Nat Commun：LAffAb用Rosetta能量函数协同优化抗体亲和力与稳定性
《Nature Communications》发表LAffAb，一种从抗体-抗原复合物晶体结构出发、用Rosetta全原子能量与结构约束做CDR突变容忍度映射并组合多点突变文库的非迭代抗体设计策略。
推荐理由：该研究用Rosetta能量打分单轮设计抗体多点突变文库，在三个抗体上同时考察亲和力与稳定性。
#抗体工程
AI-Protein Design精选AI 评分7474 药化猩球精选AI 评分5858 BoltzGen、RFD4、Mol-1：决定 binder 命中率的可能不是生成器而是过滤器
作者梳理 BoltzGen、RFD4-Proteina 与 Mol-1 的公开证据后认为，把注意力从生成器转向过滤器值得检验，但尚无把同一候选池分别交给 Boltz-2 和 Protenix 过滤再前瞻性比较湿实验命中率的公开配对研究。
推荐理由：文章把生成器与过滤器的证据分层拆开，指出结构恢复榜单与湿实验命中率之间缺少可核验的桥。
途深智合AI 评分1818 途深智合邀您参加 BIO-Europe 2026｜11月9–11日，相约德国科隆
途深智合将参加11月9–11日在德国科隆举办的BIO-Europe 2026。其ToursynClaw大分子药物设计科学超智能体平台融合自研蛋白大模型、科学智能体与全自动机器人实验产线，公司称可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证，并在半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
ClickMab 科迈生物AI 评分2020 Click.mAb. 能力系列 | 当你想改造一条抗体，都能做什么——抗体人源化
ClickMab 科迈生物发布“Click.mAb. 能力系列”内容，讲解抗体人源化如何在提升人源化程度的同时尽量保留原有结合活性。其思路是借助 AI 结构预测与大规模人源框架库，从更广序列空间中筛选框架，并在设计阶段兼顾结构稳定性与关键识别特征，替代框架筛选、CDR 移植和多轮回复突变的传统流程。本期以 3D 动画演示抗体人源化的关键步骤。
LeapFun精选AI 评分5858 阿斯利康同一日2篇｜抗体亲和力优化，哪些位点被低估了？
阿斯利康团队分析同一克隆家族的211个抗ST2抗体，按实测亲和力分组后找出高亲和力抗体中更常见的突变，将M33I与L100I引入亲本ST2_146后KD由10.5 nM降至3.17 nM，再加K37R降至1.03 nM。
推荐理由：两篇抗体亲和力优化研究分别从克隆家族统计与结构能量筛选入手，并给出各自失效边界。
智药局AI 评分5858 全球制药TOP10，半数被拿下！OpenAI孵化的AI制药独角兽，征服罗氏
11 月 5 日，Chai Discovery 宣布与罗氏达成合作，将其 AI 模型及分子设计平台用于罗氏多个药物发现项目，合作金额、靶点、项目数量与期限均未披露。
BioAIDesignAI 评分4848 产品体验 | 从蛋白设计到干湿闭环，Sciland 如何构建自进化科研工作空间？
壹索智能推出的 Sciland AI 原生科研工作空间以课题内干湿闭环和跨项目自进化闭环组织蛋白设计、实验验证与经验复用。其技术报告称，在单张 NVIDIA H800 GPU 上，20 残基多肽从头设计与双模型结构复核端到端耗时 133.6 秒，227 残基抗体人源化与三维结构建模耗时 79.9 秒。
途深智合AI 评分2626 途深智合在香港金融科技周探讨AI制药多模态与实验验证闭环
途深智合在11月2日至3日举行的香港金融科技周上参与AI与深科技论坛，创始人兼CEO王宇光讨论了AI如何适配小分子、肽类及生物大分子等不同药物模态。其ToursynClaw平台融合蛋白大模型、科学智能体与全自动机器人实验产线，公司称可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证，并在半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
DeepTech深科技精选AI 评分6060 AI开始搞药了，药企靠什么竞争？我们和哈佛教授、连续创业者Gregory Verdine聊了聊
哈佛化学荣休教授、连续创业者 Gregory Verdine 在 DeepTech 访谈中表示，AI 目前最明确的价值是优化已有候选分子，而非从零设计全新小分子，后者受限于复杂结构的合成周期与水分子的物理计算难题。
推荐理由：连续创业者从分子设计、合成瓶颈与组织分工三层谈 AI 在药研中的实际边界，并以与晶泰的合作作为观察样本。
BioArt精选AI 评分7575 Gilead团队在Nature报道工程化TYK2依赖实现髓系选择性IL-10受体激动
美国吉利德科学公司的Tangsheng Yi、Chen Chen与Chingwei V. Lee团队在Nature发表研究，发现髓系细胞与T细胞对IL-10信号的TYK2依赖程度不同，并据此设计出四价纳米抗体构成的髓系选择性IL-10受体激动剂。
推荐理由：研究利用两类免疫细胞对TYK2依赖程度的差异，通过纳米抗体重构受体交联几何实现髓系选择性IL-10信号。
澪乃ゆいAI 评分6060 FoldAbS：将蛋白折叠模型改造为抗体筛选的基础编码器
bioRxiv 预印本提出 FoldAbS，将蛋白折叠模型改造为用于抗体筛选的基础编码器。原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.11.03.763899v1.full.pdf
下一分子AI 评分3232 AI制药日报｜大分子/小分子/虚拟细胞多项研究进展
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法，在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token，在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示，五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线，但同物种内优势有限。
Endpoints NewsAI 评分2222 Alethio 完成 9000 万美元 A 轮融资，推进原发性血小板增多症抗体
牛津大学衍生公司 Alethio Therapeutics 在走出隐身模式约一年后完成 9000 万美元 A 轮融资，用于推进其治疗原发性血小板增多症的抗体。
智药局精选AI 评分5858 UCB 与 Cradle 达成战略合作，将 AI 蛋白质工程平台用于数字抗体发现
比利时药企 UCB 于 11 月 4 日宣布与 Cradle 达成战略合作，在药物发现项目中引入其 AI 蛋白质工程平台，覆盖候选分子生成、先导优化与临床前开发准备环节，具体金额、期限和项目数量未披露。
推荐理由：UCB 引入 Cradle 平台做数字抗体发现，可对照其此前与晶泰科技的结构预测合作看药企 AI 布局差异。
医药魔方AI 评分2222 三生国健自免赛道持续升温，国产创新药如何构筑竞争优势
三生国健2026年进入管线价值兑现阶段，2月自主开发的1类生物药益赛拓®（安沐奇塔单抗注射液）获批上市，用于中度至重度斑块状银屑病成人患者；8月益赛那®获批用于成人痛风性关节炎急性发作。公司搭建AI驱动的“干湿闭环”智能研发引擎，覆盖靶点验证、分子从头设计、成药性评估等环节，称可缩短研发周期6~18个月、提升研发效率30%~50%。近5年累计研发投入超22亿元，在研项目22项。
BioAICraft精选AI 评分5858 Mol-1全流程教程与实测：四类复合物结构预测及有无MSA对比
作者在Linux加RTX 4080S环境部署Molence Bio开源的Mol-1全原子结构预测模型，对蛋白-蛋白、抗体-抗原、纳米抗体和蛋白-小分子四类体系各做有/无MSA预测，共生成24个结构。
推荐理由：作者在RTX 4080S上实测Mol-1四类复合物预测，对比有无MSA的DockQ与RMSD差异，可作为部署与参数配置参考。
Endpoints NewsAI 评分2222 勃林格殷格翰与中国信诺生物达成70亿美元ADC与TCE癌症药物开发合作
勃林格殷格翰与中国信诺生物达成癌症药物开发合作，交易总额最高70亿美元，以后端付款为主，涉及ADC与TCE两类肿瘤药物。
New Market PitchAI 评分2222 2025年AI蛋白质设计初创公司营收排名：Ginkgo Bioworks、晶泰科技、Generate Biomedicines居前
Ginkgo Bioworks以2025年1.33亿美元细胞工程业务收入居AI蛋白质设计初创公司营收榜首，晶泰科技以约1.12亿美元合并营收次之，Generate Biomedicines以3190万美元合作收入第三。
智药邦精选AI 评分5858 映恩生物与腾讯云达成战略合作，共建AI驱动ADC研发闭环
映恩生物于2026年11月3日宣布与腾讯云计算（北京）有限责任公司达成战略合作，结合其自研AI模型平台、专有实验数据与药物研发体系，以及腾讯的AI工程、算力和智能体平台能力，推动AI贯穿从药物发现到全球临床的研发全链条。
推荐理由：映恩生物与腾讯云围绕ADC研发达成战略合作，披露了自研AI平台与湿实验闭环的具体分工。
BioTenderAI 评分2828 Isomorphic Labs 总裁 Jaderberg：未来所有药物都将由 AI 设计
Isomorphic Labs 总裁 Max Jaderberg 在 Bloomberg Tech 采访中表示，未来所有药物都将由 AI 设计，公司正以推理模型提出假设、模拟模型开展虚拟实验两条路线推进药物研发。
AbsciAI 评分2626 Absci的ABS-201抗体登Esquire报道
Absci的ABS-201项目登上Esquire杂志关于雄激素性脱发治疗未满足需求的报道。该AI设计的抗体目前处于1/2a期试验，采用靶向催乳素受体的新研究性作用机制；报道指出，获批的模式性脱发疗法近30年创新有限。
生物药大时代AI 评分3838 华北制药拟以不超2.195亿元分三轮增资安源医药，华药集团2.45亿元受让47.1154%股权实现控股
华北制药拟以不超过2.195亿元分三轮参与安源医药增资，华药集团则以2.45亿元受让安源生物所持47.1154%股权，交易投前估值5.2亿元。交易完成后华药集团持股47.8572%成为控股股东，华北制药持股12.8571%为参股方。安源医药深耕长效蛋白药物设计，核心在研产品为AP017、AP025、AP026及AP061。
DeepTech深科技AI 评分3838 DeepMind子公司总裁断言：人类并不擅长造药，未来所有药物皆由AI设计
Isomorphic Labs总裁Max Jaderberg称未来所有药物都将由AI设计，公司目前仍处临床前阶段，预计2026年年底启动首次临床试验。其统一药物设计引擎IsoDDE在Runs N' Poses基准上对全新蛋白质-配体系统的准确率超过AlphaFold 3两倍，并声称可在无需晶体结构下预测结合亲和力。上述基准数据主要由公司自行发布，尚需独立验证。
下一分子AI 评分5252 AI制药日报｜2026-11-03
下一分子2026年11月3日日报汇总多条AI制药进展，头条为东北大学、Broad研究所等在arXiv预印本提出自进化分子发现智能体MolRSI，将模型选择与组件组合等工作流作为优化对象，抗菌筛选命中率15.9%。
药化猩球AI 评分3838 给癌细胞查身份证：KRAS G12D pMHC 纳米抗体，还能往前走多远？
针对 KRAS G12D 肽-HLA-A*11:01 pMHC 复合物，文章提出以 VHH 纳米抗体识别突变肽，并强调需在真实细胞上验证其能否区分仅差一个氨基酸的野生型肽及人体自身肽组。已有 TCR 研究支持该 pMHC 作为识别入口，但 VHH 路线仍属项目设想，尚无实验数据。文章建议将肽长度、可及表面与突变相关构象纳入靶点定义，并用遗传对照矩阵和靶向免疫肽组学检验内源呈递靶标。
水木分子AI 评分4242 [量子位] 央视严选「中国AI创业十骏」,唯一AI制药公司水木分子是清华系
水木分子入选央视「中国AI创业十骏」，是名单中唯一AI制药公司。其以对话式药物研发平台ChatDD连接专家经验与AI，自研自身免疫领域双特异性抗体管线从立项到确认PCC仅用七个月，对比传统方法12-24个月。公司称2026年为商业放量阶段，预计今年收入为去年的3至4倍。
Molence精选AI 评分6262 Molence 发布 Mol-1：增加推理算力可提升抗体-抗原预测
Molence 发布抗体-抗原结构预测模型 Mol-1，称在 MolBench-AB-26 上增加推理算力可持续提升预测质量。
推荐理由：官方披露 Mol-1 在抗体-抗原预测基准上随采样与循环次数增加而提升，并给出采样效率对比。
医药魔方AI 评分3838 伊米诺康全人源兔平台落地：为AI抗体设计建起跨物种「数据生产线」
伊米诺康宣布其跨物种抗体动物工程平台在兔底盘取得关键突破，通过一步原位替换技术在兔内源免疫球蛋白基因座完成Mb级别人源基因元件的定点替换，完整保留目标基因座结构与功能调控元件。
AI-Protein Design精选AI 评分6363 《Nature》报道GTAC双特异性抗体经TfR1诱导内吞降解7种GPCR
《Nature》2026年9月30日刊发研究，提出GPCR–TfR1靶向嵌合体GTAC，通过双特异性抗体把目标GPCR拉近组成型内化的TfR1，强制其进入内吞与溶酶体降解途径。
推荐理由：研究用双特异性抗体把GPCR拉向TfR1内吞降解，为难以占位拮抗的受体提供另一种调控路径。
AI蛋白质精选AI 评分7474 牛津大学推出SAbDab2结构抗体数据库，含2.2万抗体实例与ML级训练测试拆分
牛津大学团队在NAR发布SAbDab2，为机器学习时代重新设计的结构抗体数据库，截至2026年10月9日收录来自11,660个PDB编号的22,543个抗体实例，归为6,945个唯一SAbDab2编号。
推荐理由：介绍牛津团队为机器学习重设计的抗体结构数据库，含标准化训练测试拆分与统一标识符，便于复用与比较。
药化猩球精选AI 评分5858 用RFdiffusion从零设计靶向KRAS G12D pMHC的纳米抗体：Challenge 5实战流水线记录
作者记录了Anthropic × Adaptyv蛋白设计大赛Challenge 5的轨道B方案：用RFdiffusion-Ab在h-NbBCII10人源化VHH骨架上生成500条CDR骨架，经ProteinMPNN生成2000条序列，再用RF2打分筛选出20条提交，全部在单块RTX 5080上耗时约68小时。
推荐理由：记录从500条RFdiffusion骨架到20条提交的完整计算流水线，并给出运行耗时与踩坑细节，可供同类设计复用。
BioTender精选AI 评分6565 全原子模型密集涌现，AI 蛋白设计迎来新一轮技术竞赛
BioTender 汇总2026年9—10月收录的19个全原子建模与设计项目，覆盖结构生成、复合物预测、结构编码与设计优化，认为竞赛焦点正从生成结构延伸到控制功能。
推荐理由：梳理19个全原子建模项目的路线差异，并指出评测口径与开放程度决定成绩可比性。
智药邦精选AI 评分7474 Anthropic公布Claude加速药物开发早期进展
Anthropic于2026年10月27日发布文章，介绍Claude加速药物开发的早期进展，过去数月与BigHat Biosciences、BMS、Divergence Labs、Enveda、Generate Biomedicines与The Column Group六家机构达成深度研究合作，并启动自主药物发现项目。
推荐理由：Anthropic披露与六家药研机构及BMS的合作细节，展示Claude在抗体设计、文档审核等环节的具体产出。
LeapFun同新闻AI 评分6363 莱顿大学等预印本审计抗体免疫原性数据：同一抗体ADA发生率0—86%
莱顿大学医学中心与代尔夫特理工大学的一项预印本审计了抗体免疫原性预测常用数据，将数据集清理扩展到231个抗体，并为其中110个抗体追溯426条临床记录。
同一新闻，精选展示《研究称免疫原性标签限制抗体设计进展》
药化猩球AI 评分5050 长江杯蛋白设计大赛七大靶点通关攻略：EGFR、TNF-α、GLP-1R等赛道规则与打法解析
2026赛季长江杯AI蛋白质设计大赛设EGFR、TNF-α、GLP-1R、TfR1、TL1A、TNFR1、IL-7Rα七条赛道，公开队先按ESMFold2预测加ipSAE打分排序入围，最终名次完全由实测KD决定。计划约7000条序列免费湿实验验证，每赛道约1000条，前50名免费加做成药性与细胞活性检测。EGFR赛道须测pH 6.0亲和力，GLP-1R仅给ECD却要求激动剂，为全场最难。
BioAIDesign精选AI 评分5858 实测 Mol-1 本地部署与网页使用：纳米抗体能否找准 GFP 结合位点
作者实测 Molence Bio 的 Mol-1 基础版，输入 GFP 与 LaG24 纳米抗体序列预测复合物结构，五个候选的 ipTM 约 0.890、平均 pLDDT 约 89.8，对齐 GFP 后 LaG24 的 Cα RMSD 为 0.97–1.19 Å，天然界面接触恢复 90.2%–91.8%。
推荐理由：作者在本地与网页两条路径实测 Mol-1 对纳米抗体复合物的预测，并说明高分结构与界面指标各自能说明什么。
药化猩球精选AI 评分5858 用开源结构模型 Mol-1 设计 KRAS G12D pMHC 纳米抗体的实战复盘
作者以开源结构预测模型 Mol-1 对 HLA-A*11:01 呈递的 KRAS G12D 新抗原肽设计 VHH 纳米抗体，从 40 个候选序列中筛出 Top 20，排名第一的 VHH_039 在计算中 VHH-肽接触分数为 0.4855、对野生型仅 0.0526。
推荐理由：作者用开源结构模型 Mol-1 完成 KRAS G12D pMHC 纳米抗体计算设计，并公开全部候选序列与评分，可作为同类流程的参照。
Molence精选AI 评分7373 Molence 用 Mol-1 早期检查点构建 VHH 设计平台，17 个靶点湿实验命中率 6%–63%
Molence 基于 Mol-1 的早期检查点搭建了内部从头 VHH 设计平台，设计以 VHH-Fc 融合形式在自有湿实验中测试，覆盖全部 17 个多样化靶点并均获得结合命中。靶点层面的初始命中率在 6% 至 63% 之间，涵盖可溶性蛋白、受体胞外域和 GPCR，包括 BCMA、4-1BB、TNFR2、IL-4Rα、CCR8、CXCR4、CXCR6 与 CCR5。该平台将分子预测与经实验测试的抗体设计相连接。
推荐理由：Molence 披露其内部 VHH 设计平台在 17 个靶点上的湿实验命中率区间，可作为从头结合剂设计的实测参照。
Absci精选AI 评分5858 Absci 的 Origin 抗体设计平台迁移至 AMD Instinct GPU，共折叠打分提速 3 倍
Absci 宣布其 Origin 抗体设计平台已运行在 AMD Instinct GPU 上，并将 AMD 开源 Triton kernels 集成进共折叠结合过滤工具 AbsciBind，在 AMD Instinct GPU 上相较生产基线取得 3 倍加速且输出质量无损失。
推荐理由：Absci 披露 Origin 平台在 AMD GPU 上的推理加速与集群部署，可作为抗体设计算力适配的参考。
水木分子AI 评分3838 水木分子入选央视「2026中国AI创业十骏」，AI生物制药双轮驱动跑出新范式
水木分子入选央视「2026中国AI创业十骏」，成为十强中唯一聚焦AI制药的企业。其首个自研项目聚焦狼疮性肾炎双特异性抗体，从启动到确定PCC用时7个月，ChatDD支持机制分析与分子设计优化，计算候选进入湿实验验证并反馈下一轮设计。公司已拥有50多家药企客户，并与复星医药深化合作推进PharmAID项目建设。