AI 制药日报 · 2026 年 11 月 13 日 · 星期五
下一分子
蛋白质与大分子设计
上海交大郑双佳团队提出 OriDynamics 全原子多构象生成模型并开源
临港实验室郑双佳团队在 arXiv 发布 OriDynamics，将蛋白单体、蛋白—小分子和蛋白—蛋白复合物纳入统一的全原子构象集合生成框架，先探索代表构象再采样局部波动。
StableProt 与 EnzymeRSI 两项预印本：蛋白质热稳定性预测与酶设计递归改进框架
两项预印本工作分别提出 StableProt 与 EnzymeRSI。StableProt 用冻结 SaProt（650M）骨干结合 Foldseek 3Di 结构 token。
bioRxiv：生成式模型设计AAV衣壳，保留递送功能并抵抗抗体中和
Giulio Chiesa、Suyue Lyu等人在bioRxiv发布预印本，用基于变分自编码器的ProteinVAEc从355条天然VP3序列学习约束，生成并实验测试255个AAV衣壳设计。
AI 虚拟细胞与扰动预测
Anne CarpenterJUMP Cell Painting 化合物数据集完整预印本发布
JUMP Cell Painting 化合物数据集的完整预印本发布，包含人类细胞图像与 115,796 个化合物对应的 15.3 亿个单细胞图谱，数据由 12 个实验室生成并免费开放。预印本发布于 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.23.534023v4。
商业与生态合作
礼来与Fauna Bio认定第二个肥胖症靶点，触发里程碑付款
11月11日，Fauna Bio宣布与礼来合作的第二个肥胖症靶点获得认定并触发一笔未披露金额的里程碑付款，双方协议潜在里程碑总额最高4.94亿美元。合作始于2023年12月，首个靶点于今年3月获认定，基于十三纹地松鼠研究并在饮食诱导肥胖小鼠模型中验证；第二个靶点来自不同组织，是否同样基于该松鼠数据尚未披露。
前沿论文与基准
上海交大团队在Nature Communications发表链即提示框架，46条设计脂肽中44条有体外活性
上海交通大学李磊团队在《Nature Communications》发表研究，提出把脂肪酸链类型编码为可学习词元的链即提示框架，用于预测和设计抗菌脂肽。模型先在50,310条线性肽上训练LinAMP-BERT，再用477条覆盖C6至C18七种N端脂肪酸链的脂肽数据适配；加入脂肪酸链信息后，测试集MCC从0.44升至0.57、准确率从0.66升至0.80。
药物–靶点结合动力学现状与路线图：CECAM研讨会观点总结
一篇发表于《Drug Discovery Today》的观点文章总结了2025年3月在瑞士洛桑CECAM总部举行的研讨会，讨论蛋白质–配体结合动力学的计算预测方法。
算法工具与系统
Isomorphic Labs推出药物设计引擎IsoDDE，2至4天自主完成分子设计
Isomorphic Labs总裁Max Jaderberg发文介绍自研药物设计引擎IsoDDE，称其可在2至4天内自主完成分子设计搜索，并以靶点D为例展示设计分子在实验室浓度响应曲线中成功调控该靶点。
深度观点与访谈
从对接到实验：蛋白相互作用计算的七个判断
作者按蛋白-蛋白对接、丙氨酸扫描、MD与MM-GBSA、Boltz-2等环节梳理蛋白相互作用计算中七个最易误用的判断点。文中指出PIPER对接应按簇大小而非最低能量排序，计算扫描与实验突变测的不是同一个量，MM-GBSA典型误差2–3 kcal/mol只能区分相差10–100倍的活性。
文章速递
Bioinformatics (Oxford)从蛋白序列与SMILES零样本预测蛋白-配体结合位点
【摘要级】研究提出一个配体感知的系统性基准与评测框架，在残基级结合位点预测中区分配体样本充足、样本稀少和训练中未见三类情形。三阶段序列模型逐步引入配体条件化与化学语言模型SMILES表示，第二阶段在配体充足测试集上的配体宏平均F1为0.5832，高于第一阶段的0.4769；第三阶段对未见配体的残基级合并F1为0.3109、配体宏平均F1为0.2338。
RMSD 上限：几何型过渡态指标存在信息限制
研究在 r2SCAN-3c 水平优化 Transition1x 数据库中 260 个反应的 520 个插值初始猜测，发现 Kabsch 对齐 RMSD、D-MAE、反应坐标投影及半经验描述符等几何型质量指标在预测优化成功时 AUC 均落在 0.77–0.84 的窄区间。
HIP 分子 Hessian 检查点的分布外失效审计：截断、邻居上限与勘误
该预印本审计了 hip_v3.ckpt、hip_v3_cf.ckpt 和 hesspred_v1.ckpt 在 710 分子 PubChem 尺寸泛化基准（N=30–100 原子）上的表现。
SEMPER：跨人脑细胞类型的多模态蛋白质表示模型
作者提出多模态表示学习模型SEMPER，将蛋白质语言模型表示与成人脑442种细胞类型的蛋白互作网络对齐，使每个蛋白在其基因表达的细胞类型中获得序列信息表示。
CIPER：可解释渗透性预测指导环肽编辑
作者提出CIPER（Context-Integrated Potential Edit Regression），学习与实验测定匹配的渗透性差异，并把每个预测分解为训练分子的精确贡献，用于环肽编辑排序与母体保留决策。
SmartReact：基于可解释SMARTS模板的开源正向合成枚举Python库
SmartReact 是一个开源 Python 库，用于可扩展的正向合成枚举，其模板基于 SMARTS-RX 功能团本体做组合展开，共 9 770 条模板、覆盖 37 类药物化学反型，每条预测都可追溯到具名反应和明确的功能团要求。
AnCore 发布六阶段结构虚拟筛选流程，整合两阶段重对接与300 K朗之万动力学筛选
作者发布 AnCore Scientific Studio，一个用 Rust/Tauri 编写的原生 macOS 工作台，内置六阶段 Python 引擎，流程包括受体整理与 5.0 Å 口袋映射。
Briefings in BioinformaticsCRAFT：在理化约束下条件化从头设计抗原特异性TCR的生成模型
【摘要级】研究提出CRAFT，一个以pMHC为条件、在理化约束下从头设计抗原特异性TCR CDR3β序列的解耦生成模型。模型由捕获pMHC上下文的抗原编码器PrimeBERT与保留天然受体先验的自回归解码器PrimeTCR组成，两者通过交叉注意力耦合，并加入Atchley因子嵌入以在解码中引入界面理化约束。
ACS JCIM (化学信息与建模)FUSED：联合建模蛋白-配体结合位点结构与元素组成的函数表示
【摘要级】作者提出 FUSED，一种将配体结合位点的结构信息与元素组成联合建模为距配体距离函数的多元函数表示，结构部分采用 CDPA 框架的协方差描述符，组成部分用等距对数比坐标。
ADCNet抗体偶联药物评测集数据审计：标签反映开发阶段而非效力
作者审计ADCNet公开的50个构建体评测集与435个构建体建模集，发现50个评测构建体中33个（66%）不含训练集未见组分，40个（80%）与训练构建体共享载荷-连接子组合，10个（20%）共享完全相同的抗体-载荷-连接子三联体、仅DAR不同。