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研发方向

蛋白质设计 最新动态

蛋白、结合剂与治疗相关大分子设计及模型;结构预测、实际表达、结合、功能与可开发性分别判断,不将预测直接当作实验成功。

442 条精选近 30 天 272 条共收录 863 条

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精选归档 · 第 6 页

10月29日周四第 101–120 条
  1. 下一分子74

    Molence开源生物分子基础模型Mol-1,VHH单靶点结合命中率最高63%

    前字节跳动Protenix核心成员创立的Molence Bio于10月28日发布开源生物分子基础模型Mol-1,公开39页技术报告,代码以Apache 2.0开放、基础版权重可下载,约束版权重未同样开放。

    推荐理由:报道梳理了Mol-1的结构预测与VHH设计数据,并逐项标注队列不匹配与早期checkpoint等证据边界。

  2. bioRxiv · Bioinformatics74

    IgScope:用区域隔离语言模型实现抗体多分辨率人源性评分

    作者提出 IgScope,一个从零训练的 2300 万参数抗体语言模型,可在链、IMGT 区域和残基三个分辨率上评估抗体人源性。在 238 万条留出链上,遮蔽全部框架 token 后 CDR 准确率不变,人源框架中回突的小鼠残基检出准确率为 93.4%;链水平与临床抗药抗体发生率的相关性 r = 0.567(n = 217)。

    推荐理由:该预印本提出按链、IMGT 区域和残基分辨率评估抗体人源性的方法,并揭示生成模型设计的抗体在 CDR 层面人源性偏低。

  3. LeapFun74

    侯廷军团队推出PartiDesign:统一生成框架用于蛋白与环肽设计

    侯廷军团队推出可控生成框架PartiDesign,将结构与序列或化学身份在同一次Flow Matching生成中协同,覆盖蛋白、DNA、RNA和小分子。在ProtDBench普通MPNN单序列协议下,其估算合格候选产出约为RFD3的4.9倍,加入α螺旋引导后约7.6倍;AME原子级催化基序骨架搭建中常规与α引导配置分别约为RFD3的8.6倍和12倍。

    推荐理由:介绍统一生成框架在蛋白与环肽设计上的产出效率,并给出与RFD3、BoltzGen的基准对比及计算筛选边界。

  4. ACS JCIM (化学信息与建模)76

    EnzyArena 基准评测并实验验证机器学习酶工程策略

    【摘要级】研究提出按实验批次分组、在匹配条件下测定 kcat、Km 或 kcat/Km 的酶工程基准 EnzyArena,系统评测覆盖蛋白-配体结合亲和力预测、蛋白稳定性预测、零样本适应度预测和酶动力学参数预测四类策略的 20 个模型。

    推荐理由:研究用统一实验条件的酶动力学基准比较四类突变优先级策略,并给出湿实验前瞻验证结果。

10月28日周三
  1. DeepTech深科技72

    Anthropic 收购一人药企 Mithril Medicine,并披露 Claude 与六家机构的药物研发早期成果

    Anthropic 于 10 月 27 日披露 Claude 与六家生物医药机构的合作早期成果,并公布今年 7 月收购罕见遗传病药企 Mithril Medicine,后者被收购前仅有一名全职员工。

    推荐理由:Anthropic 收购一人药企并披露 Claude 在抗体设计、文档审核等环节的早期合作数据,呈现大模型介入药物研发流程的具体边界。

  2. BioAICraft73

    arXiv论文提出ResiDPO并微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN

    悉尼科技大学、华盛顿大学、伊利诺伊大学厄巴纳—香槟分校和浙江大学研究者在arXiv发布论文,提出残基级可设计性偏好优化方法ResiDPO,用它微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN。

    推荐理由:论文把AlphaFold2逐残基置信度反馈用于微调LigandMPNN,为序列设计筛选通过率提供了可比较的提升数据。

  3. AI蛋白质88

    西湖大学等在Nature发表Pinal:用自然语言编程设计功能蛋白质

    西湖大学等机构在Nature发表Pinal,一个160亿参数的基础模型,可直接从自然语言功能描述生成候选蛋白质。模型在17亿合成蛋白质-文本对上训练,采用文本到结构再生成序列的两阶段框架,在荧光蛋白、PET水解酶、醇脱氢酶和代谢H蛋白四个任务中均实验观察到预期功能。其中设计的pinalH02在多酶CO₂固定通路中甘氨酸滴度达11.1 mM,比天然大肠杆菌H蛋白高1.7倍,且无需迭代实验优化。

    推荐理由:该研究用两阶段文本到结构再到序列的框架,把自然语言功能描述直接转成可实验验证的蛋白质,并给出四个任务的湿实验证据。

  4. bioRxiv · Bioinformatics68

    Neopep:用机器学习力场能量强化学习预测非天然氨基酸多肽结构

    作者提出 Neopep,一个以序列为条件的扩散模型,用于含非天然氨基酸(ncAA)多肽的结构预测:先在 PDB 结构上预训练建立结构先验,再用冻结的机器学习力场(MLFF)对模型提出的结构打分,并将该能量信号回传以微调模型。

    推荐理由:该预印本把机器学习力场能量作为强化学习信号,用于含非天然氨基酸多肽的结构预测,提供了可迁移的训练思路。

  5. bioRxiv · Bioinformatics62

    ProbJanusDDG:用共形预测从ΔΔG预测走向突变优先级排序

    作者提出 ProbJanusDDG,将蛋白质稳定性预测器与标准及自适应共形预测区间结合,用区间是否完全位于零之上或之下判断突变方向。

    推荐理由:研究用共形预测区间为突变稳定性方向提供筛选判据,并给出低同源基准上的覆盖率与符号准确率。

  6. 机器之心 · AI4Science74

    Anthropic 公布与六家机构药物研发合作及收购 Mithril Medicine 后的内部项目

    Anthropic 于 10 月 27 日公布生命科学团队与 Generate Biomedicines、Divergence Labs、BigHat Biosciences、Enveda、The Column Group 等六家机构的药物研发合作进展,并披露收购 Mithril Medicine 后推进的内部项目。

    推荐理由:Anthropic 披露与六家机构及收购标的的早期药物研发合作,呈现 Claude 在分子设计与文档审核中的具体用例。

  7. 下一分子60

    百奥几何完成A+轮融资,A轮系列累计超1亿美元

    百奥几何宣布完成A+轮融资,A轮系列累计超1亿美元,本轮由国寿资本领投,老股东上海生物医药基金、达晨财智继续加码,国开科创、瑞力投资、国方创投及产业方跟投,指数资本担任独家财务顾问。

    推荐理由:融资事件之外,材料还梳理了GeoFlow三代迭代与RSI干湿闭环的布局,并标注公司披露数据未经独立验证。

  8. 智药邦71

    港中文团队提出DuetRNA,以碱基与核糖双坐标系联合设计RNA序列与三维结构

    香港中文大学团队提出RNA联合生成模型DuetRNA,为每个核苷酸建立碱基与核糖两个耦合局部坐标系,在同一流匹配过程中同时输出序列与三维重原子坐标,相关预印本与代码已公开。

    推荐理由:该预印本用碱基与核糖双坐标系做RNA序列与结构联合生成,并给出与RNA-FrameFlow同协议的计算对比。

  9. 百奥几何BioGeometry56

    百奥几何完成A+轮融资,A轮系列累计超1亿美元

    百奥几何宣布完成A+轮融资,A轮系列融资累计超1亿美元,由国寿资本领投,上海生物医药基金等老股东加码,资金用于GeoFlow与GeoCell两大微观世界模型迭代、高通量自动化实验室扩建和自研管线商业化。

    推荐理由:融资公告同时披露GeoFlow与GeoCell的模型演进路线和管线时间表,可对照其平台与商业化节奏。

  10. 药化猩球58

    RFD4-Proteina 深度拆解:多语境蛋白设计与 HER2 纳米抗体生成

    作者拆解 RFD4-Proteina,指出该模型用一套 32 维隐变量把蛋白、核酸、磷酸化等六种语境纳入设计,使偶联位点和糖基化从设计第一步就被考虑。以 HER2 纳米抗体为例,模型可直接以靶点结构为背景、指定热点生成结合骨架,并预留非天然氨基酸位点供后续偶联。作者提到官方湿实验数据显示亲和力达皮摩尔级,但强调这些数字来自开发方、尚无独立复现,且测试基于蛋白-蛋白基准,用于纳米抗体仍需重新测试。

    推荐理由:作者拆解 RFD4-Proteina 的多语境隐变量设计思路,并指出其湿实验数据尚未独立复现。