AI 制药日报 · 2026 年 11 月 7 日 · 星期六
下一分子
Pallatom2 全原子生成模型发布：同时生成序列与主侧链原子并指定靶点结合界面
Pallatom2 是一个全原子生成模型，可同时生成氨基酸序列、主链与侧链的原子构型，并能指定与靶点的结合界面。据该帖介绍，实验在210个候选中确认112个具有结合活性，10个靶点均获得结合剂，其中6个靶点经 BLI 测定报告了 pM 量级的结合亲和力（KD）。
蛋白质与大分子设计
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手BILBY基准：蛋白质基序支架生成的动态感知评测
作者提出BILBY-PRO与BILBY-MD，分别从靶点覆盖、独特解产出和分子动力学支持的动态保真度评测蛋白质基序支架生成。BILBY-PRO从PROSITE关联实验结构系统构建220个案例，覆盖174个基序模式条目；在六个近期支架生成模型中，RFDiffusion和Proteina解出更多靶点，ESM3在其解出的靶点上产出更多独特成功支架。
ProVADA 作者解读三篇 bioRxiv 预印本：生成式 AI 如何降低蛋白药物免疫原性
斯坦福团队 ProVADA 模型作者在 bioRxiv 预印本基础上撰文，对比自家 ProVADA 与 David Baker 团队 MINT、普林斯顿团队 MESSI 三条生成式 AI 去免疫原性路线。
小分子与计算化学
Briefings in Bioinformatics一手HEDGEHOG：面向药物生成模型的分层严格筛选评测框架
【摘要级】研究提出 HEDGEHOG 六阶段可配置评测框架，按命中化合物识别流程依次做预处理、理化性质筛选、结构警示与图结构合理性检查、合成可行性、对接以及三维构象与相互作用检查。
AI 虚拟细胞与扰动预测
scDisentangle：面向单细胞扰动响应预测的序列解耦模型
研究团队提出 scDisentangle，将单细胞表达分解为可观测属性与一系列残差成分，生成保留源细胞身份的反事实预测。该模型在细胞因子刺激、肝脏感染和未见过的组合遗传扰动任务上优于现有模型与朴素基线，且准确率与响应接近平均扰动效应的程度基本无关。
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手研究揭示STATE扰动预测解码器的低秩瓶颈，并提出逐预测置信度评分
研究审计STATE的状态转移解码器在SE-600M、scGPT和Tahoe-x1三种编码器及四种CRISPRi细胞系上的表现，发现其首层注意力输出为低秩，投影到4-32个由训练激活估计的固定方向仍可保持平均逐扰动Pearson delta相关（PDC）。
前沿论文与基准
arXiv · q-bio.QM (定量方法)一手PharmAgents2：面向自主端到端药物发现的智能体系统
PharmAgents2 是面向端到端药物发现的自主系统，结合知识增强决策与并行智能体的大规模探索，并配套包含 121 道题、覆盖九类决策场景与三项端到端任务的 PharmAgents-Bench v0.1。
研究用精确物理参考揭示生成采样器ESS诊断盲区
该预印本提出一个基本命题：ESS等自归一化诊断对未访问盆地的玻尔兹曼质量α结构性不敏感，自由能偏移−kBT log(1−α)而ESS仍保持高位。
机器学习力场SO3LR Tauri发布：训练覆盖85种元素，可模拟蛋白质与DNA体系
研究人员发布机器学习力场SO3LR Tauri，用约1.48亿个量子化学结构训练，覆盖85种元素并提供三种规模模型。作者在Crambin蛋白质模拟中报告重原子RMSD约1.10 Å，在顺铂与DNA交联体系中无需额外约束即维持铂四配位，但水分子扩散速度约为实验值一半，单张AMD MI355X GPU上中等模型模拟5万原子体系约1.8 ns/day。代码、模型和训练数据已公开。
RPFace：从有偏结构基准到可泛化的RNA-蛋白界面预测
研究构建并发布了一个按结构与实验条件分层的蛋白-RNA公平基准，发现共折叠方法检测结合位点的准确性集中在核糖体复合物并随实验模态系统变化，对接方法仅在输入构象接近结合态时可靠，两类方法均无法迁移到体内CLIP实验。
GEN (基因工程与生物技术新闻)剑桥团队AI设计广谱禽流感mRNA疫苗DVX-panH5Nx，临床前保护优于储备疫苗
英国剑桥大学与衍生公司DIOSynVax等合作，用AI整合全球监测的H5Nx基因序列设计多抗原mRNA疫苗DVX-panH5Nx，在动物试验中对多种H5N1变异株实现完全保护，而现有多款储备疫苗仅保护约50%的受试动物。