ChemRxiv Preprints· Xiao, Xiongjie·· 3 天前精选AI 评分74
SV-Hop:基于晶体配体对的骨架跃迁基准与结构验证方法
Scaffold hopping from deposited crystal pairs: docking-free contact-conservation benchmark and structure-validated method
AI 导读
研究从蛋白质数据库构建了2886对结合同一口袋但Bemis–Murcko骨架不同的配体对,覆盖27个靶点、五个家族,并采用骨架留出与靶点留出划分。作者提出无对接的接触保持判据:真实跃迁在40对晶体中恢复80.6%的参考接触,97%的配体对超过0.6,该判据与药效团重叠相关(ρ=0.51,n=50)但与效力差距不相关(ρ=−0.13)。
推荐理由
该预印本用晶体结构对构建无对接的接触保持基准,并报告骨架跃迁方法在骨架留出与靶点迁移下的表现差异。
来源:ChemRxiv Preprints · chemrxiv.org