Baker 团队设计无序区蛋白探针识别 Tau 与 Aβ 修饰并区分邻近磷酸化组合
华盛顿大学蛋白质设计研究所 Kejia Wu、David Baker 等与麻省总医院等团队在 bioRxiv 发布预印本，通过从头设计获得识别 Tau 和 Aβ 特定化学修饰的蛋白探针。
推荐理由：该预印本展示了按邻近磷酸化状态定制 Tau 探针的设计思路，并给出从合成肽到细胞与脑组织的验证链条。
#功能验证
BioAICraft精选AI 评分7676 BioAIDesignAI 评分5252 UnibindMD用分子动力学复核BindCraft设计的蛋白候选
10月23日发布的bioRxiv预印本提出UnibindMD流程，将BindCraft设计、亲和力预测、成药相关性质评估与分子动力学串接，用于复核蛋白设计候选。
AI4ProteinAI 评分4040 “长江杯”全球AI蛋白质设计挑战赛奖金加码至140万元、湿实验扩容至7000条，报名队伍突破1200支
“长江杯”全球AI蛋白质设计挑战赛总奖金加码至140万元人民币（税前），免费湿实验验证规模从5000条扩容至7000条。赛事上线4周报名队伍突破1200支，覆盖16个国家和地区，序列提交与报名截止日期均延长至11月30日。大赛设若干真实靶点赛道，每队每赛道最多提交20条从头设计序列，以真实湿实验数据为唯一评价标准。
DrugAI精选AI 评分6868 Nat. Commun. | 用scTransMIL定位组织中的恶性细胞与致病基因，并在动物实验中得到验证
腾讯AILabHealthcare团队在Nature Communications发表scTransMIL，用多实例学习把样本级癌症表型与单细胞表达连接，同时输出细胞疾病分数和基因注意力线索。
推荐理由：文章梳理了scTransMIL从样本表型定位到细胞与基因线索的路径，并给出OGT靶点在动物实验中的验证链条。
动脉网AI 评分3333 单项1500元起、8天出报告：长都生物3D打印肿瘤模型用于个体化药敏检测
长都生物用生物3D打印原代肿瘤组织构建体外模型，开展个体化药敏检测，报告周期从传统2~4周缩短至最快8天，模型培养成功率超98%。一项40例观察性试验中，按模型筛选有效药物的20例患者生存期显著长于使用低推荐度药物的20例。公司已建成6家BSL-2自有实验室、完成超3000例检测，覆盖49种实体肿瘤模型。
LeapFunAI 评分3636 吉利德12.75亿美元收购PepStar口服IL-23R项目：三件专利解析
吉利德以12.75亿美元现金收购PepStar（瀚辰星泰）口服IL-23R抑制剂项目全球权益，核心资产HCXT-2001尚处临床Ⅰ期。三件专利显示PepStar围绕大环肽结构优化、SPR测IL-23R亲和力、PBMC pSTAT3与NK细胞IFN-γ等多层功能验证，并以SFC-EPSA及大鼠、食蟹猴PK对照JNJ-2113。公开专利尚未确认HCXT-2001对应实施例，人体PK与疗效仍待验证。
Brian NaughtonAI 评分3636 Nanograb团队mRNA靶向递送进展
@debesh 和 @nanograb 团队取得了很棒的进展！将 mRNA 递送到特定细胞将是一个巨大的突破。
BioTender精选AI 评分7070 Ligo Biosciences 公布酶设计系统 Artios 的从头设计酶结果
Ligo Biosciences 公布酶设计系统 Artios，首轮荧光素酶实验筛 85 个设计有 7 个具活性，较大蛋白筛 45 个有 9 个初筛命中。
推荐理由：文章逐项拆解 Artios 的筛选口径与实验证据，说明计算通过率与实验命中率之间的差距。
LeapFun精选AI 评分7676 Baker Lab用AF3与RFdiffusion设计65-85 aa合成转录激活子
华盛顿大学IPD与Rice大学团队在bioRxiv发布预印本，用AlphaFold3绘制TAD-辅因子界面地图、RFdiffusion与ProteinMPNN生成结构化binder，经哺乳动物功能池筛获得超过300个针对Mediator、BRD4、NCOA、p300的nM级binder。
推荐理由：该预印本把转录激活拆成可设计的辅因子募集零件，并给出亲和力阈值与CRISPRa对比数据，便于理解控制层模块化路径。
iNatureAI 评分8282 华人一作兼通讯！诺奖团队领衔，两天连发3篇《Nature》及《Science》
华盛顿大学David Baker团队与苏黎世联邦理工学院Donald Hilvert合作，于2026年10月14日在Nature在线发表金属蛋白酶计算设计研究，用RFdiffusion 2仅指定锌基催化中心与相邻肽结合口袋位置、其余序列由模型生成，135种设计中36%能特异切割指定底物的目标肽键，最优设计水解速度比背景反应快超10⁸倍，优化活性位点预组织后可达10¹⁰倍以上。
BioAICraft精选AI 评分7676 斯坦福团队在bioRxiv发布ProVADA：引导蛋白适应细胞质并降低HLA-I结合肽
斯坦福大学Xiaojing J. Gao、Wing Hung Wong等团队于10月18日在bioRxiv发布预印本，提出ProVADA框架，用固定的ProteinMPNN生成多位点改造序列、外部评分器评价完整序列，再由MADA种群退火引导搜索。
推荐理由：该预印本用外部评分器引导固定生成模型做多位点改造，并给出肾素与CAR抗体片段的湿实验对照结果。
DrugAIAI 评分7676 谷歌推进AI agents与湿实验闭环：让AI从实验中学习，找到纳摩尔级蛋白结合分子
谷歌公布实验自动化框架VERID、适配体闭环发现和蛋白质结合分子设计三项进展，目标是让AI智能体在研究人员指导下运行实验并从结果中学习。VERID在开源PyLabRobot基础上建立实验工作站的语义数字孪生，提供状态查询、快速模拟、安全执行和完整记录四项能力。
SynBioBeta News精选AI 评分6868 Latent Labs 发布抗体设计智能体 Latent-Y，称计算流程提速 56 倍
Latent Labs 发布其称为首个经实验室验证的药物设计智能体 Latent-Y，用于自动完成抗体设计中的文献调研、靶点结构分析与结合位点指定等步骤，并配套面向抗体与多肽设计的模型 Latent-X2，通过网页界面供研究者逐步控制。
推荐理由：报道介绍 Latent Labs 的抗体设计智能体如何把文献调研与表位选择交给软件，并给出其自报的提速数据。
Jacob KimmelAI 评分3838 NewLimit公布年龄重编程新成果
summer @newlimit：我们找到了迄今最好的年龄重编程载荷，达成的药物开发里程碑比以往任何时候都多，并迎来了新的团队领导者。 这是我们历史上最激动人心的时刻，希望你能考虑加入我们。 亮点 - 衰老肝细胞的再生恢复提升超过2倍 - 新增8个载荷恢复内皮功能，新增5个恢复肝细胞功能 - 治疗性生产规模扩大超过300倍，质量提升13倍 - 重编程AI的样本效率提升5倍
科普知识综述AI 评分5858 Radical Numerics用AI为耐药大肠杆菌患者设计噬菌体
加州初创公司Radical Numerics于10月20日表示，其用自研AI模型为一名耐药大肠杆菌患者设计了噬菌体，在实验室确认杀死细菌后，经单一患者FDA批准使用。这只是一个案例，结果尚未公布。文章以1917年德赫雷尔发现噬菌体、第比利斯噬菌体研究所以及抗生素兴起后西方放弃噬菌体的历史为背景，指出为患者特定菌株寻找合适噬菌体往往需数月，正是AI可能加速的环节。
BioTender精选AI 评分6262 一家华尔街投资机构，用 Claude 做起了药物发现
Citrini Research公开讲述与Anthropic合作、用Claude设计蝎毒结合蛋白的经历，20万美元预算推进到体外研究材料包阶段。其送测的211个设计中有17个符合研究结合标准，覆盖五种毒素中的四种，但未实现多毒素达标结合，也未验证毒素中和或动物保护。披露的计算支出为49,997美元，两家实验服务商账单合计接近15万美元，随后约两个月主要用于等待实验周转。
推荐理由：文章拆解Citrini用Claude设计蝎毒结合蛋白的支出、人员与实验周转，区分计算预测与湿实验证据。
AI蛋白质精选AI 评分8888 西湖大学等在Nature发表Pinal：用自然语言编程设计功能蛋白质
西湖大学等机构在Nature发表Pinal，一个160亿参数的基础模型，可直接从自然语言功能描述生成候选蛋白质。模型在17亿合成蛋白质-文本对上训练，采用文本到结构再生成序列的两阶段框架，在荧光蛋白、PET水解酶、醇脱氢酶和代谢H蛋白四个任务中均实验观察到预期功能。其中设计的pinalH02在多酶CO₂固定通路中甘氨酸滴度达11.1 mM，比天然大肠杆菌H蛋白高1.7倍，且无需迭代实验优化。
推荐理由：该研究用两阶段文本到结构再到序列的框架，把自然语言功能描述直接转成可实验验证的蛋白质，并给出四个任务的湿实验证据。
智药局AI 评分7474 Anthropic 公布 Claude 自主蛋白设计研究：64 小时生成 31.8 万个设计，17 个通过结合实测
Anthropic 公布一项生物学研究，Claude 在约 64 小时、约 1 万 GPU 小时内自主调用 12 种蛋白设计工具，针对 Cn2、Ts1、AaH I、AaH II、LqhIII 五种蝎毒神经毒素生成 318484 个微型结合蛋白设计，并完成超过 55 万组蛋白—毒素结构预测。
智药局精选AI 评分7373 全球首个「AI设计病毒」已打进人体！Evo团队新作，有望治愈4000万人
生物AI公司Radical Numerics于10月20日发布新一代生物学AI模型Omnii-1，研究人员用其设计的噬菌体已通过同情用药途径给予一名耐药细菌感染患者，公司称这是全球首例用于人体治疗的AI设计噬菌体。
推荐理由：报道梳理了Omnii-1的多模态预训练思路与AI设计噬菌体同情用药案例，并明确临床效果未披露。
AI-Protein Design同新闻AI 评分8888 RFD4-Proteina 分子设计模型发布，基准与湿实验成功率超现有模型
RFD4-Proteina 分子设计模型正式发布，在蛋白质结合、小分子结合、酶活性位点支架和 DNA 结合四类基准测试中聚类通过率均高于对比模型，并报告更高生成吞吐量。
AI-Protein DesignAI 评分6060 AI如何靶向无序序列设计蛋白质？六篇重磅论文全解读
该文汇总了David Baker团队已发表的六项靶向无序序列或无序蛋白（IDPs/IDRs）的从头蛋白质设计工作，并逐篇解读设计策略与实验结果。其中Logos法在43个靶点中39个获得结合物（90.7%），RFdiffusion扩散方法在7个IDP/IDR靶点上均获3–100 nM亲和力结合物，最新MYC结合物在多种肿瘤模型中抑癌效果优于Omomyc。
机器之心 · AI4ScienceAI 评分7676 刚刚，Claude 64小时设计31万种蛋白，17种通过实验验证
Anthropic 公布一项生物学研究，Claude 在 64 小时计算设计阶段生成 318484 种针对 5 种蝎毒神经毒素的微型结合蛋白设计，筛选出 211 个候选交由 Adaptyv Bio 和 Twist Bioscience 实验验证，最终 17 个达到预设结合标准。
BioTender同新闻AI 评分7474 Baker 团队开源 Chaperone：面向 Agent 的蛋白质设计工作流框架
华盛顿大学蛋白质设计研究所等机构发布技术报告，开源 Chaperone 轻量工具框架与 Agent harness，把生成、序列设计、结构预测等工具封装为统一表格接口的 Block，由 ExecutionEngine 分块调度并支持断点恢复。
同一新闻，精选展示《Baker 团队发布 Chaperone 智能体蛋白设计框架，整合 RFdiffusion3 与 50 余种工具》
AI药物设计实验室精选AI 评分7474 北大团队提出 CheMoDesign，在20种氨基酸之外设计可控结合蛋白
北京大学团队提出 CheMoDesign，以修饰基团或非天然氨基酸为设计起点，基于预训练全原子结构模型 Boltz-2 生成蛋白结合界面，并在凝血酶、HER2、IL-7Rα、Trop-2、CA IX 和 PD-L1 等靶标上测试。
推荐理由：该预印本把非天然化学基团作为设计起点，并用配对替换与酶活实验检验其是否真正参与结合。
Amir ShanehsazzadehAI 评分3838 Claude助力分子设计获实验验证
我对@TwistBioscience团队感激不尽！Claude是分子设计的重大加速器和赋能者，但直到在实验室看到结果，这一切才有意义。这些蝎毒素非常难处理，Twist团队完成了一项漂亮的Cn2竞争实验，让我们对结果有了更大的信心🦂
LeapFunAI 评分7878 Claude 64 小时设计蝎毒蛋白 minibinder：211 条送检，17 条双实验室达标
Anthropic 公布内部研究模型 Claude 在 Claude Science 上针对五种蝎神经毒素从头设计 minibinder 的技术报告，约 64 小时内生成 318,484 个设计，最终 211 条送 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 用 SPR 湿实验验证，按双实验室硬标准 17 条达标。
DrugAI精选AI 评分7878 Nat. Commun.：RASSCCoL 快速评估配体化学互补性用于蛋白质设计
研究团队在 Nat. Commun. 提出 RASSCCoL，以稳定α螺旋束骨架为基础，通过体积筛选、侧链重排、AutoDock Vina 对接与 AlphaFold2 结构复筛构建小分子结合口袋，DPH 设计流程在单 CPU 核心约 30 分钟完成。
推荐理由：研究用稳定α螺旋骨架加体积互补筛选替代大规模结构生成，为小分子结合蛋白设计提供低成本可解释路径。
Amir Shanehsazzadeh精选AI 评分6060 Anthropic × Adaptyv 蛋白质设计竞赛第4期以TfR1为靶点，要求设计pH敏感结合剂
Anthropic × Adaptyv 蛋白质设计竞赛第4期在 proteinbase 平台开放，靶点为 TfR1，要求设计能精确结合该受体特定位点的 pH 敏感结合剂，以帮助药物穿过血脑屏障进入脑内。作者 Amir Shanehsazzadeh 转述称，本期评测关注结合、小鼠交叉反应性与 pH 敏感性；TfR1 在血脑屏障高表达，pH 敏感结合剂可在内体中释放并从脑侧排出以递送治疗药物。
智药邦AI 评分7878 谷歌推进AI agents与湿实验闭环：让AI从实验中学习，找到纳摩尔级蛋白结合分子
谷歌于2026年10月16日公布实验自动化、适配体闭环发现和蛋白质结合分子设计三项研究进展，目标是让AI智能体在研究人员指导下运行实验并从结果中学习。VERID框架在开源PyLabRobot基础上建立实验工作站的语义数字孪生，跟踪空间位置、试剂身份、液体体积和吸头库存，提供状态查询、快速模拟、安全执行和完整记录四项能力。
AI4ProteinAI 评分2828 “长江杯”全球AI蛋白质设计挑战赛报名超900支队伍，10月31日截止
“长江杯”全球AI蛋白质设计挑战赛上线三周已有超900支海内外队伍报名，报名将于10月31日截止。赛事设100万元人民币总奖金池，并对不少于5000条序列提供免费表达、纯化与检测，入围序列实测结果将统一公开。比赛靶点将于11月1日正式公布，官方不提供远程服务器和算力。
LeapFun精选AI 评分6565 BindCraft2｜627条环肽零命中，BindCraft2升级版本
深圳UniBindMD在bioRxiv复盘用BindCraft2 v1.0.3环肽模式针对人LDHA表面K81乳酰化附近表位的两轮设计，627条轨迹无一进入接受池，609条（97.1%）停在最早的screen阶段。
推荐理由：复盘627条环肽设计轨迹全部零命中，指出默认置信度门槛与短肽模态不匹配的具体卡点。
医药魔方AI 评分3636 帆礼生物TL1A抗体TL-001（BYN-002）公布临床Ⅰ期积极中期结果
帆礼生物公布TL-001（BYN-002）在健康受试者中的临床Ⅰ期SAD/MAD中期结果，达到全部主要目标：未报告治疗相关严重不良事件、输注反应或治疗相关停药。
AI-Protein DesignAI 评分4242 近期的蛋白质设计大赛（国内）汇总
清华大学北京生物结构前沿研究中心发起2026 NK2R AI蛋白设计挑战赛，要求设计100-150aa纳米抗体，界面iPTM>0.6并按△SASA排序，前300名进入湿实验验证，一、二、三等奖分别为5000、2000、1000美元。
木可AI探索笔记精选AI 评分6363 镁伽科技上线Poreva Open全球AI蛋白质设计挑战赛，万级湿实验验证对标Anthropic
镁伽科技于2026年10月18日上线Poreva Open全球AI蛋白质设计挑战赛官网，公布首批3道赛题与规则，10月19日起全球报名且不设地域限制。
推荐理由：镁伽以万级湿实验验证切入蛋白设计公共基准，可与Anthropic赛事及Ginkgo模式对照。
AI-Protein Design精选AI 评分7373 近期两篇金属蛋白酶设计文章（Nature vs Vita）比较
文章对比了David Baker团队发表于《Nature》的金属蛋白酶计算设计与曹龙兴团队发表于《Vita》的靶向Aβ切割金属蛋白酶从头设计两项研究。两者均用RFdiffusion系列或ProteusFlow生成骨架、LigandMPNN优化序列并结合AlphaFold2/3多状态筛选，实测结构与设计模型Cα RMSD约0.8–1.88 Å。
推荐理由：对比两篇金属蛋白酶从头设计论文，梳理生成模型、筛选体系与结构验证的异同，并指出周转率差距。
AI蛋白质AI 评分8888 Nature：Baker团队用RFdiffusion2从头设计半胱氨酸蛋白酶
华盛顿大学David Baker团队在Nature发表研究，用RFdiffusion2-MI从头设计以活化半胱氨酸亲核体为核心的蛋白酶，69个设计中13个具切割活性，成功率19%，相对背景反应速率提升最高3×10⁷倍。
DrugAIAI 评分6565 药企共建抗体联盟：1万个抗体的数据能解决哪些预测难题
抗体可开发性联盟（Antibody Developability Consortium）于2026年9月29日公布创始成员为 AbbVie、Argenx、Lundbeck 和 Takeda，该联盟由 Ginkgo Bioworks 旗下 Ginkgo Datapoints 与 AI 基础设施公司 Apheris 于2025年9月发起。
LeapFun精选AI 评分6565 如何确定抗体功能表位：mimotope-MD-Folddisco 工作流与验收经验
文章介绍上海交大团队与 Jordi Marti 等 2026 年发表的 Mimotope-Guided Molecular Dynamics 方法，用噬菌体选出的 mimotope 经微秒级分子动力学精修抗体结合姿势，再用 Folddisco 映射回抗原以定位功能表位。
推荐理由：文章把几何接触面与功能热点的区别讲成可执行流程，并给出四套晶体体系的命中率与对照结果。
智药邦精选AI 评分5858 罗氏提出“AI自主”：药企内部需要保留哪些研发能力
罗氏在2026年9月28日制药业务日上提出“AI自主”，主张药企用实验检验模型判断，再据实验结果改进模型与实验方法。文章以Genentech与Recursion的神经科学靶点发现合作为例，说明AI可缩小靶点与候选分子范围，而疾病认识转化为筛选标准、理解实验条件、依据验证结果决定下一步仍需药企内部人员掌握。
推荐理由：借罗氏提出的AI自主概念与Genentech同Recursion的合作，梳理药企在靶点验证和分子筛选上需自留的判断能力。
AI-Protein Design精选AI 评分7878 Baker团队用Logos与RFdiffusion设计MYC无序区结合蛋白，原位胰腺癌模型中肿瘤细胞被选择性耗竭
Baker团队在bioRxiv预印本中报告，用Logos框架与RFdiffusion针对MYC的4个保守表位（MBI Loop 1、MBIIIa Loop 2、MBIV Loop 3及bHLH螺旋表位）从头设计结合蛋白，初筛192个设计中15个亲和力优于500 nM，成功率约7.8%。
推荐理由：该预印本报告用Logos与RFdiffusion靶向MYC无序区设计结合蛋白，并给出亲和力优化与体内抑瘤数据，可作为无序靶点设计的参照。