2026 年 11 月 12 日 · 星期四每天 08:00 出刊

AI 制药日报 · 2026 年 11 月 12 日 · 星期四

下一分子

第 31 期12

2026 年 11 月星期四

21项关键进展18个来源5件一手发布1个新模型/算法约 8 分钟读完

今日总结

Geodesic Intelligence 发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite，并通过 API 与 NovaDDE 平台提供使用。Molence Bio 推出 Mol-1-constraint，可输入三类结合线索在预测前引导复合物结构。DeepMind 发布 AlphaGenome 2，在 28 种原代免疫细胞类型上识别因果变异比例由 16% 升至 30%。

蛋白质与大分子设计

下一分子一手另有 4 家信源报道

Geodesic 发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite 并公布界面基准

顾全全创立的 Geodesic Intelligence 于 2026 年 11 月 10 日发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite，通过 API 和 NovaDDE 平台提供使用。

原文

BioAIDesign另有 2 家信源报道

Molence Bio 发布 Mol-1-constraint：让结合位点线索参与结构预测

Molence Bio 推出基于 Mol-1 微调的 Mol-1-constraint，可在序列与分子组成之外输入 SITE、CONTACT、EXCLUSION 三类结合线索，在预测前引导复合物结构。

Molence 发布 Mol-1-constraint 结合位点引导模型，FoldBench 抗体抗原 DockQ 达 45.4%Molence

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AI药物设计实验室

清华等提出Trion-1：统一蛋白质序列、结构与文字的扩散语言模型

清华大学、上海人工智能实验室等机构在arXiv发布预印本Trion-1，用共享离散词元与扩散语言模型统一处理蛋白质序列、结构和自然语言。在按PDB日期划分的测试集上，MDLM版本单次采样折叠TMaa为0.86、RMSDaa为5.64 Å，优于统一三模态模型BioMatrix单次采样的0.60和12.62 Å，但仍低于专用折叠模型ESMFold的TMaa 0.94。

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AI 虚拟细胞与扰动预测

Google DeepMind / Isomorphic一手

DeepMind 发布 AlphaGenome 2，按细胞类型预测 DNA 变异影响

Google DeepMind 发布下一代 DNA 序列模型 AlphaGenome 2，可针对特定细胞类型和状态预测 DNA 序列及其变异的影响。在 28 种原代免疫细胞类型的 TenK10K 数据集上，模型识别出的因果变异比例从原版 AlphaGenome 微调后的 16% 提升到 30%，方向性基因效应从 23% 提升到 43%。

原文

DrugAI

Nat. Mach. Intell. 研究提出协同信息评分，指出多模态细胞基础模型需超越表示对齐

研究人员在《Nature Machine Intelligence》提出协同信息评分（SIS），以最优单模态模型为基准量化多模态融合带来的额外任务相关信息，并用空间转录组数据评估10种融合方法。

原文

管线与临床进展

CHARM Therapeutics一手

CHARM公布CHM-029与CHM-056临床前数据，耐药突变下活性优于一代menin抑制剂

CHARM Therapeutics宣布将在2026年12月12-15日新奥尔良举行的第68届ASH年会上以两张海报和一场口头报告展示CHM-029与CHM-056的临床前数据及CHM-029的I/II期试验设计。

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商业与生态合作

Valo Health 官网资讯一手

Valo Health 与 Montai Therapeutics 合并，组建人类证据驱动的药物发现平台

Valo Health 与 Montai Therapeutics 宣布合并，合并后保留 Valo Health 名称，由 Valo 现任 CEO Brian Alexander 领导。

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药化猩球

argenx以最高约11.45亿美元收购大环肽平台公司Unnatural Products

argenx于2026年11月9日宣布收购美国大环肽公司Unnatural Products，现金首付款5.5亿美元，另有最高5.95亿美元的或有价值权与研发和监管里程碑挂钩，最高潜在交易价值约11.45亿美元，预计2026年底前交割。

原文

德睿智药

德睿智药与博锐创合达成战略合作，推进AI驱动的环肽RDC研发

德睿智药与博锐创合宣布达成战略合作，围绕以环肽为靶向配体的放射性核素偶联药物（RDC）共同推进具有同类首创潜力的肿瘤精准诊疗药物研发。合作将依托德睿智药Intera生命科学基座模型体系，结合InteraFold-PEP对环肽与靶蛋白结合模式的预测，开展环肽分子的设计、筛选与优化，并与博锐创合的放射性药物开发、核素标记及临床转化能力协同迭代。

原文

前沿论文与基准

BioAICraft

Anthropic 发布 Claude Fable 5.2 与 Mythos 5.2，解读其生命科学能力

Anthropic 于 11 月 9 日发布共享底层的 Claude Fable 5.2 与 Claude Mythos 5.2，两者主要区别在安全措施与访问资格。

原文

算法工具与系统

Google DeepMind / Isomorphic一手

Google DeepMind 发布 Gemini 4 Carbon 前沿模型，覆盖科研推理与网络安全

Google DeepMind 面向开发者、企业和科研人员开放 Gemini 4 Carbon，称其在网络安全与长程智能体任务上达到前沿水平，API 定价与 Gemini 4 Argon 相同（每百万输入 token 2 美元、输出 10 美元）。

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文章速递

arXiv · q-bio.BM (生物大分子)

Bonbon：分子相互作用基础模型在零样本下涌现功能、结合位点与共价键识别能力

作者提出分子相互作用基础模型 Bonbon，基于约3.2万亿token的蛋白-配体配对序列训练，在单一表示空间中零样本涌现功能（作用机制）、残基（结合位点定位，含正构/别构区分）和键（共价与非共价结合）三个层级能力，且均能泛化到分布外复合物。

原文

bioRxiv · Biochemistry

Baker团队用RFdiffusion3从头设计可编程位点特异性泛素连接酶

研究团队用RFdiffusion3从头设计以半胱氨酸催化三联体转移泛素、靶向指定底物赖氨酸的连接酶，48个设计中35个可泛素化模型肽，活性最高的接近定量转移。

原文

bioRxiv · Biophysics

MDClaw：为 AI 智能体运行分子动力学模拟提供可审计框架

研究提出 MDClaw，一个用校验工具和有向无环图（DAG）在执行前检查模拟阶段并记录每个阶段的框架，用于让 AI 智能体运行的分子动力学模拟留下可追溯的过程记录。

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arXiv · q-bio.BM (生物大分子)

ProTEUS：面向闭环蛋白质进化的突变分辨世界模型

作者提出 ProTEUS，一个以突变为分辨单位、用于闭环蛋白质进化的世界模型，在零样本和有监督微调的突变预测任务上超过已有模型。模型基于 MutationFormer 的突变偏置注意力架构，在深度突变扫描数据上预训练，联合学习序列、进化和结构信息，并配套一个物理约束的全原子预测器，速度比 AlphaFold3 提升逾 10 倍。

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bioRxiv · Biochemistry

可编程从头连接酶实现选择性酰胺键形成

研究团队设计出含半胱氨酸催化三联体的从头酰胺连接酶，可在含36个竞争赖氨酸的多肽序列上选择性修饰N端或单个赖氨酸残基，两种连接酶的晶体结构与设计模型高度吻合。研究进一步设计立体选择性连接酶，用于HIV预防药物lenacapavir合成中的关键酰胺成键步骤，预印本摘要称其将从头酶设计确立为可编程的酰胺键形成平台。

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arXiv · q-bio.BM (生物大分子)

ANTIOCH-VS：从序列到命中化合物的模块化开源集成虚拟筛选框架

马里兰大学团队提出开源框架 ANTIOCH-VS，可从蛋白序列出发完成构象系综构建、对接与共识排序，输出候选结合剂短名单。在 JAK2 激酶和 ADRB2 GPCR 的 DUD-E 基准上，仅用序列生成的 AF2RAVE 系综使 top-20 短名单命中率达 20% 和 60%（随机约 1-2%），与配体结合晶体结构相当，JAK2 上还高于单一 AF2 模型和 apo 晶体。

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bioRxiv · Bioinformatics