AI 制药日报 · 2026 年 11 月 4 日 · 星期三
下一分子
蛋白质与大分子设计
斯坦福 X-lab 与 SNAP 实验室发布 ProteoCraft 蛋白设计框架
斯坦福大学 X-lab 与 SNAP 实验室联合发布蛋白设计框架 ProteoCraft，采用梯度提案、完整结构预测验证与两阶段蒙特卡洛树搜索，支持结合蛋白从头设计和限定区域局部改造。
腾讯混元 Hyra 2.0 科研智能体自主研发出蛋白质逆折叠模型 HyInv 与语言模型 HyPLM-Flash
腾讯混元于 11 月 2 日发布 Hyra 2.0（Hunyuan Research Agent），将 AI 科研智能体的目标从解决单个科研问题扩展到自主研发可复用的模型、算法和工具，并完成两个 AI4Protein 成果的研发。
Nature Communications｜IDPForge用扩散模型生成无序蛋白构象集合
IDPForge以ESMFold序列与残基配对模块结合去噪扩散，从氨基酸序列生成全原子无序蛋白构象集合，在32条单链IDP测试序列上综合NMR拟合的归一化X-EISD分数为0.890，高于IDPConformerGenerator的0.576、IDPFold的0.582和CALVADOS的0.584。
AI 虚拟细胞与扰动预测
深势科技介绍ProteinTalks虚拟细胞合作研究及应用
深势科技在11月3日的官方文章中介绍合作开发的ProteinTalks虚拟细胞模型及药效预测应用。相关Nature论文此前已经公开；本条收录的是公司当日介绍，不代表论文当天首次发表。
前沿论文与基准
Cell | SPARCS：AI引导激光显微切割实现复杂图像表型的大规模遗传筛选
德国慕尼黑大学Veit Hornung与马普生化所Matthias Mann团队在Cell发表SPARCS平台，将自动化激光显微切割改造为高通量单细胞分离手段并配合深度学习图像分类器，在7000万细胞规模完成自噬体形成与STING转运的全基因组筛选。
Dunbrack 将 ipSAE 扩展至蛋白-配体与核酸复合物评分
Dunbrack 将基于预测对齐误差的 ipSAE 评分从蛋白-蛋白复合物扩展到蛋白、核酸、小分子配体与原子离子参与的相互作用，对每对分子明确指定比对框架来源、被评分 token 与 d0 定义。
研究用深度突变扫描数据评测蛋白语言模型与深度学习模型的抑制剂相互作用预测
研究以覆盖MET激酶域11种抑制剂条件的深度突变扫描数据，系统评测突变效应预测与药物-靶点亲和力预测模型。结果显示，尽管实验揭示的抑制剂依赖性适应度景观明显不同，当前AI模型在两类任务上大多给出配体不变的预测；LigandMPNN和LASErMPNN等配体感知几何模型部分找回实验验证的耐药相关热点，而深度学习亲和力模型低估突变引起的结合亲和力变化。
算法工具与系统
Open Targets · Blog一手Open Targets介绍Mira临床数据管线，整合23个来源
Open Targets在11月3日的官方博客中介绍Mira：它汇集23个来源的临床试验和药物数据，帮助研究者把药物、靶点、疾病及试验进展关联起来。管线此前已于3月发布，本次收录的是官方介绍，不把管线本身写成当天首次上线。