bioRxiv · Bioinformatics· Cupaioli, F. A., Merelli, I. ·2026-11-04 08:00· 5 天前精选AI 评分74

单细胞基础模型基准评测：跨物种注释与扰动预测优于简单基线，同物种内优势有限

Where single-cell foundation models help: a benchmark of annotation, perturbation and regulatory inference against simple baselines

AI 导读

研究在同一数据上基准评测 scGPT、Geneformer V1/V2、Nicheformer、scFoundation 五种单细胞基础模型与 CellOracle、STATE 及任务匹配的简单基线，数据覆盖 K562 Perturb-seq、原代细胞、脑类器官与肺癌活检。

推荐理由

该基准在同一数据上比较五种单细胞基础模型与简单基线，划出跨物种注释与扰动方向预测的适用边界。