arXiv · q-bio.BM (生物大分子)· Emile de Bruyn, Moritz Sch\"affler, Jannik Schneider, Sebastian R. Schmidt, Chanwoong Hwang, Aleena Siji, Utkarsh Upadhyay, Stefan Bauer, Alexander Schug, Stefan Kesselheim, Artur Yakimovich, Alina Bazarova·· 2 天前精选AI 评分74
BILBY基准：蛋白质基序支架生成的动态感知评测
Static Recovery Is Not Dynamic Stability: Dynamics-Aware Benchmarking of Protein Motif Scaffolding
AI 导读
作者提出BILBY-PRO与BILBY-MD，分别从靶点覆盖、独特解产出和分子动力学支持的动态保真度评测蛋白质基序支架生成。BILBY-PRO从PROSITE关联实验结构系统构建220个案例，覆盖174个基序模式条目；在六个近期支架生成模型中，RFDiffusion和Proteina解出更多靶点，ESM3在其解出的靶点上产出更多独特成功支架。
推荐理由
该基准把静态重折叠成功与分子动力学支持的动态保真度分开评估，为蛋白质基序支架生成提供了新的比较维度。
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