bioRxiv · Bioinformatics· Borck, T., Chabrol, M., Colombo, D., Imbert, A., Perier-Dulhoste, M., Volzhenin, K., Lang, M., Lopez Carranza, S. N. ·· 13 天前精选AI 评分74
BenchMHC：可复现的肽-MHC呈递预测框架
BenchMHC: a reproducible framework for peptide-MHC presentation prediction
AI 导读
研究团队提出开源框架BenchMHC，仅用公开数据复现、重训和评测pMHC呈递模型，并记录复现中的每项实现决策。其NetMHCpan-4.1复现达到每等位基因Mean Top-K 0.794（官方webserver为0.790）、Median FRANK 0.0025（官方为0.0022），27秒内对28万条肽/等位基因对打分，比原二进制快约350倍。
推荐理由
该框架复现并重训pMHC呈递模型，同时揭示诱饵肽数据偏差对评测的影响，为相关基准比较提供参照。
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