AI 制药日报 · 2026 年 10 月 29 日 · 星期四
下一分子
字节Protenix原班团队开源生物分子模型Mol-1，抗体、分子胶与多肽结构预测提升
原字节跳动Protenix核心成员肖文之团队推出生物分子基础模型Mol-1并公开39页技术报告，基于Protenix技术体系提升结构预测能力。
蛋白质与大分子设计
David Baker 团队膜蛋白 AI 设计进展：GPCR 迷你蛋白与 WRAP 增溶技术
David Baker 团队 2026 年已发表 5 篇膜蛋白相关 AI 研究成果，涵盖从头设计、膜蛋白制备与结构机制研究。
研究从头设计光控构象开关蛋白，光照下结合增强逾30倍
研究团队通过计算从头设计可结合视黄醛发色团的光响应蛋白，并设计出与视黄醛异构化偶联的构象开关运动，使蛋白-多肽相互作用在光照下结合增强逾30倍。所设计异二聚体可调节波长、灵敏度和特异性，并被用于调控细胞内蛋白-蛋白相互作用与细胞信号受体；实时光激活NMR显示其发生明确的光激活构象变化。该结果为预印本摘要报告，应用前景归于作者表述。
arXiv论文提出ResiDPO并微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN
悉尼科技大学、华盛顿大学、伊利诺伊大学厄巴纳—香槟分校和浙江大学研究者在arXiv发布论文，提出残基级可设计性偏好优化方法ResiDPO，用它微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN。
Neopep：用机器学习力场能量强化学习预测非天然氨基酸多肽结构
作者提出 Neopep，一个以序列为条件的扩散模型，用于含非天然氨基酸（ncAA）多肽的结构预测：先在 PDB 结构上预训练建立结构先验，再用冻结的机器学习力场（MLFF）对模型提出的结构打分，并将该能量信号回传以微调模型。
小分子与计算化学
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手AMARO v2.0：面向生物分子复合物动力学的统一粗粒化神经网络势
作者提出粗粒化神经网络势 AMARO v2.0，保留全部重原子并隐式处理溶剂，用氢感知珠类型与总电荷条件化统一表示蛋白、类药分子及其复合物。在覆盖 11 个靶点的 262 个复合物中，该势保留多数配体姿态，但 HIF2A 三元复合物出现四级结构重取向。
AI 虚拟细胞与扰动预测
CellCompass：随生物测量演化的虚拟细胞动力学建模系统
作者提出 CellCompass，一个将科学智能体与可扩展动力学引擎耦合的 AI 系统，用于建模单细胞状态转移、群体变化及命运与分子读出，在测量带来新约束时可设计并实现新的动力学方程。
管线与临床进展
晶泰科技自研 pan-TRK 抑制剂 KQTD-126 获 FDA 临床试验许可
晶泰科技宣布其自主研发的肠道限制性高选择性 pan-TRK 抑制剂 KQTD-126 获得美国 FDA 新药临床试验（IND）许可，计划近期开展临床试验。该候选药物面向肠易激综合征（IBS）及炎症性肠病（IBD）相关慢性肠道疼痛，临床前研究显示其 pan-TRK 抑制活性 IC₅₀＜1 nM，肠道组织与血液暴露量比值超过 1000:1。
商业与生态合作
Anthropic 收购一人 AI 药企 Mithril Medicine，Claude 协调 11 家外部实验室
Anthropic 于 2026 年 10 月 27 日披露收购 Cody Tranbarger 创办的一人公司 Mithril Medicine，技术报告注明交易实际发生在 7 月。
前沿论文与基准
ACS JCIM (化学信息与建模)一手EnzyArena 基准评测并实验验证机器学习酶工程策略
【摘要级】研究提出按实验批次分组、在匹配条件下测定 kcat、Km 或 kcat/Km 的酶工程基准 EnzyArena，系统评测覆盖蛋白-配体结合亲和力预测、蛋白稳定性预测、零样本适应度预测和酶动力学参数预测四类策略的 20 个模型。
贾伟团队在Cell Metabolism发表AI驱动胆汁酸发现框架MetLLM与MetSpace
贾伟团队在Cell Metabolism发表研究，用transformer架构的分子语言模型MetLLM对胆汁酸样结构打分，从超过52万个含四环骨架的结构中筛出3900个优先候选，构建候选图谱MetSpace。
港中文团队提出DuetRNA，以碱基与核糖双坐标系联合设计RNA序列与三维结构
香港中文大学团队提出RNA联合生成模型DuetRNA，为每个核苷酸建立碱基与核糖两个耦合局部坐标系，在同一流匹配过程中同时输出序列与三维重原子坐标，相关预印本与代码已公开。