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ChemRxiv Preprints· Berselli, Alessandro·· 18 天前精选AI 评分68

配体进出结合位点的历程:committor 增强采样与谱分析刻画苯脒-胰蛋白酶结合动力学

The eventful journey of a ligand in and out of the binding site

AI 导读

该预印本提出将基于 committor 的增强采样与无穷小生成元的谱分析结合,用于刻画配体如何进入并最终离开蛋白结合位点。在苯脒(BEN)与对氨基苯脒(PAB)–胰蛋白酶复合物上,该方法揭示了两者不同的结合路径,发现一个与晶体结构位点竞争的此前未被表征的 BEN 结合位点,并识别出解离共有的旋转瓶颈。

推荐理由

该预印本用 committor 增强采样与谱分析刻画配体进出结合位点的路径,为动力学表征提供可迁移的计算框架。

来源:ChemRxiv Preprints · chemrxiv.org