AI 制药日报 · 2026 年 11 月 11 日 · 星期三
下一分子
蛋白质与大分子设计
研究用ESM-2参数高效适配设计双重目标抗菌肽，治疗指数最高144.03
研究提出基于ESM-2（1.5亿参数）的端到端多任务参数高效迁移学习框架，在自注意力投影层引入LoRA、仅微调约0.70%权重，并用肯德尔同方差不确定性加权平衡抗菌效力与溶血毒性两个任务。
Amir Shanehsazzadeh另有 1 家信源报道Amir Shanehsazzadeh点评Mythos 5.2用OpenFold3-p2与ESMFold2折叠AAV衣壳
Amir Shanehsazzadeh点评称，Mythos 5.2用OpenFold3-p2与ESMFold2提出了一种计算高效的AAV衣壳折叠方案。他表示自己几年前在Dyno Therapeutics研究过这类分子，并感谢OpenFold团队与Biohub团队开发并开放这些折叠模型。其引用的Claude内容称，Mythos 5.2在测试中对尝试的34个衣壳中的28个实现了准确建模。
小分子与计算化学
德睿智药联合团队在《Molecular Neurodegeneration》发表AI辅助发现阿尔茨海默病候选分子JGX-1的研究
德睿智药与暨南大学、奥斯陆大学、帝国理工学院等团队在《Molecular Neurodegeneration》发表论文，用AI表型筛选、成药性预测与靶点解析流程发现天然小分子JGX-1（Crassifolin A），并揭示其经ABCA1/ABCG1促进胆固醇外排、增强线粒体自噬的作用机制。
Insilico Medicine 英矽智能一手英矽智能更新 ADMET 专用模型，在 17 项基准任务上达到当前最优
英矽智能更新其 ADMET 专用模型，称在 17 项基准任务上达到当前最优表现。该模型通过 MMAI Gym 训练，用于预测吸收、分布、代谢、排泄和毒性相关性质，帮助研究人员在药物发现过程中理解化合物，并已在 playground.insilico.com 开放免费试用。
AI 虚拟细胞与扰动预测
湖南大学曾湘祥团队提出CellNet并开放2.31亿张跨物种转录组图像
湖南大学曾湘祥团队联合厦门大学、电子科技大学等提出CellNet，用DNA表示基因身份、将表达组织成图像并按图像块聚合，在约2.31亿个细胞样本上用8张A800预训练约两周，并开放覆盖40个物种的Image Atlas。
商业与生态合作
argenx最高11.5亿美元收购UNP大环肽平台
argenx于11月9日宣布与Unnatural Products（UNP）签署最终收购协议，收购其全部剩余股份，对价最高约11.5亿美元，含5.5亿美元现金首付和最高5.95亿美元开发与监管里程碑付款。
肽为生物完成数千万元天使轮融资，推进环肽AI设计与自动化合成闭环
杭州肽为生物完成数千万元天使轮融资，由风物资本领投，上海天使会联合投资、添宥投资跟投，此前曾获道生资本数百万元种子轮投资，本轮资金用于AI自驱动实验室建设、技术平台完善及团队扩充。
涌源合生完成5000万元天使轮融资，建设AI+生物数据铸造平台
涌源合生完成5000万元天使轮融资，由顺为资本、云沐资本联合投资，资金用于高价值数据集生产、自研DNA合成技术扩产及数据铸造基础设施建设。公司自研“DNA活字印刷术”通过预制备双链DNA活字模块库与多酶体系组装，称单碱基合成保真度达99.95%、单碱基成本降至0.05元以下、10kb长度DNA交付周期缩短至7天以内。
前沿论文与基准
Anthropic 发布 Claude Fable 5.2 与 Mythos 5.2，System Card 披露 RNA 设计、AAV 衣壳预测与蛋白质设计评测
Anthropic 于 2026 年 11 月 9 日发布 Claude Fable 5.2 与 Claude Mythos 5.2，并公开 264 页 System Card，生命科学评测主要来自面向经审核研究者的 Mythos 5.2。
Nat. Commun.：可解释深度学习框架CPRISP预测环状RNA–RBP相互作用并探索神经退行性疾病候选分子
研究人员在Nature Communications提出可解释深度学习框架CPRISP，整合circRNA核苷酸组成、理化性质、二级结构、Circ2Vec预训练表征与ProteinBERT提取的RBP特征来预测结合位点，在37个RBP基准数据集上平均AUC达0.9874，高于CircSSNN的0.9230及其他方法约0.83至0.89的水平。
算法工具与系统
华大智造涌生智能发布云端自主实验室SE-Fab-SynBio，构建World Loop科学智能体系统
华大智造旗下涌生智能在第九届进博会上发布云端自主实验室 SE-Fab-SynBio，初期面向合成生物学，为 AI 生成的候选方案提供真实湿实验验证，并作为科学智能体的物理强化学习环境接入 World Loop 系统。
深度观点与访谈
我从评测科学AI智能体中学到了什么：抗体优化智能体的四层评测设计
作者在开发抗体优化AI智能体时，提出把评测从只看结果转向看过程，拆成工具执行、工具选择、科学解读和多步工作流四个部分。她建议在关键节点设检查点、尽量用代码做确定性校验、对开放式任务用结构化评分标准，并把提示词、工具和工作流指令一并版本化，因为BiomniBench报告更换智能体框架对评分的影响可能大于更换模型代际。
文章速递
AsBench2与AllositeUltra：跨状态表征学习用于动态蛋白变构位点发现
研究团队提出跨状态位点识别基准AsBench2和深度学习框架AllositeUltra，后者整合结构感知语言模型与物理动力学等多模态蛋白表征，并配合残基引导的候选补充，使位点检测不再依赖静态口袋几何。
SV-Hop：基于晶体配体对的骨架跃迁基准与结构验证方法
研究从蛋白质数据库构建了2886对结合同一口袋但Bemis–Murcko骨架不同的配体对，覆盖27个靶点、五个家族，并采用骨架留出与靶点留出划分。作者提出无对接的接触保持判据：真实跃迁在40对晶体中恢复80.6%的参考接触，97%的配体对超过0.6，该判据与药效团重叠相关（ρ=0.51，n=50）但与效力差距不相关（ρ=−0.13）。
MeCoBi：从配体 SMILES 批量构建过渡金属配合物三维结构的开源工具
MeCoBi 是一个自动化流程，可从配体 SMILES 构建并优化单核金属配合物的三维结构，覆盖 36 种 d 区及主族金属、配位数 2–9。在剑桥结构数据库 30,830 个实验结构上，它为 99.6% 的配合物生成了结构，金属–配体键长误差中位数为 0.06 Å。
LLM 自动挖掘文献构建大规模肝毒性知识库
研究团队构建了一条由 LLM 驱动的自动化流水线，从 PubMed/PMC 文献中抽取肝毒性发现，当前快照收录 53,575 篇文献（1995-2026）中 17,002 种化学品的 189,212 条记录，覆盖 235 种至少关联 20 种化学品的生物标志物。
研究系统评估机器学习在环肽上的预测边界
研究系统评估了十类模型家族与九种分子表示在十二项环肽预测任务上的表现，覆盖三类性质、共9341条肽。膜通透性呈现最清晰的预测信号，结合亲和力与半衰期预测仍然困难；树集成在回归任务中较强，预训练化学语言模型在分类任务中平均表现最好，没有单一模型家族在所有任务上占优。
膜几何分析揭示AlphaFold跨膜蛋白复合物预测的优势与局限
研究系统评估了AlphaFold蛋白质结构数据库中189,469个高置信度AlphaFold-Multimer跨膜-跨膜复合物及跨膜-可溶复合物的膜相容性。在125,657个可评估复合物中，95.4%的联合疏水厚度落在15-35埃的预期范围内，但部分复合物尽管预测置信度高，仍出现膜定位或原聚体取向的明显不一致，仅含一两个跨膜螺旋的相互作用常由膜外接触主导。
LearnM8 1.0 发布：面向任意 oracle 的模块化分子主动学习框架
LearnM8 1.0 是一个开源 Python 包，将 oracle 设计为可替换函数，使对接、自由能计算、预计算分数或实验室测量都能驱动同一套主动学习流程。
研究从按需万亿级化学空间中发现GPR119新配体
研究采用V-SYNTHES2方法从Enamine xREAL按需化学空间筛选约3万亿个化合物，发现多个GPR119激动剂与拮抗剂新化学型。经结构引导的类似物扩展与立体选择性合成，获得低微摩尔效力的完全与部分激动剂；三个命中化合物的活性GPR119-Gs复合物冷冻电镜结构验证了对接预测，并据此发现BRI-17403和BRI-17409，EC50分别为1.6 μM和1.3 μM。
ChemPrior-GAT：以化学规则非共价图与药效团监督预测分子性质
作者提出ChemPrior-GAT，将分子内氢键和范德华接触按拓扑与几何规则建成独立图，并用扩展σ-hole字典的药效团辅助头监督每个原子。在无预训练、scaffold划分的7个MoleculeNet分类基准上，该模型在3个基准取得最佳ROC-AUC且平均排名最低，同样两个模块也能提升AttentiveFP。
ACS JMC (药物化学)无偏、靶点未知的PROTAC库合成与筛选平台
【摘要级】研究团队报道了一个无偏、直接进入生物学的平台，用Ugi多组分反应将含羧酸配体与VHL招募型E3连接酶配体-连接子偶联物在单孔板中偶联，经固相萃取后直接进行细胞表型筛选，无需预设靶点。