AI 制药日报 · 2026 年 10 月 31 日 · 星期六
下一分子
Ginkgo Datapoints开放ReFRAME化合物库DRUG-seq数据，覆盖12,949种化合物
Ginkgo Datapoints旗下虚拟细胞药理学计划（VCPI）于2026年10月27日开放ReFRAME化合物库的DRUG-seq转录组数据，覆盖12,949种化合物，采用CC BY 4.0许可允许商用，注册免费账户即可获取。
- 10月27日 · VCPI 发布 ReFRAME 化合物库 DRUG-seq 图谱，覆盖 12,949 个化合物并以 CC BY 4.0 开放Ginkgo Datapoints · Updates
- 10月28日 · Ginkgo 在 thevirtualcell.com 发布数万药物分子的免费 DRUG-seq 数据集Jason Kelly
蛋白质与大分子设计
UW Institute for Protein Design一手另有 10 家信源报道UW IPD 与 NVIDIA 发布 RFD4-Proteina：在共同潜空间做蛋白质与多类分子设计
华盛顿大学蛋白质设计研究所与 NVIDIA 等机构提出 RFD4-Proteina，将标准及非标准氨基酸、糖、DNA 和 RNA 的组成单元编码为锚点坐标加 32 维向量，在同一空间中联合生成分子身份与构象。
Molence一手另有 1 家信源报道Molence 的 Mol-1 流程设计 VHH 可激活 4-1BB，EC50 低于 Utomilumab
Molence 称其 Mol-1 流程设计的两个 VHH-Fc 融合分子在 6 小时报告基因实验中激活 4-1BB，EC50 分别为 0.05 和 0.22 nM，对照 Utomilumab 为 0.43 nM。VHH 01 的 SPR KD 为 3.5 nM，两个设计均表现出高单体纯度、热稳定性和低自相互作用等理化性质。作者引用的前序内容显示，借助第一轮实验结果指导第二轮设计，功能性命中率从 2/30 提升到 51/60，其中 48 个在 0.03 nM 下超过 Utomilumab 阳性对照的平均激活水平。
Molence一手跟进Molence 报告从头设计 BCMA 结合剂：SPR 亲和力达 43 pM
Molence 报告其从头设计的 BCMA 结合剂在零样本条件下取得 43 pM 的 SPR 亲和力。30 个设计中 12 个为结合命中，两个候选以 VHH-Fc 融合形式测得 SPR KD 分别为 43 pM 和 1.1 nM。两者结合细胞表面 BCMA 的 EC50 为 0.19 和 0.16 nM，同一实验体系中 belantamab 为 4.1 nM。
小分子与计算化学
Syndirella：以合成导向的片段延伸把单个母核扩展出5085个候选分子
牛津大学 OPIG、Diamond Light Source 与 IBM Research 在 Chemical Science 发表 Syndirella，以合成导向的片段延伸（Synthesis Directed Elaborations）把可采购反应物按 SMIRKS 反应规则组合成候选分子。
Gabriele CorsoEbolathon 团队用 Boltz API 设计分子，140 个中筛出 11 个埃博拉假病毒选择性命中
Gabriele Corso 表示，Ebolathon 黑客松团队使用 Boltz API 设计新分子，共测试 140 个分子，在埃博拉假病毒实验中筛出 11 个选择性命中。他称这体现了黑客松想法转化为实验结果，并附 muni.bio 的研究链接。
AI 虚拟细胞与扰动预测
Nat. Biotechnol.：单细胞多组学动力学模型DynaVelo预测B细胞功能缺失与恢复的扰动效应
研究人员开发了基于神经常微分方程的生成式深度动力学模型DynaVelo，联合单细胞RNA表达与转录因子结合基序可及性重建细胞状态转变向量场，并模拟基因功能缺失与挽救扰动。
前沿论文与基准
Evo 2 两篇新稿解读：从序列理解到少样本可控设计
Brian Hie 团队于 2026 年 10 月 29 日公开两篇 Evo 2 稿件，探索用少量示例做上下文学习来设计调控序列与蛋白。酵母任务中 4 条示例即可生成预测活性接近高活性对照的序列，但人类 5′ UTR 用 16 条示例时预测活性过阈值比例才超过 40%，且这些曲线并非湿实验结果。
上海药物所郑明月等发布MolGenBench：系统评测17种AI药物生成模型
同济大学、中国科学院上海药物研究所、上海科技大学与临港实验室团队在《Nature Communications》发表论文，构建结构基础药物发现评测基准MolGenBench，在120个蛋白质靶点和600个化合物系列上系统评估17种分子生成方法，覆盖从头设计与苗头到先导优化两个阶段。
专题综述：Arc 与斯坦福用少量序列引导 Evo 2 做生物设计
Arc Institute、斯坦福 Brian Hie 团队及合作者于 2026-10-29 在 Zenodo 公开两项预印本，显示预训练基因组模型 Evo 2 可用少量功能相近序列作为示例做上下文学习，不更新参数即可调整生成方向。
合成致死预测研究区分基准区分度与实验命中检索
该预印本在五个基因不相交折上把随机测试负样本换成度匹配负样本，SLMGAE 的平均 AUROC 从 0.782 降至 0.501，GCATSL 从 0.721 降至 0.502，GRSMF 从 0.656 降至 0.492，而 SL2MF 从 0.376 升至 0.519。
Insilico Medicine团队在Cell发布衰老生物学基准LongevityBench与长寿语言模型
英矽智能Fedor Galkin与Alex Zhavoronkov团队在Cell发表研究，构建首个面向衰老生物学的开放基准LongevityBench，含17项任务、覆盖临床记录、DNA甲基化、转录组、蛋白质组与遗传学五大数据域，共25457个评测提示。