AI 制药日报 · 2026 年 10 月 24 日 · 星期六
下一分子
Baker团队在Science发表RFdiffusion3，实现原子级功能位点支架设计并从头构建酶与RNA
华盛顿大学David Baker团队在Science发表RFdiffusion3（RFD3），一种基于自由原子扩散的生成式方法，可同时以蛋白质和核酸的关键原子位置为条件进行功能位点支架设计。
蛋白质与大分子设计
Baker Lab用AF3与RFdiffusion设计65-85 aa合成转录激活子
华盛顿大学IPD与Rice大学团队在bioRxiv发布预印本，用AlphaFold3绘制TAD-辅因子界面地图、RFdiffusion与ProteinMPNN生成结构化binder，经哺乳动物功能池筛获得超过300个针对Mediator、BRD4、NCOA、p300的nM级binder。
Baker团队用计算设计靶向无序MYC的结合蛋白，最佳KD达1.23 nM
David Baker团队在bioRxiv报告，针对MYC的三个无序区域和一个MYC–MAX螺旋区域计算设计结合蛋白，首轮测试192个候选，15个以KD＜500 nM结合完整MYC，优化后无序区与螺旋区最佳设计KD分别为5.46 nM和1.23 nM。
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手ProMORNA：面向全长mRNA设计的端到端生成框架
ProMORNA 是一个零样本、端到端全长 mRNA 生成框架，基于 600 余万条天然蛋白-mRNA 配对数据预训练的 BART 式架构，经冷启动监督微调和多目标强化学习后训练。
Ligo Biosciences 公布酶设计系统 Artios 的从头设计酶结果
Ligo Biosciences 公布酶设计系统 Artios，首轮荧光素酶实验筛 85 个设计有 7 个具活性，较大蛋白筛 45 个有 9 个初筛命中。
预印本提出抗体结合亲和力预测的主动学习基准框架
该预印本提出基于高斯过程主动学习的抗体-抗原结合亲和力预测基准，覆盖 AbBiBench 的八个公开实验数据集，包括流感血凝素抗体 CR6261、CR9114 及针对 SARS-CoV-2 Spike HR2 肽的 AAYL 系列 scFv 库。
预印本：投影梯度下降改进基于幻觉的蛋白结合剂设计
该预印本在十个靶点上用基于 ESMFold2 的流程比较了单纯形投影梯度下降（PGD）与 softmax 重参数化序列 logits 上的梯度下降，发现 PGD 以更少迭代降低设计损失，并给出预测界面置信度更高的设计。
小分子与计算化学
俄亥俄州立大学MADDIE多智能体药物发现系统：50个靶点各交付100个候选分子
俄亥俄州立大学Xia Ning团队提出MADDIE多智能体药物发现系统，由中央Orchestrator调度HitIdentifier、LeadOptimizer、Evaluator和Synthesizer四个专职智能体，在50个蛋白靶点上均交付100个满足对接评分、类药性、合成难度、毒性预测等计算阈值的候选分子。
SQM2.20sc 在公开自由能基准上以量子力学打分预测蛋白-配体结合亲和力
研究在包含88个蛋白-配体系列、1113个配体的 Public Free Energy Benchmark 上验证量子力学打分函数 SQM2.20，并应用在 PL-REX 数据集中独立推导的缩放因子得到 SQM2.20sc。
AI 虚拟细胞与扰动预测
Nature Communications发表scTransMIL，从单细胞数据定位恶性细胞与致病基因并在小鼠关节炎中验证
腾讯AILabHealthcare团队在Nature Communications发表scTransMIL，用多实例学习把样本级癌症表型与单细胞表达连接，同时输出细胞疾病分数和基因注意力线索。
商业与生态合作
Generate与Zealand Pharma达成12亿美元多靶点合作，开发AI设计的代谢疾病蛋白疗法
Generate Biomedicines与Zealand Pharma于2026年10月13日宣布达成多靶点战略合作与授权协议，依托整合生成式AI与高通量实验验证的The Generate平台，共同设计开发针对肥胖症及其他代谢疾病的多特异性蛋白疗法。
前OpenAI科学副总裁创办Warp Sciences，融资2.15亿美元做机器人化学合成
前OpenAI科学副总裁凯文·韦尔联合创办的化学研发服务公司Warp Sciences结束隐身状态，宣布完成2.15亿美元融资，投后估值8.65亿美元，由Lightspeed Venture Partners领投，OpenAI首席财务官莎拉·弗莱尔和首席研究官陈信翰以个人身份参与。