AI 制药日报 · 2026 年 10 月 15 日 · 星期四
下一分子
David Baker团队在Nature连发两篇论文，AI从头设计蛋白酶最高催化加速超100亿倍
华盛顿大学David Baker团队10月14日在Nature发表两篇论文，用RFdiffusion、ProteinMPNN和AlphaFold 3从头设计半胱氨酸蛋白酶与金属蛋白酶。
蛋白质与大分子设计
OPIG 发布 Therapeutic Nanobody Profiler 纳米抗体可开发性评估工具
牛津 OPIG 的 Gemma Gordon 在博士项目中开发了 Therapeutic Nanobody Profiler（TNP），用 6 项针对纳米抗体特性的指标，将候选纳米抗体的结构与理化性质对照 36 个临床阶段样本进行基准评估。
小分子与计算化学
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手PMO-Dock：面向分子对接优化的基准与评测协议
研究提出 PMO-Dock，一个面向对接优化的基准与协议，包含 25 个任务，覆盖命中生成、先导优化和一项要求强在靶结合并惩罚脱靶相互作用的新特异性任务。
ACS JCIM (化学信息与建模)一手UCEC：知识图谱辅助机器学习实现天然产物-疾病关联可解释排序
【摘要级】研究提出知识图谱辅助机器学习模型 UCEC，用于天然产物与疾病关联的优先级排序，并将预测关联强度与局部机制证据链的稳定性分开建模。在用于恢复图谱支持的间接关联的代理基准上，整合证据链使 Hits@50 从 0.392 提升至 0.509，68.8% 的天然产物单项 AUPRC 改善。基于 HERB 2.0 临床试验记录的来源分离验证进一步支持候选排序，结果来自摘要报告的基准与验证设置。
AI 虚拟细胞与扰动预测
Briefings in Bioinformatics一手VCAT模型整合转录扰动与CRISPR脆弱性预测抗癌药物响应
【摘要级】研究提出脆弱性引导的级联注意力Transformer模型VCAT，将CMap/LINCS共识转录特征与CRISPR监督的细胞表征结合，用于抗癌药物响应预测。在四种数据划分策略下，VCAT在12项分类划分指标比较中的11项取得最佳表现，优于传统机器学习和已发表深度学习模型，并提升了连续IC50预测，在CTRP、PRISM、患者来源类器官和肝细胞癌队列中表现出泛化。
Insilico Medicine 英矽智能一手英矽智能在虚拟细胞论坛展示虚拟衰老细胞模拟框架
英矽智能全球AI平台负责人Petrina Kamya在虚拟细胞论坛介绍了公司的虚拟衰老细胞模拟框架，该框架基于12年自有数据与基准测试构建，覆盖分子、细胞内、细胞间、组织/器官和机体五个生物学尺度。系统在每个生物层级使用约43个专用AI智能体，以患者种子基线图谱模拟干预后的细胞状态转变。Kamya表示，公司正在全自动机器人实验室中对机制未知的新分子开展前瞻性验证，以检验预测并排除对文献的记忆。
管线与临床进展
晶泰科技 siRNA 项目 9 个月确认 PCC，IgA 肾病候选分子展现同类最佳潜力
晶泰科技宣布其首个 siRNA 项目从立项到确认临床前候选分子（PCC）用时 9 个月，候选分子拟用于 IgA 肾病治疗。临床前研究显示，该分子体外沉默活性达亚纳摩尔级，与同靶点临床阶段参照分子相比 IC50 降低数十倍；非人灵长类动物平行对照研究中单次给药后数月内持续维持高水平靶蛋白抑制，毒理试验显示更大安全窗口。
商业与生态合作
insitro · Publications & Press一手另有 2 家信源报道insitro与阿斯利康达成MASH和心肌病AI药物发现合作，首付4000万美元
insitro宣布与阿斯利康达成全球独家研究合作，针对MASH和心肌病发现新靶点与疗法，将获得4000万美元首付款，并有资格获得最高约14.6亿美元潜在发现、开发与商业里程碑付款及个位数分级销售提成。insitro将用其Virtual Human平台识别两个适应证的因果疾病生物学，并把阿斯利康提名的靶点推进至开发候选化合物，阿斯利康负责全部临床开发、监管与商业化。
Vir Biotechnology与吉利德达成18.75亿美元实体瘤双掩蔽TCE合作
10月14日，Vir Biotechnology宣布与吉利德达成合作和许可协议，共同发现和开发3款针对实体瘤相关抗原的双掩蔽T细胞衔接器（TCE）。Vir将用其dAIsY平台和PRO-XTEN掩蔽技术负责发现、设计和优化候选物，吉利德拥有独家许可并负责后续开发、制造和商业化。
WhiteLab Genomics完成2600万美元B轮融资，推进AI设计基因组药物
2026年10月6日，WhiteLab Genomics宣布完成2600万美元B轮融资，由AVP领投，Yaday Health、Blast Club新加入，Omnes、Debiopharm继续参投。
前沿论文与基准
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手研究揭示条件流模型在未见科学交互预测中会幻觉非加性效应
Sam Gijsen 等人在生理时间序列模拟器、药物剂量响应数据、组合细胞扰动和分子构象生成任务中研究流匹配模型的交互恢复能力，区分真实恢复与幻觉出的交互结构。
算法工具与系统
OPIG 发布纳米抗体免疫库数据库 OAS-nano，含 7300 万条序列
牛津 OPIG 团队发布天然适应性免疫受体数据库系列的最后一项 OAS-nano，收录 7300 万条 VHH 序列，并配有可检索网页应用。该库整合了迄今所有公开释放原始全长纳米抗体 NGS 数据的文献，在相同去冗余过滤下规模为此前最大资源的 5 倍。