数据库
Arc Institute的Yusuf H. Roohani和Hani Goodarzi团队在Cell发表scBaseCount，用AI智能体SRAgent从SRA挖掘并标准化重分析10× Genomics单细胞数据，汇集超过5.02亿个细胞、覆盖27个物种和75种组织。
蛋白质与大分子设计
Baker Lab 用 RFdiffusion-AA 与 LigandMPNN 从头设计选择性光酶
Baker Lab 等利用深度学习设计方法 RFdiffusion-AA 和 LigandMPNN 从头生成光酶，将作为非天然氨基酸引入的二苯甲酮光敏剂精确置于喹诺酮底物附近，催化热禁阻的 [2+2] 环加成，立体选择性达 99% e.e.、区域选择性为 9:1 r.r.。
从头设计钒卤过氧化物酶VAN1，可催化芳香底物溴化
研究团队利用机器学习引导的流程从头设计出20 kDa蛋白VAN1，可结合VO43-并溴化L-酪氨酸等活化芳香底物。X射线晶体结构与计算模型吻合，结构引导的突变使VO43-亲和力提高15倍、溴化活性提高2.6倍，与辅因子占据率变化定量一致。VAN1在纯有机溶剂中保持折叠，在水/有机混合体系中活性明显高于水相，作者称其为从头设计催化C-X键形成酶的首个例子（预印本摘要）。
UniBindMD在bioRxiv复盘BindCraft2环肽设计627条轨迹零命中
深圳UniBindMD在bioRxiv复盘用BindCraft2 v1.0.3环肽模式针对人LDHA表面K81乳酰化附近表位的两轮设计，627条轨迹无一进入接受池，609条（97.1%）停在最早的screen阶段。
小分子与计算化学
Nature Chemical Biology一手Nature Chemical Biology 研究以257个单原子修饰类似物建立配体优化背景预期
Xu 等人对6个靶点的18个先导分子做甲基化、卤化、羟基化和芳环碳氮替换等单原子修饰，合成并测试了257个类似物，为配体优化建立随机背景预期。其中11.3%的小扰动使靶点活性提升10倍及以上，但效力提升常伴随微粒体稳定性、渗透性或游离血浆比例下降。预测效力和药代变化的计算方法与实验定性一致，但仍不足以替代实验；对α2A肾上腺素受体激动剂增加一个甲基使亲和力提升52倍，并在体内镇痛上优于母体分子。
AI 虚拟细胞与扰动预测
研究审计单细胞扰动模型的置信度校准基准
研究构建了单细胞扰动模型评测框架，覆盖 Norman 2019 与 Replogle 2022 两个数据集、六种数据集-划分组合、scVI、CPA 与线性 Ridge 三个模型及 MC dropout、分位数回归、分裂共形预测三种不确定性量化方法，再用此前未纳入的零基线审计该框架。
Scripps与OpenAI等用近两千个Agent分析小鼠脑图谱扰动，预印本报告单靶点约32分钟
Scripps、OpenAI、PerturbAI 等团队在 bioRxiv 预印本中让约2,046个独立 Agent 分别分析覆盖超770万个细胞核、1,947个疾病相关基因的小鼠脑图谱扰动，报告单靶点任务平均耗时32.8分钟、中位数31.6分钟，并非整条流水线32分钟跑完。
管线与临床进展
英矽智能世界镇痛日披露非成瘾性疼痛候选药物ISM9528临床前数据
英矽智能在2026年世界镇痛日披露，其生成式AI平台Pharma.AI发现的靶点Target Z对应的口服小分子抑制剂ISM9528已于2026年7月提名为临床前候选化合物，用于疼痛管理。
商业与生态合作
剂泰科技与礼来达成LNP递送合作，首付款逾千万美元、里程碑最高11亿美元
剂泰科技宣布与礼来达成战略合作，聚焦新型LNP递送解决方案的研究与发现，探索支持多种治疗模式的组织特异性递送。剂泰科技将收取逾千万美元首付款，并有资格获得总额最高可达11亿美元的开发、监管及商业里程碑付款，以及基于合作产品年度净销售额个位数百分比的分级特许权使用费。剂泰将依托NanoForge驱动的AiLNP平台开展可离子化脂质发现与优化，礼来投入药物发现、开发及商业化资源。
前沿论文与基准
研究用智能体LLM构建可及人类表面蛋白组数据库并发布SurfaceBench基准
研究团队用智能体LLM流程从文献中整理可及人类表面蛋白组，并构建SurfaceBench基准，该基准包含147个五个参考数据库常存分歧的蛋白。作者称其LLM分诊智能体在表面状态分类上比现有数据库更准确，并找回1,108个未见于任一数据库的候选表面蛋白；在留出的临床与病毒入侵表面靶点上，流程找回98-100%的已知表面抗原。
RegDesign-Bench：细胞类型特异性调控DNA设计方法的标准化评测框架
研究团队提出 RegDesign-Bench，一个用于评测细胞类型特异性顺式调控元件设计的标准化计算框架。在所测试的方法中，预测活性强并不总伴随细胞类型选择性可及性或显著的细胞类型相关基序信号，与参考序列分布相似也不保证目标细胞活性或特异性高。作者据此指出，单一指标上的良好表现未必能推广到其他调控属性和文库特征，各方法存在依赖应用场景的优势与局限。
Nature Chemical Biology一手Gray等开发anti-CRISPR–CRISPR转录报告系统检测蛋白降解
Gray等开发了一个anti-CRISPR–CRISPR转录报告平台，将蛋白降解转化为转录输出：把目标蛋白（POI）连到AcrIIA4上，POI经dTAG或PROTAC降解后AcrIIA4减少，dCas9-VPR得以激活TRE响应报告基因，从而产生灵敏且被放大的信号。