AI 制药日报 · 2026 年 10 月 28 日 · 星期三
下一分子
Nature：David Baker 团队从头设计半胱氨酸蛋白酶，实现特定肽键切割
David Baker 团队与苏黎世联邦理工学院等合作在 Nature 发表 De novo design of cysteine proteases，用 RFD2-MI、ProteinMPNN 和 AlphaFold 3 从 Ulp1 最小催化基序出发从头设计可切割肽键的半胱氨酸蛋白酶，69 个实验设计中有 13 个出现切割活性。
蛋白质与大分子设计
Pythia Labs发布Pythia-1，单轮设计22个难靶点的激动与拮抗全长抗体
2026年10月，Pythia Labs发布论文《Design of full-length agonist and antagonist antibodies for hard targets》。
分子之心MMDesign技术报告：19个项目成功率94.7%，六个GPCR靶点全部命中
分子之心发布MMDesign最新技术报告，在覆盖18个靶点、纳米抗体与大环肽两类模态的19个项目中，18个获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%，单项目仅测试9—50个候选。
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手表位截短结合智能体搜索加速从头结合剂设计
研究提出表位截短方法，将靶点截为局部界面窗口以加速骨架扩散与结构预测，在15个靶点、3666个设计中截短窗口与全靶点结合界面的中位Cα RMSD为0.37 Å，并在FAP的719残基胞外域上使RFdiffusion与AlphaFold3的GPU时间在一个表位中减少约88%。
微软提出增强扩散采样方法 Enhanced Diffusion Sampling，更高效捕捉蛋白质稀有构象
微软 Research AI for Science 等团队提出 Enhanced Diffusion Sampling，将伞形采样、Metadynamics 等增强采样思路引入扩散模型，相关研究正式发表于 Journal of Chemical Physics。
Generate:Biomedicines一手Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 受体信号域，缩短约 70% 并提升体外杀瘤
Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作，六名科学家用 Claude 结合自有模型、计算工具和湿实验数据，重构用于实体瘤的 CAR-T 受体。重新设计的信号组件比标准设计缩短约 70%，为新增功能留出空间，并在实验室测试中提升了对癌细胞的杀伤。相关结果以预印本形式发布，公司称该流程把数年工作压缩到数月、成本仅为原方案的一小部分。
小分子与计算化学
MetaPLI：结合三维结构与少量实验数据预测分子活性
北京大学来鲁华、裴剑锋课题组在 Digital Discovery 发表 MetaPLI，一种基于蛋白质—配体三维结构、以同靶标少量已测分子为参考的少样本绝对结合亲和力预测方法。
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手FRIGID：基于扩散语言模型的质谱分子生成框架，推理时扩展提升从头结构解析
FRIGID 是一个以串联质谱为条件、经中间指纹表示与已确定化学式生成分子结构的扩散语言模型框架，在数亿条无标注结构上训练。作者用正向碎裂模型在推理阶段识别与谱图不一致的片段，并通过定向重掩码与去噪进行修正，在 MassSpecGym 上 Top-1 准确率超过 18%，在 NPLIB1 上把领先方法的 Top-1 准确率提升至三倍。分析显示其性能随推理算力增加呈对数线性提升，代码已公开。
AI 虚拟细胞与扰动预测
Cell发表Tahoe-100M：亿级单细胞图谱解码药物扰动下肿瘤细胞分子表型
Tahoe Therapeutics的Johnny Yu与Hani Goodarzi团队在Cell发表Tahoe-100M，构建覆盖50株肿瘤细胞系、379种小分子药物、约1100组药物-剂量条件的亿级单细胞药物扰动转录组图谱。
UPM：统一扰动建模能让AI虚拟细胞获得多少提升？
研究提出统一扰动建模（UPM），在基于VAE的AIVC预测器中加入基因通道对齐、共享扰动编码和基因表达与身份联合嵌入三个模块，以整合异质Perturb-seq数据。
前沿论文与基准
POISK 基准：折叠模型能否区分抗体结合剂与诱饵
研究团队构建 POISK 数据集，从 10110 项美国专利中经 LLM 流程提取 89074 条抗体-抗原记录，并整理出 22494 个复合物的平衡基准集，其中 11247 个为专利验证但无已知解析结构的结合剂，另配序列相似的人抗体库来源推定非结合剂。
算法工具与系统
BigHat Biosciences一手BigHat 与 Anthropic 联合演示智能体驱动的抗体工程优化
BigHat Biosciences 与 Anthropic 发布联合演示，展示用前沿 AI 驱动可被智能体接入的快速反馈湿实验，加速抗体工程难题。BigHat 构建了 Agentic Lab Control Harness，将计算与实验工作流纳入同一控制平面，并称被 Anthropic 选为首个抗体治疗合作伙伴。