bioRxiv · Bioinformatics· XU, K., Wilkinson, A., Shuang, N., Huguet, G., Gerstein, M., Wolf, G., Tape, C. J., Krishnaswamy, S. ·· 18 天前精选AI 评分60
GeoSinkhorn Flow:面向单细胞表型景观扰动条件动态的几何感知流匹配
GeoSinkhorn Flow: Geometry-Aware Flow Matching for Perturbation-Conditioned Dynamics in Single cell Data Phenoscapes
AI 导读
作者提出 GeoSinkhorn Flow,一个以扰动为条件、几何感知的流匹配框架,用于把静态表型景观转为动态表型景观,为每个条件级点连接符合景观几何的测地线输运轨迹。该方法用热扩散几何定义流形感知的输运代价,训练几何自编码器使隐空间欧氏距离与静态表型景观几何对齐并扩展到未见细胞,并以扰动特异的基因或药物嵌入作为输运动态的条件。该工作为 bioRxiv 预印本,摘要未给出定量评测结果。
推荐理由
该预印本把静态表型景观扩展为条件级输运轨迹,为单细胞扰动动态预测提供了一种几何约束方法。
来源:bioRxiv · Bioinformatics · biorxiv.org