AI 制药日报 · 2026 年 11 月 3 日 · 星期二
下一分子
MolRSI：自进化分子发现智能体以跨任务经验优化工作流，抗菌筛选命中率15.9%
东北大学、Broad研究所等机构在arXiv预印本中提出自进化分子发现智能体MolRSI，把模型选择与组件组合等工作流作为优化对象，并用跨任务记忆积累可复用经验。
蛋白质与大分子设计
Prompteina 用自然语言设计蛋白质：89 个受测设计中 9 个结合 GM2A
华盛顿大学等机构提出 Prompteina，以自然语言描述整体形状、局部结构和结合界面，联合生成蛋白质全原子结构与序列。团队构建 Prompteina-Data，含约 180 万个蛋白结构条目和 5240 万条文字描述，基于 Complexa 加入全局与残基级文本条件通路。
可微自旋中心扩散模型实现DEER引导的加权蛋白质构象集合生成
作者提出可微的自旋中心（SC）扩散模型，可调节自旋标记的旋转异构体宽度，并与冻结的Boltz-2结构生成器耦合，使完整实验P(r)在推理阶段引导构象集合生成。在已知组成的合成P(r)上，该流程恢复了集合布居数，包括双峰分布的两个组分；在PfMATE、LmrP、MhsT和P-糖蛋白上，依据不同生化条件下测得的实验P(r)建模集合，并据此推导条件依赖的自由能差。
BioTender盘点19个全原子蛋白设计项目：竞赛焦点从生成结构转向控制功能
BioTender 汇总2026年9—10月收录的19个全原子建模与设计项目，覆盖结构生成、复合物预测、结构编码与设计优化，认为竞赛焦点正从生成结构延伸到控制功能。
小分子与计算化学
arXiv · q-bio.BM (生物大分子)一手D2ML：面向直接到生物学小分子筛选的测定感知模型
作者提出 D2ML 测定感知模型，从单点筛选预测活性、从粗制剂量反应预测跨靶点相对效力、从纯化化合物数据预测绝对效力，并用跨阶段共享信息的联合模型提升预测。
MIT团队用AI从700亿分子中筛出9种抗生素候选物，获2026年普利兹克AI科学研究卓越奖
麻省理工学院教授Regina Barzilay和James J. Collins获得2026年普利兹克AI科学研究卓越奖，其Antibiotics-AI Project已用AI虚拟筛选超过700亿个分子、对超过3.8万个分子开展抗菌实验，发现或设计出9种新型抗生素候选物。
伯克利团队在Science提出刺激性蛋白降解SPD策略，小分子BD2激活CUL2-FEM1B改善线粒体功能
加州大学伯克利分校Michael Rapé团队在《Science》发表研究，提出刺激性蛋白降解（SPD）策略，用小分子解除BEX蛋白对E3连接酶CUL2-FEM1B的抑制，促进其天然底物降解。
SolviScope：面向纯溶剂与多元溶剂体系小分子溶剂排序的交互感知图神经网络
研究提出 SolviScope 图神经网络框架，用于纯溶剂与二元溶剂体系中的溶解度预测和溶剂排序。SolviScope-Pure 结合二维门控图编码器与分子间交叉注意力。
商业与生态合作
Anthropic公布Claude加速药物开发早期进展：六家机构合作与自主罕见病项目
Anthropic于2026年10月27日发布文章，介绍Claude加速药物开发的早期进展，过去数月与BigHat Biosciences、BMS、Divergence Labs、Enveda、Generate Biomedicines与The Column Group六家机构达成深度研究合作，并启动自主药物发现项目。
前沿论文与基准
牛津大学推出SAbDab2结构抗体数据库，含2.2万抗体实例与ML级训练测试拆分
牛津大学团队在NAR发布SAbDab2，为机器学习时代重新设计的结构抗体数据库，截至2026年10月9日收录来自11,660个PDB编号的22,543个抗体实例，归为6,945个唯一SAbDab2编号。
TS Second Opinion：检出并修复机器学习过渡态预测中的镜像手性错误
作者提出模型无关的后处理层 TS Second Opinion，用于检出并修复生成式过渡态预测中的镜像手性错误。在 RDB7 基准上，GoFlow 的过渡态猜测有 17.7% 手性中心方向错误，其中 85% 仍被常规距离评分判为准确，90% 属整体镜像且能通过频率检查。
Science Advances：基于AlphaFold 3从序列通用预测T细胞受体抗原特异性
研究人员提出AF3-PTI-PAE方法，用AlphaFold 3预测MHC–抗原肽–TCR三元复合物结构，并以TCR–抗原肽界面预测排列误差判别抗原特异性，无需针对特定抗原训练。