BioAIDesign 解析 pLDDT、ipTM 等结构预测评估指标并实操 foldmetrics
BioAIDesign 发布结构预测评估指南，逐层解释 pLDDT、PAE、pTM、ipTM、pDockQ、pDockQ2、ipSAE 与 LIS 等指标分别回答局部可信度、链间相对位置还是与参考结构的准确度，并指出 ipTM 0.9 不能换算成亲和力。
推荐理由：文章把结构预测的置信度、准确度与结合证据分层拆开，并给出可复用的汇总工具与判读顺序。
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AI 制药研究、预印本、数据与基准，包含负面结果、独立复现、更正及撤稿；不以期刊名气替代文章级相关性与证据。
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BioAIDesign精选AI 评分5858 澪乃ゆい精选AI 评分5858 BioResearchBench发布50项长程生物学研究任务基准
BioResearchBench在bioRxiv发布预印本，提出50项长程生物学研究任务，用于评测模型完成多步骤生物学研究的能力。推文仅给出标题与预印本链接，未披露任务构成、评测模型与结果。
推荐理由：该预印本提出包含50项长程生物学研究任务的基准，为评估模型处理完整科研流程的能力提供参照。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分7676 AtomLM-9b：全原子结构分词器驱动的生物分子结构预测模型
研究团队开发全原子结构分词器，将生物分子几何压缩为离散结构 token，在 CASP14 和 CASP15 上全原子 lDDT 分别为 0.832 和 0.835。
推荐理由：预印本提出全原子结构分词器并据此训练语言模型，在FoldBench蛋白-蛋白任务上给出与AlphaFold 3可比的对照结果。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分5858 研究重析胶质瘤切片单细胞数据：恶性胶质瘤各状态药物响应方向基本一致
研究重析公开的胶质瘤切片培养单细胞RNA测序数据（391,444个细胞，筛出252,106个转化胶质瘤细胞），在19个TissueID单元的43组给药-对照比较中检验AC、OPC、NPC、MES样状态的响应方向一致性。
推荐理由：研究用单细胞切片培养数据检验胶质瘤各状态药物响应方向是否一致，为异质性下的响应评测提供参照。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分7070 XAMPGen：可解释生成流程用于新型抗菌肽发现
研究提出XAMPGen流程，在已知抗菌肽上微调仅解码器蛋白语言模型ProGen生成新肽序列，并用探针分类器、回归器和自注意力分析定位编码功能关键信息的层。候选序列按预测最低抑菌浓度（MIC）和膜结构活性筛选后进入实验，作者称所有生成并测试的肽在MIC生物测定中均显示抗菌活性，荧光与圆二色谱提供了结构信息；该结果为bioRxiv预印本摘要报告。
推荐理由：预印本把生成模型与可解释性分析结合，并给出生成肽的MIC实测结果，可作为抗菌肽发现的参考路径。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分7474 单细胞基础模型基准评测：跨物种注释与扰动预测优于简单基线，同物种内优势有限
研究在同一数据上基准评测 scGPT、Geneformer V1/V2、Nicheformer、scFoundation 五种单细胞基础模型与 CellOracle、STATE 及任务匹配的简单基线，数据覆盖 K562 Perturb-seq、原代细胞、脑类器官与肺癌活检。
推荐理由：该基准在同一数据上比较五种单细胞基础模型与简单基线，划出跨物种注释与扰动方向预测的适用边界。
bioRxiv · Biophysics精选AI 评分5858 Astex-Faro：用参考集合比对识别冷冻电镜药物筛选中的命中物
研究提出 Astex-Faro 统计框架，从参考集合定义期望样本状态，并通过与参考比对在目标密度图中识别显著结构偏差，同时增强弱或分辨不佳的特征。作者引入傅里叶壳层相干性（FSCoh）指标量化重构集合间的一致性，并在从高均一性样品到膜蛋白、低占据配体及片段筛选实验的多类数据集上报告其可检测细微结构特征。该工作为冷冻电镜筛选中的命中识别提供方法框架，结果来自预印本摘要。
推荐理由：针对冷冻电镜筛选中的弱密度与低占据配体识别，提出以参考集合比对定位显著结构偏差的统计框架。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分5858 活细胞自驱动实验室的优化器修补：实验约束下的性能与冗余性
该预印本在模拟中评估活细胞自驱动实验室的优化器修补何时改善闭环性能、何时因平台约束而冗余，并证明当排除与确认请求只作用于平台已禁止的条件、共享同一后验与选择流程并释放不可行请求槽位时，轨迹与基线完全一致。
推荐理由：研究在模拟中比较活细胞自驱动实验室的优化器修补规则，为闭环实验的可用性约束与评测设置提供参照。
bioRxiv · Biophysics精选AI 评分7878 研究建立大肠杆菌单体蛋白产量大规模并行定量与预测方法
研究团队开发结合肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱的混合检测方法，在统一的大肠杆菌生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。
推荐理由：研究用标准化大肠杆菌表达数据量化单体产量，并检验逆折叠方法与结构置信度指标对高产设计的筛选能力。
DrugAI精选AI 评分6868 浙江大学侯廷军团队发布PROTAC-DB 4.0，整合分子胶与XTAC并引入LLM问答
浙江大学侯廷军团队联合中国药科大学等在Nucleic Acids Research发表PROTAC-DB 4.0，将数据库从PROTAC扩展至分子胶和XTAC。
推荐理由：该论文把PROTAC、分子胶与XTAC数据整合进统一知识库，并给出LLM加RAG的检索架构，可作为靶向降解数据资源与AI建模的参照。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分6262 SPEAR：面向流式单细胞扰动建模的谱自适应重定位框架
作者提出生成式框架 SPEAR，用图拉普拉斯导出的谱位置编码和逐层扰动条件自适应重定位来建模单细胞扰动响应。在遗传、药物和细胞因子扰动基准上，SPEAR 报告了差异基因表达恢复、分布结构和扰动特异性可识别性的表现，并捕捉到与已知转录因子-靶标互作相近的潜在位置关系。该工作为预印本摘要，代码见 https://github.com/shouryaverma/SPEAR。
推荐理由：该预印本用谱位置编码与自适应重定位替代静态基因位置，为扰动响应建模提供可迁移的架构思路。
BioAICraft精选AI 评分5858 Mol-1全流程教程与实测：四类复合物结构预测及有无MSA对比
作者在Linux加RTX 4080S环境部署Molence Bio开源的Mol-1全原子结构预测模型，对蛋白-蛋白、抗体-抗原、纳米抗体和蛋白-小分子四类体系各做有/无MSA预测，共生成24个结构。
推荐理由：作者在RTX 4080S上实测Mol-1四类复合物预测，对比有无MSA的DockQ与RMSD差异，可作为部署与参数配置参考。
AI蛋白质精选AI 评分7474 北邮上交大复旦等联合发布自动研究智能体，优化MSA组织提升蛋白复合物结构预测
北邮、上交大、复旦等团队提出自动研究智能体，将AlphaFold 3视为黑盒，针对每个目标重组多序列比对（MSA）的序列选择与跨链配对策略，仅依赖预测置信度信号迭代优化。
推荐理由：研究显示MSA深度与配对策略需按目标定制，为AF3复合物预测流程提供了可迁移的优化思路。
ChemRxiv Preprints精选AI 评分6565 研究：数据受限下隐蔽口袋预测中结构信息贡献有限，语言模型信号占主导
该预印本在固定PocketMiner原小规模分子动力学训练集与架构的条件下，比较仅几何、仅ESM2嵌入与两者融合三种变体对隐蔽口袋预测的影响。仅几何基线测试ROC-AUC为0.498，仅ESM2为0.817，融合为0.835，后两者置信区间统计上不可区分；在CryptoBench上基线0.494、融合0.716，置信区间不重叠，分层分析中各口袋形成机制下结论一致。
推荐理由：在固定小规模训练集与架构的条件下，比较几何信息与ESM2信号对隐蔽口袋预测的贡献，为数据受限场景提供参照。
ChemRxiv Preprints精选AI 评分7070 DEL-Flow：AI生成靶向MDM2的大环肽并完成活性验证
研究团队开发了口袋条件化的生成框架DEL-Flow，用于设计靶向MDM2-p53相互作用的大环肽抑制剂。该方法将两代DEL筛选信号与计算构象、大环拓扑结合训练，以SE(3)等变流匹配模型生成全原子坐标，并用MASK去噪模块预测可编辑区域的原子类型、手性和键连接。
推荐理由：研究把DEL筛选信号与口袋几何结合用于大环肽生成，并给出合成后的抑制活性数据，可作为设计—实验衔接的参照。
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分6060 RAPTORGraph：基于图的通路建模用于单细胞扰动因果发现
作者提出 RAPTORGraph，一种带 GraphPathway 编码器的 β-变分自编码器，用于在 Perturb-seq 类实验中建模基因间相互作用并做可识别的因果发现。模型通过预条件隔离被扰动基因的影响以消除干预溢出，并用最优传输对齐预处理数据，作者报告其在未见扰动的非加性相互作用分析上优于现有方法，在均方误差和最大均值差异等指标上表现相当。代码已开源于 GitHub，材料仅为预印本摘要。
推荐理由：该预印本提出用图通路编码器隔离扰动基因影响，为单细胞扰动实验的因果发现提供可复用方法。
ChemRxiv Preprints精选AI 评分6363 一种用于分子表示基准测试的潜能力模型
该预印本提出一种潜能力模型，用于对分子表示进行基准测试，并直接对误差范围随潜能力变化的关系建模。作者在OpenADMET Polaris、ExpansionRx和PXR竞赛数据集上回顾性评估了35种嵌入与13种端到端微调模型在17个ADMET终点上的表现。
推荐理由：该预印本提出以潜能力建模误差的分子表示基准方法，并回顾性比较35种嵌入与13种微调模型在17个ADMET终点上的表现。
ChemRxiv Preprints精选AI 评分5858 ANDROMEDA 1 在未知可行性下闭环优化缓释微丸配方与工艺
研究展示了一套闭环配方开发流程，在联合优化配方与工艺变量的同时从实际实验结果中学习实验可行性。以咖啡因缓释微丸为对象，ANDROMEDA 1 在混合类别与数值设计空间内选择条件，13 个连续批次共完成 51 次实验，其中 29 个条件产出可下游表征的微丸，22 个（43%）不可行，失败实验仅作为可行性观测保留而不赋予人工释放评分。
推荐理由：研究在缓释微丸开发中把失败实验作为可行性观测纳入闭环优化，为配方工艺联合优化提供了可迁移流程。
ChemRxiv Preprints精选AI 评分6363 研究发布72,199个蛋白–配体复合物的口袋与配体嵌入检索资源
该工作发布覆盖 Protein Data Bank 中 72,199 个蛋白–配体复合物的检索资源，每个复合物含 1,280 维口袋嵌入、2,048 位 RDKit Morgan 配体指纹及 HDF5 坐标。
推荐理由：该资源把口袋嵌入与配体指纹分开建索引，并给出两种检索各自适用的场景，便于复用与比较。
BioTender精选AI 评分7272 腾讯混元发布 HyInv、HyPLM-Flash、HyFF、HyCell 四份生物模型技术报告
腾讯混元发布四份技术报告，覆盖蛋白质逆折叠、序列表征、原子级力场与单细胞转录组表征，并称 HyInv 与 HyPLM 由科研智能体 Hyra 2.0 从头训练。
推荐理由：四份技术报告把混元生物模型从蛋白质序列设计延伸到原子模拟与单细胞表征，并给出与基线的速度误差对照。