AI 制药日报 · 2026 年 10 月 30 日 · 星期五
下一分子
Brian Hie 团队报告 Evo 2 的生成式上下文学习能力
Brian Hie 团队报告 Evo 2 在少量同功能序列提示下可生成功能相似的新序列，作者称这是一种生成式上下文学习（ICL），且为训练时未预料到的涌现现象。
蛋白质与大分子设计
侯廷军团队推出PartiDesign：统一生成框架用于蛋白与环肽设计
侯廷军团队推出可控生成框架PartiDesign，将结构与序列或化学身份在同一次Flow Matching生成中协同，覆盖蛋白、DNA、RNA和小分子。在ProtDBench普通MPNN单序列协议下，其估算合格候选产出约为RFD3的4.9倍，加入α螺旋引导后约7.6倍；AME原子级催化基序骨架搭建中常规与α引导配置分别约为RFD3的8.6倍和12倍。
澪乃ゆいNVIDIA 发布机制感知的 AI 智能体蛋白设计方法 BindClaw
NVIDIA 发布蛋白设计方法 BindClaw，用 AI 智能体把生物学作用机制转成计算测定，从靶点与结合位点识别到结合剂生成、评估与迭代优化。在人工引导的钙调蛋白（CaM）设计中，18 个设计里有 15 个与钙结合态 CaM 结合，其中包含由 BLI 和 SPR 共同支持的亚纳摩尔级结合剂。论文与项目页面已公开，代码将在数周内发布。
Evo 2 通过基因组上下文学习实现少样本生物设计
研究显示，基因组语言模型 Evo 2 在提示中仅给四个示例、不做额外训练的情况下即可生成金属结合蛋白、从头抗体、蛋白-RNA 系统和完整噬菌体基因组。在 ΦX174 类噬菌体设计中，该方法在计算指标上的设计质量与多样性超过此前微调模型；更换噬菌体提示后还可设计 MS2 与 M13 基因组，用新生成基因组迭代更新提示的基因组思维链进一步提升多样性。
IgScope：用区域隔离语言模型实现抗体多分辨率人源性评分
作者提出 IgScope，一个从零训练的 2300 万参数抗体语言模型，可在链、IMGT 区域和残基三个分辨率上评估抗体人源性。在 238 万条留出链上，遮蔽全部框架 token 后 CDR 准确率不变，对人框架中回突的小鼠残基检测准确率为 93.4%；链水平上与临床抗药抗体发生率的相关性 r=-0.567（n=217），与已发表最强结果相当。
华中农大等团队在 Nature Communications 发表 AbOptimizer，用序列编辑与强化学习多目标优化抗体
华中农业大学、湖北洪山实验室与武汉华美生物技术有限公司团队在 Nature Communications 发表 AbOptimizer，把抗体优化组织为序列编辑任务，由抗体语言模型生成候选、性质预测器反馈、强化学习调整编辑策略。
小分子与计算化学
北京大学来鲁华团队在Nat Mach Intell发表SynCraft，用大语言模型引导分子精准编辑
北京大学来鲁华教授团队提出基于大语言模型的分子可合成性优化方法SynCraft，对难合成的高价值分子做最小图编辑而非从头生成，研究发表于Nature Machine Intelligence。
清华大学团队在Nature Communications发表可解释AI引导的可降解脂质肝脏mRNA递送研究
清华大学深圳国际研究生院颜昊、康飞宇团队在Nature Communications发表研究，建立模块化合成、高通量筛选、可解释机器学习与动物验证的两阶段框架，从520种实验脂质扩展到10,920种虚拟候选，筛出可降解可电离脂质PA97MD101。
前沿论文与基准
Nat. Comput. Sci.发布TCR–pHLA结合预测标准化数据集Hi-TPH与机器学习基准
研究人员在Nature Computational Science发表Hi-TPH层次化TCR–pHLA数据集，最高层级含26,704组结合样本，较STAPLER完整双链数据扩大5.99倍。
MutQA：面向基因突变的交叉验证问答数据集
作者发布 MutQA 数据集，包含 330,387 条有文献引证支撑的问答对，将蛋白编码突变与其功能后果关联，覆盖 6,620 个基因、125,593 个基因-变异对，证据来自 27,442 篇开放获取 PubMed Central 文章。
斯坦福团队在Science发布Virtual Biotech多智能体框架，从临床试验中挖掘药物研发线索
斯坦福大学团队于2026年9月17日在Science发表研究，推出多智能体AI平台Virtual Biotech，由虚拟首席科学官统筹8个专业科学家智能体，模拟生物技术公司研发架构。
研究估计ChEMBL分子效力基准的标签噪声上限
研究基于ChEMBL 37的17个效力任务（靶点×Ki或IC50），用3,292个至少在两份来源文献中报道的分子估计标签噪声下限，各任务噪声底为0.31至0.79 pChEMBL单位。