AI 制药日报 · 2026 年 10 月 23 日 · 星期五
下一分子
蛋白质与大分子设计
斯坦福团队在bioRxiv发布ProVADA：引导蛋白适应细胞质并降低HLA-I结合肽
斯坦福大学Xiaojing J. Gao、Wing Hung Wong等团队于10月18日在bioRxiv发布预印本，提出ProVADA框架，用固定的ProteinMPNN生成多位点改造序列、外部评分器评价完整序列，再由MADA种群退火引导搜索。
ACS JCIM (化学信息与建模)一手AlphaFold3 伪系综可捕捉短淀粉样肽的 β 折叠组织与结构多样性
【摘要级】研究测试 AlphaFold3（AF3）模型集合（伪系综）能否预测短淀粉样肽的 β 折叠组织，在 117 条有明确偏好的肽中正确判定 112 条平行或反平行取向。对多态肽 MVGGVVIA 和 LYIQWL，同时采样两种组织可作为结构多样性的信号。作者指出，精确的 steric-zipper 结构建模可靠性较低且偏向紧凑构象，在共溶剂和金属离子存在下也无法再现溶剂介导界面或非经典配位几何。
从头大环肽筛选获CXCR4选择性拮抗剂，抑制趋化因子驱动迁移与HIV入侵
研究用随机非标准肽整合发现（RaPID）筛选靶向趋化因子受体CXCR4的从头大环肽配体，获得以纳摩尔亲和力结合正构口袋的CXCR4选择性拮抗剂。活性最强的肽可抑制受体信号、抑制趋化因子驱动的细胞迁移并阻断CXCR4介导的HIV入侵。作者据此认为结构极简的A类GPCR同样可作为从头环肽发现的靶点，该结果为预印本摘要报告。
管线与临床进展
Recursion与赛诺菲合作首个候选药物被赛诺菲纳入开发管线
Recursion宣布，其与赛诺菲多项目合作中的首个开发候选药物已被赛诺菲行使选择权纳入开发管线，该潜在first-in-class双靶点口服小分子计划于2027年启动1期临床试验。
前沿论文与基准
Varformer：整合错义变异与基因特征的人群规模药物靶点与变异优先级排序
研究团队提出多模态 Transformer 模型 Varformer，通过跨模态注意力整合错义变异的上下文表征与基因层面特征，用于药物靶点与变异优先级排序。模型在四个遗传祖先群体中以阳性-未标注学习训练，在三个难度递增的基准上 precision@20 分别为 0.95、0.86 和 0.48，在最难基准上比逻辑回归消融高 20%、比 DrugnomeAI 高 23%。
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手SGRPO：用超组相对策略优化拓展生物分子生成的效用-多样性前沿
研究提出超组相对策略优化（SGRPO），从集合级多样性直接构造奖励，并按留一法把组多样性奖励分配给单条采样，再与效用奖励结合。作者在从头小分子设计、基于口袋的小分子设计和从头蛋白质设计三个设置中，以 GRPO 与 Coupled-GRPO 实例化，覆盖自回归与离散扩散生成器；解码扫描显示 SGRPO 扩展了效用-多样性帕累托前沿，并在前沿级指标上优于基线。
Nature Reviews Drug Discovery对话OpenBind：以开放蛋白质-小分子数据填补AI药物发现缺口
《Nature Reviews Drug Discovery》发表科学记者Asher Mullard对牛津大学教授、OpenBind项目联合负责人Charlotte Deane的访谈，讨论AI为何尚未在小分子药物发现中复制AlphaFold的成功，核心判断是瓶颈已从模型转向数量充足、分布合理且同时包含结构与结合强度的数据。
算法工具与系统
上海人工智能实验室等提出 DrugHarness：亲和力比较准确率从 62.2% 升至 81.1%
上海人工智能实验室、中国药科大学等机构发布预印本 DrugHarness，将 80 多项科学工具的执行与带条件的技能学习整合到同一智能体系统中。加入冻结领域技能后，Qwen3.7-Max 在 MolBench 的亲和力比较准确率从 62.2% 升至 81.1%，优化成功率从 79.5% 升至 87.2%，但虚拟筛选 Hit@3 从 60% 降至 48%。
Pose：仅依赖 NumPy 的手性感知分子结构构建与操作引擎
作者发布 Pose，一个仅依赖 NumPy 的 Python 库，可从序列构建多肽（含六种非天然氨基酸）和核酸双链，并以字母大小写设定残基手性。
Insilico Medicine 英矽智能一手英矽智能推出 inClinico Agent，加速临床试验分析与终点预测
英矽智能推出 inClinico Agent，将自然语言问题转化为端到端临床分析工作流，把复杂临床格局分析从数月压缩至分钟级。