arXiv · q-bio.BM (生物大分子)· Antonio Mirarchi, Stephen E. Farr, Adri\`a Per\'ez, Gianni De Fabritiis·· 12 天前精选AI 评分70
AMARO v2.0：面向生物分子复合物动力学的统一粗粒化神经网络势
A unified coarse-grained neural network potential for the dynamics of biomolecular complexes
AI 导读
作者提出粗粒化神经网络势 AMARO v2.0，保留全部重原子并隐式处理溶剂，用氢感知珠类型与总电荷条件化统一表示蛋白、类药分子及其复合物。在覆盖 11 个靶点的 262 个复合物中，该势保留多数配体姿态，但 HIF2A 三元复合物出现四级结构重取向。
推荐理由
该预印本提出保留全部重原子的粗粒化神经网络势，并在多靶点复合物上给出结合姿态与自由能估计的对照结果。
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