AI 制药日报 · 2026 年 11 月 6 日 · 星期五
下一分子
Nature发表structRFM：中国科大等让RNA基础模型同时学习序列与结构
中国科学技术大学、浙江大学等机构在Nature发表RNA基础模型structRFM，在预训练中通过结构引导掩码语言建模同时学习序列与碱基配对关系。
蛋白质与大分子设计
AlphaEnzyme：以催化知识引导酶发现与进化的酶基础模型
作者提出酶基础模型 AlphaEnzyme，将酶与其反应的结构化表征结合，同时读出催化兼容性、动力学和突变响应。在时间分隔基准上，其 top-1 催化剂检索成功率为 30.1%，最强基线为 17.2%；与动力学训练集序列一致性不超过 40% 的酶上，米氏常数预测秩相关最高达 0.64。
Gilead团队在Nature报道工程化TYK2依赖实现髓系选择性IL-10受体激动
美国吉利德科学公司的Tangsheng Yi、Chen Chen与Chingwei V. Lee团队在Nature发表研究，发现髓系细胞与T细胞对IL-10信号的TYK2依赖程度不同，并据此设计出四价纳米抗体构成的髓系选择性IL-10受体激动剂。
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手Pev：跨蛋白家族的单次并行查询突变选择策略
作者提出Pev，一种从跨家族实验数据学习、在单次并行查询中决定下一步突变或停止的通用突变策略，无需针对目标家族拟合模型权重。在留出家族的十孔筛选实验中，Pev找到的有益突变数量为随机选择的3.3倍、为零样本ESM-2的1.8倍，并在留出的GB1景观闭环搜索中优于用目标测量重新拟合的岭回归替代模型。
Anthropic用Claude绘制细菌源Vault三维结构，筛选150亿条序列
Anthropic宣布其生物学研究团队与Claude合作，绘制出细菌源Vault（囊泡样蛋白颗粒）的三维结构图，项目耗时不到4个月。团队用Claude Science分析约150亿条预测蛋白质序列，挑出44个序列做实验测试，其中15种产生可溶性蛋白、7种组装成Vault样颗粒、4种经冷冻电镜确认具有Vault结构。
AI 虚拟细胞与扰动预测
CellType推出BioSimBench细胞响应预测评测体系与BioSimGym训练环境
CellType推出BioSimBench，用真实实验数据评测模型对药物处理、基因敲低和免疫信号等干预后基因表达变化的预测，共设四个预测赛道和一个工具型科研智能体赛道。
前沿论文与基准
RPI-Zero：零样本RNA-蛋白质互作预测模型与严格基准
作者提出RPI-Zero，一个仅用序列、可联合读取全长蛋白与RNA（最长4096 token）的零样本RNA-蛋白质互作预测模型，并用共享motif原型描述蛋白以覆盖未见蛋白。
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手智能体文献抽取扩充靶向蛋白降解数据库
研究提出专家在环的大语言模型工作流，用交叉验证的提示优化模块从少量专家标注中学习抽取指令，仅用7篇分子胶文献即达到记录级F1=0.98，仅替换术语即迁移至PROTAC（F1≥0.93）。
预印本：AlphaFold 3 的 ipTM 用于全蛋白质组老药重定向仅与 BANDOCK+ 持平
一项预印本研究将 AlphaFold 3 的界面拓扑评分 ipTM 直接作为全蛋白质组药物重定向的亲和力指标，在 1,103 个双方均成功建模的蛋白上取得 nAIA 10.13、NDCG 0.056，十年前基于同源模板的 BANDOCK+ 为 nAIA 9.93、NDCG 0.054，两者总体近乎重合。
算法工具与系统
临港实验室与上海人工智能实验室推出元生·自驱动实验室平台AutoLab
临港实验室与上海人工智能实验室联合推出基于OriBench的自驱动实验室平台AutoLab，打通从计算推演到实验验证的干湿闭环。平台融合OriGene智能体、实验室操作系统LabOS、具身智能与科研数据体系，各组件MCP工具化，设备经ADK套件与SCP-Lab协议接入后可被智能体调度复用。
LigandFF：基于公开算法开源复现CGenFF原子分型与参数分配
LigandFF 依据已发表的算法和公开的 CGenFF 5.0 拓扑、参数与电荷增量文件，开源复现了 CGenFF 的原子分型、键电荷增量赋电荷与类比参数迁移流程，可输出 CHARMM stream、PSF 及 OpenMM、GROMACS 输入。