予见|予路乾行刘文朗:AI时代,药物发现为何更加需要物理模拟?
予路乾行计算化学总监刘文朗认为,分子动力学模拟的价值在于揭示药物分子与靶点在动态环境下的结合机制,而非仅给分子打分。其参与的与北京鞍石合作的下一代c-Met候选分子已进入中美双I期临床,计算分析用于提前排除高风险设计方向、安排合成优先级。予路乾行还推出BioTrajectory AI平台,用于早期立项的信息汇总与技术脉络追踪。
予路乾行计算化学总监刘文朗认为,分子动力学模拟的价值在于揭示药物分子与靶点在动态环境下的结合机制,而非仅给分子打分。其参与的与北京鞍石合作的下一代c-Met候选分子已进入中美双I期临床,计算分析用于提前排除高风险设计方向、安排合成优先级。予路乾行还推出BioTrajectory AI平台,用于早期立项的信息汇总与技术脉络追踪。
一套基于Python(LangChain)的药物重定位初筛工作流新增因果一致性初步判定、FDA实时状态校验与临床阶段穷尽扫描,并锁定真实PMID和NCT编号供AI摘要阅读以防幻觉。三款药物实测中,替尔泊肽在2型糖尿病被识别为Phase 4,伊马替尼在BCR-ABL阳性白血病关联分0.8+,雷帕霉素在特应性湿疹关联分0.601。作者说明结果依赖公开API且AI因果判定不等于药效学实验或临床结论。
BioSymetrics(@lunaibioworks 旗下公司)与 BrainStorm Therapeutics 签署了主合作协议。该工作将 AI 驱动的帕金森病患者分层与患者来源的中脑类器官相结合。#帕金森病 #精准神经科学 #药物发现
insitro创始人Daphne Koller发文指出,仅约四分之一人类疾病有获批疗法,超90%进入临床试验的药物失败且多数因靶点机制选错,AI无法靠推理绕过对生物学的实测。
Pathos AI 与康宁杰瑞(Alphamab Oncology,9966.HK)就 TROP2/HER3 双特异性 ADC JSKN016 达成授权协议,Pathos 获得中国大陆、香港、澳门和台湾以外地区的独家研究、开发、生产与商业化权利,并承担相关开发与商业化费用。
推荐理由:交易披露了首付款与里程碑结构,并说明该资产由 AI 平台筛选进入管线,可作为 AI 参与资产选择的案例参照。
Pathos AI 与阿斯利康达成合作及共同排他许可协议,推进临床前口服 ERα PROTAC AZD4241 用于 ER+/HER2- 乳腺癌,并由 Pathos 负责该资产的早期临床开发。
推荐理由:Pathos 获得 AZD4241 的早期临床开发权,并用 Foundry 平台承担患者分层与试验设计,呈现 AI 公司承接临床执行的一种合作结构。
予路乾行创始人兼CEO郑铮博士在招商银行与苏州日报联合推出的“招行思享会2026”栏目中接受专访,谈AI重塑新药研发。予路乾行打造多尺度分子动力学模拟平台与创新药早研决策AI平台,为小分子、多肽、大分子等药物研发提供Hits-to-PCC一体化研发平台。公司称已与超50家国内外生物医药企业合作推进80余条新药研发管线。
Open Targets Platform 26.06 已上线,基线表达数据新增 Tabula Sapiens 单细胞 RNA 测序与 PRIDE 质谱蛋白组数据,可在组织层级之外浏览细胞类型层级表达。
推荐理由:该版本把单细胞与蛋白组表达数据纳入靶点优先级评分,并公开了临床挖掘与L2G管线的具体改动。
浙江大学李丹、侯廷军团队在Nature Communications发表机器学习增强采样工作流,用于解析本征无序蛋白AR-NTD的构象景观与配体识别机制,并发现新型AR-NTD拮抗剂K53。
推荐理由:该工作把增强采样、机器学习集合变量与虚拟筛选串成流程,用于本征无序蛋白的构象与配体识别研究。
Ignota Labs 联合创始人 Layla Hosseini-Gerami 在 Nature 访谈中介绍其 AI 驱动平台:先从数千个失败药物中筛出因意外安全性问题(如肝毒性)而搁置、但患者潜力大的候选,再用深度学习结合生物信息学、化学信息学和多模态数据定位安全性问题根因并制定缓解策略。核心目标是以最小化学改动让这些药物尽快重回临床。
Genesis Molecular AI 宣布与 Incyte 扩大 AI 药物发现合作,规模达 10 亿美元。公司称其 GEMS AI 在一个无已知化学起点的靶点上参与命中化合物识别,并在另一个已有化学基础但存在开发障碍的先导优化靶点上发挥作用。Incyte 总裁兼全球研发负责人 Pablo Cagnoni 与 Genesis CEO 在访谈中讨论了这一进展及合作扩展对双方的意义。
推荐理由:Genesis 与 Incyte 扩大合作至 10 亿美元规模,文中给出两个靶点上 AI 参与命中识别与先导优化的具体分工。
Verge Labs 与 Tenacia Biotechnology 宣布战略平台合作,Verge 将用其 AI 平台和专有多模态人体组织数据,为 Tenacia 部分 CNS 项目优先排序并表征靶点。
推荐理由:Verge Labs 首个平台优先模式合作,展示多模态人脑组织数据如何用于 CNS 靶点优先级与表征。
insitro 在第 86 届 ADA 科学年会上公布其 AI 发现的 MASH 候选 CTRO-1013(肝靶向 IRS1 siRNA)的临床前数据,显示在标准纤维化小鼠模型中肝靶向沉默 IRS1 使 TIMP-1 降低 37%、CK-18 降低 68%(16 周,1 mg/kg,每 4 周一次),且抗纤维化信号部分独立于肝脏脂肪下降。
推荐理由:该材料披露 IRS1 靶点从人类遗传学发现到 siRNA 候选物的临床前数据链,可观察 AI 表型与遗传证据如何衔接管线推进。
HotSpot Therapeutics 在 EULAR 2026 以壁报展示其小分子 IRF5 抑制剂项目的临床前数据,该抑制剂经 Smart Allostery™ 平台发现,可剂量依赖地抑制多种人免疫细胞的细胞因子产生。
Calico 与 Nexo Therapeutics 宣布开展多靶点合作,针对 Calico 提名的难成药靶点共同发现和开发小分子疗法,Calico 将主导后续开发与商业化。Nexo 的 CODON 引擎结合专有共价化合物库与蛋白质组学,用于早期建立靶点特征并指导药物化学优化。
HotSpot Therapeutics 将于 6 月 3-6 日在伦敦举行的 EULAR 2026 上以海报形式展示其干扰素调节因子 5(IRF5)项目的临床前数据。
FutureHouse在Nature发表其首篇论文,介绍多智能体系统Robin,该系统将新假设生成与实验数据分析整合进同一连续工作流。研究团队将Robin用于干性年龄相关性黄斑变性,由其提出药物重定位假设并在实验室验证,包括在原代人视网膜色素上皮(RPE)干细胞中验证。
推荐理由:该工作展示多智能体系统从假设生成到湿实验验证的完整链路,为AI驱动发现提供可参照案例。
$LTRN 公布 http://withZeta.ai 的下一阶段路线图: → ZetaSwarm™:多智能体科学推理 → ZetaOmics™:实时计算生物学 迈向肿瘤研发的AI联合科学家 了解更多:https://bit.ly/4weTdpt @withzeta
Pathos AI 宣布收购比利时 DeuterOncology 多数股权,以获得其第三代 MET 激酶抑制剂 DO-2,该资产由 Pathos Foundry 平台在 2025 年底筛选并评估后进入收购决策。
推荐理由:Pathos AI 用 Foundry 平台筛选并收购 DO-2 多数股权,展示了 AI 平台参与临床阶段资产交易的一种路径。
研究团队通过单分子追踪(SMT)驱动的构效关系优化,发现强效 RUVBL1/2 抑制剂化合物 18。活细胞高通量 RUVBL SMT assay 的效力测定与细胞活力和 MYC 降解强相关,而 ADP-Glo 生化 assay 在其实验条件下动态范围有限、重现性差。化合物 18 在 MYC 依赖性 Burkitt 淋巴瘤异种移植模型中,以显著低于 CB-6644 的剂量显示出更优疗效。
PrecisionLife 与 Ovation.io 达成协议,将 PrecisionLife 对 Ovation 的 GLP-1 受体激动剂数据集的分析结果商业化,计划在 2026 年推出 GLP-1 分层实验室开发检测(LDT)和面向消费者的 GLP-1 DNA 检测。
推荐理由:两家公司基于真实世界 GLP-1 数据达成商业化合作,并披露减重与血糖控制标志物不同的初步结果。
Ignota Labs 入选 AI for Science Datasets RFP 十大获胜者,其提案是构建数据集以加深对药物毒性根源及缓解方式的理解。该公司与 Arctoris 合作,针对一批存在显著选择性挑战的癌症相关激酶,绘制分子结构微小改动引发行为显著变化、常导致意外副作用的化学边界,并称这是首个此类资源。
insitro 宣布扩大与 Bristol Myers Squibb 的 ALS 合作,BMS 在原有 ALS-1 之外新增提名 ALS-2 和 ALS-3 两个靶点;insitro 将推进自有 ALS-1 寡核苷酸项目,同时为 BMS 推进一款小分子。
insitro宣布与百时美施贵宝扩大针对肌萎缩侧索硬化(ALS)的战略合作,BMS新提名ALS-2和ALS-3两个靶点,二者均由insitro的Virtual Human平台发现,与2024年12月提名的ALS-1并列。
推荐理由:合作扩展新增两个ALS靶点并触发里程碑付款,同时披露靶点在iPSC运动神经元中的验证结果。
一项计算模拟研究用AutoDock Vina将FDA已上市的前500个药物对接至c-Abl激酶(1IEP)活性口袋,筛出13个结合能低于-12.0 kcal/mol的分子。
Ignota Labs 入选 Labiotech.eu 的“2026 年值得关注的 18 家英国生物科技初创企业”名单。该公司用结合先进机器学习模型与多模态数据的 AI 平台解析毒性机制,为失败药物提供解决毒性成因、优化给药方案和临床重定位的可执行洞察,推动其尽快重返临床。
HotSpot Therapeutics 将于3月4-7日在里斯本第15届欧洲狼疮会议上以壁报形式展示其 IRF5 小分子抑制剂项目的临床前数据。
PrecisionLife与Ovation公布合作首阶段结果,称基于4,600名患者数据识别出2,500余个与GLP-1受体激动剂疗效相关的遗传特征,映射到1,100个基因和15个主要机制,并称疗效标志物在100%患者中被识别。
推荐理由:该合作披露了基于真实世界组学数据识别GLP-1疗效遗传标志物的首阶段结果与扩样计划,可作为药物响应分层商业化的参照。
Nimbus Therapeutics将于2月18-21日在斯德哥尔摩第21届ECCO大会上以两张海报公布其新型SIK2抑制剂的临床前与转化数据。该公司称,基于结构的药物设计使其高选择性SIK2抑制剂对SIK1和SIK3的选择性超过300倍,在临床前模型和人源离体模型中显示抑制炎症与促进黏膜愈合的双重机制。该SIK2项目正推进至炎症与自身免疫疾病的首次人体研究。
insitro 在 Keystone Symposia 肥胖治疗会议上报告,基于 UK Biobank 影像队列(n=69,598)的 Dixon MRI 脂肪信号分数图构建 AI 推导的棕色脂肪(BAT)表型,并完成首个 BAT 全基因组关联分析,识别 81 个独立遗传位点、精细定位到 45 个基因。
IHI Europe启动LIGAND-AI项目,由苏格兰药物发现中心(@thesgconline)与辉瑞英国(@Pfizer_UK)牵头,目标是生成开放的蛋白-配体相互作用数据集,用于训练AI药物发现模型。EMBL-EBI将负责归档数据,并把结果整合进ChEMBL数据库。
推荐理由:该项目由多方联合推进,计划产出开放蛋白-配体相互作用数据集并汇入ChEMBL,为AI药物发现模型提供数据基础。
Ignota Labs 指出,长寿疗法的核心瓶颈不是找到可调控通路,而是确认其能否长期安全使用。此类疗法靶向核心细胞过程、面向慢性或终身使用且可能用于无症状人群,标准安全上限不足,累积毒性和情境依赖性风险需在发现早期就纳入评估。该公司正构建毒理学模型,将毒理学与计算建模结合以支持更安全药物的开发。
很高兴宣布,我们Proxima(前身为VantAI)团队已完成8000万美元新融资,由@DCVC领投,@nvidia、Braidwell、@Roivant、@aixventureshq、Yosemite、Magnetic Ventures、Alexandria Venture Investments、@ModiVentures等参投。 我们正在构建用于理性设计邻近疗法的平台,涵盖分子胶到PROTAC及更广范围。 链接: Bloomberg独家:https://bit.ly/3LaM1Iw 新闻稿:https://bit.ly/4jJG6qI 网站:https://proximabio.com/
Converge Bio 完成 2500 万美元 A 轮融资,由 Bessemer Venture Partners 领投,公司总融资额达 3000 万美元。其平台将多个专有模型整合为端到端系统,用于靶点发现、抗体设计与蛋白生产优化,过去一年与药企和生物技术公司完成 40 多个项目,合作方获得结合亲和力达个位数纳摩尔的抗体,蛋白生产产量提升 4 至 7 倍。
Relation Therapeutics 宣布与诺华合作,加速特应性疾病药物靶点发现。合作结合诺华在免疫学方面的能力与 Relation 的患者来源数据和 AI 平台,双方称这类疾病影响全球数亿人。Relation CEO David Roblin 在 Bloomberg 表示,许多项目失败源于起步阶段对生物学的理解不足。
推荐理由:Relation 与诺华围绕特应性疾病靶点发现达成合作,可了解其患者数据与 AI 平台在免疫学管线中的角色。
Cellarity在2025年美国血液学会(ASH)年会上公布镰状细胞病与骨髓纤维化两条细胞状态矫正管线的临床前数据。镰状细胞病候选药CLY-124为口服DCN1抑制剂,临床前在胎儿血红蛋白蛋白水平与HBG1/2珠蛋白基因比例上优于羟基脲,接近近期基因治疗项目报告的水平,与羟基脲联用显示协同效应且无剂量限制毒性,目前正在健康志愿者和镰状细胞病成人中开展1期剂量递增研究。
推荐理由:公司披露镰状细胞病与骨髓纤维化两条管线的临床前数据,可对照其转录组学加AI的发现路径。
Jordan Lane 与 Layla Hosseini-Gerami 在 ELRIG Drug Discovery 2025 上介绍用 AI 揭示药物毒性隐藏机制、挽救已显示潜力却在临床试验中因脱靶效应失败的分子。他们称这与业内多数用 AI 往研发管线里塞入更多药物的做法不同,重点是在药物掉出管线时将其救回,以期缩短开发周期、降低临床风险并减少碳排放。
Ignota Labs 提出以药物“扭转”模式回收失败项目中的知识,其 SAFEPATH 平台通过映射脱靶结合、梳理生物通路并在受控系统中重现问题来解析药物行为机制。公司称约 10% 至 20% 的失败药物属机制可解决类别,且多数项目在被放弃前已完成 80% 至 90%。文中援引 56% 的药物因安全性问题失败,并认为新化学实体、新盐型、新晶型等可形成新知识产权。
我们自豪地宣布与德国达姆施塔特的默克集团(Merck KGaA, Darmstadt, Germany)达成新合作,以加速帕金森病及相关神经系统疾病的药物发现。 在此了解更多关于此次合作的信息:https://www.valohealth.com/press/valo-health-announces-collaboration-with-merck-kgaa-darmstadt-germany-to-discover-and-develop-novel-treatments-for-parkinsons-disease-and-related-disorders
Valo Health 与默克 KGaA 达姆施塔特于 2025 年 11 月 20 日宣布战略合作,用 Valo 的 AI 人类因果生物学平台识别和验证帕金森病及相关疾病的新靶点,并用闭环发现平台快速生成临床前化合物。
推荐理由:合作把 Valo 的人类因果生物学靶点发现与闭环化学平台接入帕金森病研发,可看 AI 平台在神经领域的落地方式。