AI 制药日报 · 2026 年 10 月 14 日 · 星期三
下一分子
Baker与Neil King团队从头设计糖蛋白，用氨基酸序列编码N-糖基化位置与组成
华盛顿大学David Baker与Neil King团队开发全原子计算流程，从头设计糖蛋白，使氨基酸序列同时编码N-连接糖链的位置与组成，通过设计三维结构中的空间位阻调控糖链加工。
蛋白质与大分子设计
Google DeepMind 发布 Gemini 4 Argon，并展示其在酶设计与科研任务上的应用
Google DeepMind 发布 Gemini 4 Argon，通过 API、AI Studio、Gemini 平台及 Antigravity 等入口向开发者、企业和科研人员开放，输入定价为每百万 token 2 美元、输出为每百万 token 10 美元。
为何BindCraft2的627条轨迹未产出任何结合剂
作者用BindCraft2（v1.0.3）针对人乳酸脱氢酶A（LDHA）浅表K81乳酰化表位开展两轮环肽设计，627条轨迹均未获得可接受设计。
ACS JCIM (化学信息与建模)PDI-Spot：用ESM-DBP与Node2Vec嵌入识别蛋白-DNA复合物能量热点
【全文总结】作者提出PDI-Spot，用ESM-DBP序列嵌入与Node2Vec结构网络嵌入预测蛋白-DNA界面能量热点，在411个突变、139个复合物上训练，并在与ESPDHot相同的81个突变独立测试集上取得AUROC 0.809、MCC 0.625，高于ESPDHot报告的MCC 0.516。
研究利用AI预测结构指导单域抗体2F3的亲和力成熟
研究从合成单域抗体库中筛选出靶向IL-12 p40亚基的候选2F3，其预测表位与Briakinumab、Ustekinumab相同。作者基于AI预测的IL-12/sdAb复合物结构理性设计11个点突变，其中3个提升结合亲和力，组合后亲和力较原始先导克隆提高8倍。该结果基于预印本摘要报告，亲和力数据来自结合实验而非细胞或临床验证。
小分子与计算化学
Boltz小分子模型BoltzMol-1接入药明康德GalaXi化学空间
Boltz于10月13日宣布，其小分子模型BoltzMol-1可直接搜索药明康德的GalaXi虚拟化合物库，该库规模约260亿个可合成分子，已在Boltz Lab平台和Boltz API上线供全球用户调用。
K2P通道调节口袋的化学扰动扫描识别亲和力热点
研究对TREK1通道激活剂ML335进行46个化学取代，用非平衡炼金术自由能计算评估其与调节口袋上下区域的结合变化。结果显示响应高度不对称：下环取代削弱结合，可追溯到连接M3、P2、P1螺旋与选择性过滤器的π-π堆叠网络；上环取代被耐受并改变与Cap-P1、SF2-M4环及上部选择性过滤器的接触。
商业与生态合作
Zealand 与 Generate 达成最高 12 亿美元合作，用 AI 设计肥胖与代谢疾病药物
Zealand Pharma 与 Generate:Biomedicines 签署最高约 12 亿美元的合作协议，用其生成式 AI 平台设计肥胖及其他代谢疾病的蛋白疗法。
GEN (基因工程与生物技术新闻)Enodia Therapeutics 与辉瑞达成 Sec61 靶向小分子研发合作
生物技术公司 Enodia Therapeutics 宣布与辉瑞达成研究合作与许可协议，利用其专有平台发现并开发 Sec61 小分子抑制剂，潜在交易总额超过 5 亿美元。
前沿论文与基准
ACS JCIM (化学信息与建模)FEgrow团队复盘ASAP抗病毒盲测：受体柔性与打分函数对结合位姿预测的影响
【全文总结】作者基于开源FEgrow参加ASAP-Polaris-OpenADMET抗病毒盲测的结合位姿赛道，在98个SARS-CoV-2 Mpro和97个MERS-CoV Mpro配体上预测结合位姿，以对称校正重原子RMSD小于2 Å为成功标准。
算法工具与系统
英矽智能Pharma.AI 2026秋季发布：MMAI Gym、专业模型与MCP智能体工作流
英矽智能在2026年Pharma.AI秋季网络研讨会上发布MMAI Gym科学后训练与评估框架，并展示激酶活性、GPCR活性、ADMET预测、单步逆合成和治疗靶点发现五款专业模型，公司称其在70多项化学与生物学基准任务中达到或超越当前SOTA。
NCI-Profiler：自动检测并可视化蛋白-配体非共价相互作用
作者开发了NCI-Profiler，一个免费网页与命令行工具，可从PDB或mmCIF坐标自动检测并可视化九类蛋白-配体非共价相互作用，包括金属配位和卤-水-氢桥。