Valence Labs 谈虚拟细胞在药物发现中的定位
Valence Labs 发文讨论虚拟细胞在药物发现流程中何处最能发挥作用。其研究员 Ihab Bendidi 在博客中指出,虚拟细胞虽能模拟人体生物学,但技术本身必要却不充分,革命性突破取决于把技术指向正确方向。
Valence Labs 发文讨论虚拟细胞在药物发现流程中何处最能发挥作用。其研究员 Ihab Bendidi 在博客中指出,虚拟细胞虽能模拟人体生物学,但技术本身必要却不充分,革命性突破取决于把技术指向正确方向。
Valence Labs 发文认为,虚拟细胞最有价值的定位不是加速临床前流程,而是提升进入临床的候选质量,即做转化靶点验证。文章提出三个问题:靶点扰动是否在人类疾病生物学中产生预期效应、效应能否在患者生物变异中保持稳健、以及能否对疾病情境形成足够选择性;并建议在现有分子测量基准之外增加决策层评估,例如回溯识别后来因人类生物学不符预期而失败的假设。
推荐理由:Valence Labs 提出虚拟细胞应聚焦转化靶点验证,而非仅加速临床前流程,并给出可操作的评估维度。
【全文总结】【全文总结】Anthropic 报告 Claude 通过编排蛋白设计工具,在 15 个可评估靶点中的 14 个获得结合剂:1,320 个设计产出 354 个结合剂,仍属结合验证,不能等同药物疗效。原文另报告 Claude Opus 5 从原始 NMR 与 LC-MS 数据完成化学分析,所用时间分别为 23 和 19 分钟;这是不同任务的案例,不能合并为通用药物发现成功率。
推荐理由:Anthropic 用湿实验验证 Claude 自主设计的蛋白结合剂,并给出与公开设计竞赛和既有命中率的对照。
Evaxion 于 8 月 17 日宣布扩展并调整研发管线,新增基于 AI-Immunology 平台设计的现成治疗性胶质母细胞瘤疫苗 EVX-05,靶向患者间共享的内源性逆转录病毒(ERV)来源抗原,同时终止 EVX-03 项目。
推荐理由:Evaxion 用 AI 平台识别 ERV 抗原,新增胶质母细胞瘤现成疫苗项目,同时停掉 EVX-03,呈现管线取舍逻辑。
AI能否帮助发现更好的酒精使用障碍治疗方法?我们由NIH资助的项目已完成Fast-Track STTR计划的I期。#酒精使用障碍 #药物发现 #临床前研究
Valence Labs 构建了 Synflownet,用于生成最可能具有所需活性的可合成化合物,以提升活性分子搜索效率。该模型针对可购买分子数量达数十亿、无法逐一评估的问题,定位为“锁匠”式生成工具,而非逐个匹配的评估模型。
正在为我们的 Open-Medicine AI 发布和规模化做准备。这是我们药物开发群体的重大需求。很高兴能参与这一极其重要的使命和发布。(http://www.open-medicine.ai)
我们的生物信息学与平台研发负责人Stephen Nayfach本周在@CSHL参加基因组工程:CRISPR前沿活动。如果你也在现场,欢迎找他打个招呼!👋 他将发表演讲,介绍如何利用我们的AI模型设计用于碱基编辑的CRISPR-Cas9变体("为突变特异性碱基编辑器设计编程PAM特异性"),并主持"CRISPR技术I"分会场。
Valence Labs 的 Inside Valence 文章梳理细胞表型组学从监督迁移学习走向自监督与生成式基础模型的路径,起点是 2019 年 Recursion 的 RxRx1 Kaggle 竞赛,该任务覆盖约 1,100 个 siRNA 条件、125,510 张图像,并在 50 多个实验批次中重复筛选。
推荐理由:梳理细胞表型组学从监督迁移学习到生成式基础模型的演进,并说明RxRx3数据集在虚拟细胞研究中的支撑作用。
英灵殿科技团队提出EpiBench,一个面向抗体药物发现的表位推理基准,包含1,609个样本和五项相互关联任务,标签来自抗体–抗原复合物结构、功能性B细胞实验与深度突变扫描数据。
推荐理由:该基准把表位理解拆成五项抗体发现决策任务,并给出通用大模型在长序列定位与抗体特异性对应上的具体缺口。
BioSymetrics(@lunaibioworks 旗下公司)与 BrainStorm Therapeutics 签署了主合作协议。该工作将 AI 驱动的帕金森病患者分层与患者来源的中脑类器官相结合。#帕金森病 #精准神经科学 #药物发现
Valence Labs 回顾 ICML 2026,AI for biology 与健康方向论文占全部接收论文的 2.5%,在主题领域排名第 5。会议聚焦模型效率与转录组扰动预测,PerturbDiff、scBIG 等采用流匹配报告了当前最优性能,PerturbODE 则借助神经常微分方程推断基因调控网络。
Pathos AI 与康宁杰瑞(Alphamab Oncology,9966.HK)就 TROP2/HER3 双特异性 ADC JSKN016 达成授权协议,Pathos 获得中国大陆、香港、澳门和台湾以外地区的独家研究、开发、生产与商业化权利,并承担相关开发与商业化费用。
推荐理由:交易披露了首付款与里程碑结构,并说明该资产由 AI 平台筛选进入管线,可作为 AI 参与资产选择的案例参照。
Pathos AI 与阿斯利康达成合作及共同排他许可协议,推进临床前口服 ERα PROTAC AZD4241 用于 ER+/HER2- 乳腺癌,并由 Pathos 负责该资产的早期临床开发。
推荐理由:Pathos 获得 AZD4241 的早期临床开发权,并用 Foundry 平台承担患者分层与试验设计,呈现 AI 公司承接临床执行的一种合作结构。
Lantern已成立Open-Medicine AI(OMAI),这是一家独立公司,旨在商业化和扩展智能体AI联合科学家平台 http://withZeta.ai。 为真实世界药物开发而打造。 定位超越肿瘤领域扩展。 🔗https://bit.ly/3RPErpL $LTRN
LabGenius Therapeutics 计算科学与工程副总裁 Winston Haynes 指出,多特异性抗体优化因缺乏公开功能数据,仍主要依赖人工直觉,而连接子结构等组装方式的小改动即可显著改变效力与选择性。其提出将多特异性抗体构建与高通量自动化实验耦合,用智能体主动学习让 AI 模型与自动化实验室形成闭环,从每次实验数据中持续优化设计。
Profluent团队下周将前往Summer RosettaCon!找到@jeffruffolo、@richardwshuai、@ShiakiMinami和Alex Hoffnagle,打个招呼👋 你可以在周四下午1:30听Richard谈论E1,我们的编码器模型(“E1:用于适应度和结构预测的检索增强蛋白质编码器”),Alex将在周一晚上7:30分享他在我们AI设计的碱基编辑器上的工作(“使用蛋白质语言模型设计可编程碱基编辑器”)。
Proxima 正在招聘一名蛋白质组学科学家,在波士顿实验室构建实验反馈闭环,使机器学习模型能够理解生物学。该岗位聚焦结构与化学蛋白质组学及诱导邻近,候选人将与计算生物学家和机器学习科学家协作,可使用多台最新一代 Orbitrap Astral Zoom 质谱仪。公司由 DCVC 和英伟达 NVentures 投资。
Vilya 发布全原子基础模型 Vilya-2,称其无需模板或共进化输入,通过扩散和单一统一原子表示解析多肽与靶点复合物。公司称该模型对非经典多肽达到亚埃级精度,并准确预测 Zolucatetide、Daraxonrasib、Icotrokinra 和 Enlicitide 与各自治疗性蛋白靶点的相互作用。
推荐理由:Vilya-2 以统一原子表示建模多肽与靶点复合物,为现有工具难以处理的非经典化学体系提供参照。
感谢 Alexis 到访 Medra 办公室 🦾
PostEra 表示其内部管线启动已满三年,已产出针对 PMOS 和不孕症的两个临床候选化合物,并将其归功于 AI 平台 Proton 与药物发现、工程团队的协作。推文未披露两个候选化合物的具体分子、靶点、临床阶段或数据。
推荐理由:PostEra 自建管线三年后披露两个临床候选化合物,可观察其 AI 平台 Proton 从算法到管线的落地路径。
MindWalk在旧金山AMD Advancing AI 2026大会上首次公开展示其面向AI药物发现的生物上下文层ReefIQ,运行于AMD Instinct平台。该演示被纳入AMD Instinct Demo Showcase四个定制演示短片之一,并配有通过AMD渠道分发的视频访谈。
A-Alpha Bio 宣布成立 Atlas Consortium,首批五家创始成员包括 GSK、Boltz、Cradle 和 Dyno Therapeutics,以订阅制按季度设计并共享标准化抗体抗原实验数据。
推荐理由:该联盟以订阅制汇集标准化抗体抗原实验数据,为AI抗体设计提供可比的亲和力与结构训练资源。
BIO 2026 提出了关于研发未来的问题。BioSymetrics 首席科学官 Gabe Musso 反思了疾病异质性与平台能力的价值。#BIO2026 #Neurodegeneration #Biotechnology
Evaxion将于10月23-27日在马德里ESMO 2026大会以海报(2006P)形式公布个性化癌症疫苗EVX-01二期试验的三年临床疗效数据,该数据来自二期试验为期一年的延伸阶段。第三年部分患者单用EVX-01,可反映其不与抗PD-1疗法联用时的效果。此前两年数据显示,16例晚期黑色素瘤患者中12例客观缓解(ORR 75%),4例完全缓解,92%患者在两年随访时仍应答。
Latent Labs 宣布药物设计智能体 Latent-Y 向全球研究者开放,获批研究者每天可免费获得 250 个设计。公司同时公布早期访问研究者的首批实验室结果,包括阻断离子通道的分子、在体内杀伤肿瘤细胞的 CAR-T 细胞,以及疟原虫难以通过突变逃逸的结合剂。
推荐理由:Latent Labs 开放其药物设计智能体 Latent-Y,并给出早期用户离子通道抑制剂与 CAR-T 的实验室结果。
Inductive Bio 在 OpenADMET 的 PXR Blind Challenge 中排名第一,击败来自大型药企、生物技术公司、学术机构和 AI 组织的 350 多名研究者。
推荐理由:Inductive Bio 在 PXR 盲测挑战中夺冠,可与该公司连续三次盲测成绩及 ADMET 建模的真实条件评测对照阅读。
Evaxion在2026年国际疱疹病毒研讨会上以海报形式公布其巨细胞病毒(CMV)疫苗项目EVX-V1的新临床前数据,显示AI-Immunology平台发现的T细胞表位在CMV感染小鼠中具有改善急性感染、潜伏和再激活控制的潜力。
NewLimit 在2026年5-6月进展更新中称,其先导重编程药物已完成生产放大超过120倍,足以支持关键非临床研究,并计划明年进入临床。其AI系统Ambrosia首次实现跨细胞类型泛化,在预测内皮细胞重编程效果时用少于三分之一的实验数据达到与谱系专用模型相当的性能。公司还发现5个可恢复衰老内皮细胞年轻基因表达与再生潜力的重编程载荷,并完成C轮融资。
推荐理由:NewLimit 披露先导资产放大生产与跨细胞类型泛化的进展,呈现重编程药物从发现走向临床前的具体路径。
一套AI设计的碱基编辑器,全部源自同一骨架。每位患者唯一不同的部分只是向导RNA。 这就是AI带来的转变:罕见病从"一次一个药物"走向平台化,旨在降低成本、惠及更多患者。 下方是我们与GEMMABio合作、现获@ARPA_H的THRIVE项目支持的更多内容。
罕见病的瓶颈在于设计:突变太多,一次只能编辑一个。AI 能解锁这一点。 很自豪能与他们一起在 @ARPA_H 的 THRIVE 项目下构建 GemmaBio 的平台。我们正将前沿 AI 模型和碱基编辑器投入这项工作,设计可跨多种突变扩展的模块化基因编辑器。
Biohub 发布基于下一代 ESM 的蛋白质生物学世界模型,可预测蛋白质折叠、相互作用与功能并设计新蛋白,科学家已用其设计抗体候选物,在针对癌症和免疫相关靶点的早期实验室测试中显示积极结果。该机构还与 UC Berkeley 团队合作推出全球首个电子显微镜激光相位板,并联合多家研究机构发起 Virtual Biology Initiative,以构建人类细胞的预测性虚拟模型。
A-Alpha Bio 推出名为 Atlas 的网页平台,提供可授权的机器学习就绪蛋白相互作用数据,并支持按需生成新的结合数据。平台由高通量平台 AlphaSeq 产生数据,采用统一实验条件与标准化对照,使不同实验的数据集可合并用于模型训练与基准评测。
推荐理由:该平台把标准化实验产生的结合数据组织成可授权数据集,为抗体设计模型的训练与基准评测提供数据来源。
@nebiusai Discovery Awards 2026 圆满成功。🏆 我们很高兴地分享,Gero 凭借我们的 ProtoBind 平台获得了荣誉提名,该平台是一个可直接从蛋白质序列进行小分子设计的生成式 AI 模型,在我们所在类别中跻身前 10 个项目。
期待下周在首尔@icmlconf举办的GenBio 2026研讨会。 ➡️ 高级员工ML研究科学家Pranav Murugan将展示聚光灯海报:"Few-step Cofolding with All-Atom Flow Maps",介绍DeCAF——Pearl的蒸馏版本,专为少步推理构建:https://arxiv.org/abs/2606.08375 ➡️ 关于我们自豪地联合赞助的研讨会的更多详情:https://genbio-workshop.github.io/2026/
Genesis Molecular AI 首次披露其智能体药物设计系统 Sapphire,该系统构建于其分子基础模型之上,可全天候自主迭代候选药物,对2D化学结构与3D分子构象进行推理并形成、检验假设。
MindWalk(NASDAQ: HYFT)已就围绕HYFT®模式锚点构建的多维生物表征层提交专利申请,该层为模型无关的上下文层,用于支持ReefIQ™、LensAI™及客户自选AI工作流在药物发现中检索、比较和推理可追溯的关联生物学数据。公司称该架构旨在让模型与智能体工作流保留数据来源并跨项目复用知识,此次申请意在保护HYFT®技术的核心架构。
Valence Labs 发布 AquaGen,称其为首个全原子、显式溶剂、考虑周期性边界条件的生成模型,可从玻尔兹曼分布生成分子构型。该模型用 3D 图神经网络将噪声转为药物分子与水的全原子三维排布,再以力场评估能量、以灰盒方式计算绝对水合自由能,约需数百个样本即可获得相对 MD 参考约 1 kcal/mol 误差的结果,速度约为 MD 的 10 倍。
推荐理由:介绍首个全原子显式溶剂玻尔兹曼采样模型,说明其相对分子动力学的速度与误差权衡。
Evaxion 将于 2026 年 7 月 12 日在蒙特利尔举行的国际疱疹病毒研讨会上,以海报形式公布巨细胞病毒疫苗候选 EVX-V1 的新临床前数据,用于指导广谱保护性 CMV 疫苗的最终抗原选择。
Inductive Bio 宣布加入 Anthropic 生命科学生态,并发布 Model Context Protocol(MCP)连接器,让 Claude 和 Claude Science 用户可用自然语言对任意化学结构获取 ADMET 性质预测。
推荐理由:Inductive Bio 把其 ADMET 预测模型接入 Claude,为小分子设计中的性质评估提供了一种对话式调用入口。