Valence 谈细胞响应预测与多模态数据整合
衡量细胞内部发生的变化有很多种方法。 单独来看，每种测量都是不完整的。综合起来，我们才能开始预测细胞响应、了解机制，并将这些发现跨细胞类型泛化。 遗憾的是，整合不同数据模态并不像听起来那么简单。 想了解更多，请看 Ali Denton 的 Valence at the Whiteboard。 🎥 完整视频链接见下方
#虚拟细胞
Valence LabsAI 评分1212
Valence Labs 官网资讯精选AI 评分6262 Valence Labs 作者运行 Boltz-2 一亿次，检验共折叠能否模拟细胞生物学
Valence Labs 的 Dominique Beaini 用可抢占 GPU 对 9,000 个靶点与 50 万配体运行 AlphaFold-Multimer 和 Boltz-2 共折叠及亲和力预测，累计 1 亿次，构建名为 affinity-prints 的数据集，并借助 Recursion 的表型组学图谱检验预测相互作用与细胞实验数据的对应关系。
推荐理由：作者用上亿次共折叠预测搭建亲和力指纹，并检验其与细胞表型数据的对应关系，为共折叠与虚拟细胞的衔接提供了一套可迁移的评测思路。
Biohub · News精选AI 评分7474 Biohub 用 AI 建模肿瘤细胞状态，在 DMG 小鼠中验证双药组合延长生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构的研究者开发 AI 系统，用 ARACNe 与 VIPER/metaVIPER 从单细胞 RNA 测序数据中识别控制肿瘤细胞状态的 Master Regulators，发现同一瘤种的患者共享近乎相同的恶性细胞状态集合，相关结果发表于两篇 Nature Genetics 论文。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文用单细胞数据刻画肿瘤细胞状态，并在 DMG 模型中验证组合用药的协同生存获益。
Valence LabsAI 评分3636 Valence Labs 谈虚拟细胞在药物发现中的定位
Valence Labs 发文讨论虚拟细胞在药物发现流程中何处最能发挥作用。其研究员 Ihab Bendidi 在博客中指出，虚拟细胞虽能模拟人体生物学，但技术本身必要却不充分，革命性突破取决于把技术指向正确方向。
Valence Labs 官网资讯精选AI 评分5858 Valence Labs 谈虚拟细胞在药物研发管线中最该发力之处
Valence Labs 发文认为，虚拟细胞最有价值的定位不是加速临床前流程，而是提升进入临床的候选质量，即做转化靶点验证。文章提出三个问题：靶点扰动是否在人类疾病生物学中产生预期效应、效应能否在患者生物变异中保持稳健、以及能否对疾病情境形成足够选择性；并建议在现有分子测量基准之外增加决策层评估，例如回溯识别后来因人类生物学不符预期而失败的假设。
推荐理由：Valence Labs 提出虚拟细胞应聚焦转化靶点验证，而非仅加速临床前流程，并给出可操作的评估维度。
Valence Labs 官网资讯精选AI 评分5858 Valence Labs 回顾表型组学演进：从监督迁移学习到生成式基础模型
Valence Labs 的 Inside Valence 文章梳理细胞表型组学从监督迁移学习走向自监督与生成式基础模型的路径，起点是 2019 年 Recursion 的 RxRx1 Kaggle 竞赛，该任务覆盖约 1,100 个 siRNA 条件、125,510 张图像，并在 50 多个实验批次中重复筛选。
推荐理由：梳理细胞表型组学从监督迁移学习到生成式基础模型的演进，并说明RxRx3数据集在虚拟细胞研究中的支撑作用。
Valence Labs 官网资讯AI 评分3636 Valence Labs 回顾 ICML 2026：AI4Bio 论文占比 2.5%，聚焦模型效率与扰动预测
Valence Labs 回顾 ICML 2026，AI for biology 与健康方向论文占全部接收论文的 2.5%，在主题领域排名第 5。会议聚焦模型效率与转录组扰动预测，PerturbDiff、scBIG 等采用流匹配报告了当前最优性能，PerturbODE 则借助神经常微分方程推断基因调控网络。
MindWalk / ImmunoPrecise AntibodiesAI 评分2020 MindWalk在AMD大会首次公开展示ReefIQ
MindWalk在旧金山AMD Advancing AI 2026大会上首次公开展示其面向AI药物发现的生物上下文层ReefIQ，运行于AMD Instinct平台。该演示被纳入AMD Instinct Demo Showcase四个定制演示短片之一，并配有通过AMD渠道分发的视频访谈。
NewLimit · Progress Blog精选AI 评分6868 NewLimit 2026年5-6月进展：先导资产放大120倍、AI系统实现跨细胞类型泛化
NewLimit 在2026年5-6月进展更新中称，其先导重编程药物已完成生产放大超过120倍，足以支持关键非临床研究，并计划明年进入临床。其AI系统Ambrosia首次实现跨细胞类型泛化，在预测内皮细胞重编程效果时用少于三分之一的实验数据达到与谱系专用模型相当的性能。公司还发现5个可恢复衰老内皮细胞年轻基因表达与再生潜力的重编程载荷，并完成C轮融资。
推荐理由：NewLimit 披露先导资产放大生产与跨细胞类型泛化的进展，呈现重编程药物从发现走向临床前的具体路径。
Biohub · NewsAI 评分4848 Biohub 年度回顾：蛋白质世界模型、激光相位板与患者驱动科研
Biohub 发布基于下一代 ESM 的蛋白质生物学世界模型，可预测蛋白质折叠、相互作用与功能并设计新蛋白，科学家已用其设计抗体候选物，在针对癌症和免疫相关靶点的早期实验室测试中显示积极结果。该机构还与 UC Berkeley 团队合作推出全球首个电子显微镜激光相位板，并联合多家研究机构发起 Virtual Biology Initiative，以构建人类细胞的预测性虚拟模型。
Verge Genomics (Verge Labs)精选AI 评分6363 Verge Labs 发布精准神经病学基础模型 vBx-1.0
Verge Labs 发布精准神经病学基础模型 vBx-1.0，称可从常规抽血重建患者脑分子状态，准确率最高为此前最先进模型的 3 倍。
推荐理由：该模型以脑组织转录组数据从血液重建脑分子状态，并在帕金森病与ALS试验数据上给出响应与耐受预测。
NewLimit · Progress BlogAI 评分4242 NewLimit 2026 进展更新：AI 系统将发现速度提升至 2 倍
NewLimit 在 2026 进展更新中称，其 AI 系统将发现速度提升至 2 倍，治疗项目从 2 个增至 3 个，并有 1 个候选药物走向临床试验。此次更新还涵盖公司创始假设与历史、酒精相关恢复研究、临床开发计划及现场问答。
insitro · Publications & Press精选AI 评分5858 insitro 在 ADA 公布 AI 发现 MASH 候选 CTRO-1013 临床前数据：抗纤维化信号部分独立于肝脏脂肪下降
insitro 在第 86 届 ADA 科学年会上公布其 AI 发现的 MASH 候选 CTRO-1013（肝靶向 IRS1 siRNA）的临床前数据，显示在标准纤维化小鼠模型中肝靶向沉默 IRS1 使 TIMP-1 降低 37%、CK-18 降低 68%（16 周，1 mg/kg，每 4 周一次），且抗纤维化信号部分独立于肝脏脂肪下降。
推荐理由：该材料披露 IRS1 靶点从人类遗传学发现到 siRNA 候选物的临床前数据链，可观察 AI 表型与遗传证据如何衔接管线推进。
NewLimit · Progress BlogAI 评分4848 NewLimit 完成 4.35 亿美元 C 轮融资，拟明年将衰老重编程药物推进人体试验
NewLimit 完成由 Founders Fund 领投的 4.35 亿美元 C 轮融资，计划明年启动其首款衰老重编程药物的人体临床试验。该时间表提前源于一款原型药物在衰老人类肝细胞中逆转细胞年龄的发现，公司称该肝脏重编程疗法可加快肝损伤愈合、抵御饮食挑战损伤并加速酒精代谢后恢复。明年试验将首次揭示肝脏年龄重编程在人体中的转化效果。
Turbine 官网资讯精选AI 评分5858 Crown Bioscience 与 Turbine 合作，将 AI 虚拟试验与肿瘤类器官验证衔接
Crown Bioscience 与 Turbine 宣布战略合作，将 Turbine 的 in silico Virtual Assays 与基于 HUB Organoid Technology 的肿瘤类器官试验整合为从预测到验证的闭环流程。
推荐理由：该合作把计算预测与类器官湿实验验证串成闭环，为肿瘤转化研究中预测与验证的衔接提供了一种组织方式。
Theodoris Lab精选AI 评分8282 Theodoris Lab 发布时序 AI 模型 MaxToki，预测细胞状态轨迹与干预靶点
Theodoris Lab 发布时序 AI 模型 MaxToki，用于生成动态轨迹中的过去、中间与未来细胞状态，并预测诱导目标状态转变的干预。模型基于近 1 万亿基因 token 训练，覆盖约 1.75 亿单细胞转录组和约 1 亿条跨人类一生的细胞状态轨迹，采用连续数值 tokenization 与两阶段训练（上下文长度从 4096 扩至 16384）。
推荐理由：该模型把细胞状态建模扩展到时间轴，并在人源细胞与小鼠中验证了预测的促衰老靶点。
NewLimit · Progress Blog精选AI 评分6060 NewLimit 2026年1-2月进展：首个候选药物进入规模化生产，多任务Ambrosia模型使发现效率提升逾2倍
NewLimit 将其表观遗传重编程计划中首个候选药物推进至大规模生产，生产进度达20%，并新发现一个可在衰老肝细胞中恢复多种年轻功能的 payload。
推荐理由：NewLimit 披露重编程 payload 进入规模化生产，并展示多任务模型与实验闭环将发现效率提升一倍以上。
insitro · Publications & PressAI 评分6868 insitro 与 BMS 扩大 ALS 合作，BMS 新增提名 ALS-2 和 ALS-3 两个靶点
insitro 宣布扩大与 Bristol Myers Squibb 的 ALS 合作，BMS 在原有 ALS-1 之外新增提名 ALS-2 和 ALS-3 两个靶点；insitro 将推进自有 ALS-1 寡核苷酸项目，同时为 BMS 推进一款小分子。
insitro · Publications & Press精选AI 评分6868 insitro与百时美施贵宝扩大ALS合作，新增两个由Virtual Human平台发现的靶点
insitro宣布与百时美施贵宝扩大针对肌萎缩侧索硬化（ALS）的战略合作，BMS新提名ALS-2和ALS-3两个靶点，二者均由insitro的Virtual Human平台发现，与2024年12月提名的ALS-1并列。
推荐理由：合作扩展新增两个ALS靶点并触发里程碑付款，同时披露靶点在iPSC运动神经元中的验证结果。
Ginkgo Datapoints · Updates精选AI 评分6060 VCPI 发布首个开源转录组数据集：在 THP-1 细胞中分析 2200 余种化合物
虚拟细胞药理学倡议（VCPI）发布首个开源转录组数据集，在 THP-1 细胞中以 6 个剂量（0.03 至 10 µM）、24 小时处理约 2280 个小分子，采用阵列式 DRUG-seq 获得化合物特异的转录组谱。
推荐理由：VCPI 首次公开约 2280 个小分子的 THP-1 转录组数据，为虚拟细胞药物响应模型提供可复用训练集。
Turbine 官网资讯精选AI 评分6262 Turbine 完成 2500 万美元 B 轮融资，并宣布与前十药企达成首个免疫学合作
Turbine 宣布完成 2500 万美元 B 轮融资，由 Interactive Venture Partners 领投，Beiersdorf 及 MSD Global Health Innovation、Accel、Mercia 等现有投资方参投。
推荐理由：Turbine 在 B 轮融资同时宣布与前十药企的免疫学合作，展示虚拟细胞平台从肿瘤向新治疗领域扩展的路径。
insitro · Publications & Press精选AI 评分7272 insitro 用 AI 从 MRI 推导棕色脂肪表型并完成首个 BAT 全基因组关联分析
insitro 在 Keystone Symposia 肥胖治疗会议上报告，基于 UK Biobank 影像队列（n=69,598）的 Dixon MRI 脂肪信号分数图构建 AI 推导的棕色脂肪（BAT）表型，并完成首个 BAT 全基因组关联分析，识别 81 个独立遗传位点、精细定位到 45 个基因。
Biohub · NewsAI 评分3838 Andrea Califano：用 AI 重编程免疫系统的 6 项策略
Biohub 的 AI 研究者、免疫学家与生物工程师提出 6 项策略，用 AI 结合单细胞生物学和 iPSC 技术重编程免疫细胞，使其检测疾病、报告物理变化并递送治疗。
Biohub · NewsAI 评分3838 Shana Kelley：测量炎症的5种新方法
Biohub正以工程化思路开发5种测量炎症的新方法，目标是在人体组织中实时观察免疫细胞活动。具体包括基于质谱的活组织蛋白质组与代谢组非侵入检测、可对免疫细胞基因做CRISPR扰动并读出影响的功基因组平台，以及用高通量T细胞/抗原筛选结合AI解码细胞识别、预测免疫细胞决策的Decoder工具。
CellarityAI 评分4343 Cellarity公布2026年战略重点与展望：CLY-124镰状细胞病28天数据预计Q4读出
Cellarity公布2026年战略重点，其先导资产CLY-124为口服珠蛋白开关疗法，正在镰状细胞病开展全球1期概念验证研究，28天数据预计2026年第四季度读出。
NewLimit · Progress Blog精选AI 评分7272 NewLimit 2025 年度回顾：首个临床前候选与 AI 系统 Ambrosia
NewLimit 在 2025 年度回顾中称，公司提前建成首个临床前候选，其重编程载荷可在老年肝细胞中恢复多项年轻功能，并在动物模型中未见肝毒性或肿瘤。公司还推出 AI 系统 Ambrosia，称其在扰动预测任务上达到该领域领先水平，并将载荷设计环节的发现速率相对基线提升逾 2 倍。
推荐理由：NewLimit 复盘其重编程药物发现引擎，披露 AI 系统 Ambrosia 在扰动预测与载荷设计上的表现及首个临床前候选。
Cellarity精选AI 评分5858 Cellarity在2025 ASH年会公布镰状细胞病与骨髓纤维化细胞状态矫正管线临床前数据
Cellarity在2025年美国血液学会（ASH）年会上公布镰状细胞病与骨髓纤维化两条细胞状态矫正管线的临床前数据。镰状细胞病候选药CLY-124为口服DCN1抑制剂，临床前在胎儿血红蛋白蛋白水平与HBG1/2珠蛋白基因比例上优于羟基脲，接近近期基因治疗项目报告的水平，与羟基脲联用显示协同效应且无剂量限制毒性，目前正在健康志愿者和镰状细胞病成人中开展1期剂量递增研究。
推荐理由：公司披露镰状细胞病与骨髓纤维化两条管线的临床前数据，可对照其转录组学加AI的发现路径。
Inductive Bio精选AI 评分6262 Inductive Bio 联合 Amgen 牵头 2100 万美元 ARPA-H 项目，开发药物毒性 AI 模型
Inductive Bio 宣布牵头一项 2100 万美元的 ARPA-H 项目，与 Amgen 及多家学术机构合作开发药物毒性 AI 模型，目标是提升药物安全性并减少对动物实验的依赖。项目将生成人体类器官、微生理系统（MPS）和离体组织数据，用于构建数字肝脏与心脏模型，以更好地预测 DILI 和心脏毒性。
推荐理由：该项目以人体类器官与器官芯片数据构建肝心毒性预测模型，为减少动物实验提供了一条可参照的数据路径。
Ginkgo Datapoints · Updates精选AI 评分5858 Ginkgo 推出虚拟细胞药理学计划 VCPI，将公开 10 万化合物 RNA 数据
Ginkgo 于 11 月 18 日宣布发起虚拟细胞药理学计划 VCPI，以社区协作方式构建面向 AI 药物发现的虚拟细胞数据。该计划采用高通量阵列式 DRUG-seq 筛选，依托 10 亿美元自动化设施和标准化细胞系，并将公开 10 万个高质量化合物的 RNA 谱数据，具体化合物由社区投票选择。
推荐理由：Ginkgo 以标准化细胞系和 DRUG-seq 构建虚拟细胞药理学数据，并公开征集化合物，为数据侧建设提供参照。
Cellarity精选AI 评分7171 Cellarity在Nature Communications发表药物性肝损伤预测框架ToxPredictor
Cellarity在Nature Communications发表药物性肝损伤（DILI）预测框架ToxPredictor，并开源模型与验证数据。该框架基于原代人肝细胞转录组库DILImap，覆盖300种与DILI相关化合物在多个浓度下的转录特征；盲评中达到88%灵敏度、100%特异性，优于20余个行业标准临床前安全模型，并识别出动物研究未发现的若干3期临床安全性失败。
推荐理由：该框架用原代人肝细胞的转录组数据预测药物性肝损伤，并在盲评中与20余个临床前安全模型比较。
Cellarity精选AI 评分7474 Cellarity在Science发表细胞状态矫正药物发现框架并公开单细胞扰动数据集
Cellarity在Science发表论文，提出整合高通量转录组与AI模型的细胞状态矫正药物发现框架，采用实验室在环的深度学习迭代，称表型活性化合物回收率较行业标准方法提升13至17倍。公司同步公开三个单细胞数据集，其中扰动转录组数据集含逾1700个样本、126万个单细胞，可用于跨细胞类型药物响应映射与扰动预测方法基准测试。平台首个候选CLY-124正针对镰状细胞病开展1期临床试验。
推荐理由：该框架把高通量转录组与主动学习闭环结合，并公开扰动数据集，为表型筛选的评测提供参照。
DeepLifeAI 评分2020 DeepLife用组学数据研究心脏病
在 #DeepLife，我们正以尖端研究攻克心脏病！🔬 我们的 #OmicStore 提供 573+ 数据集和 2.2 万+ 实验，而 #CellBlueprint 帮助锁定关键通路并重定位药物，以实现更好的治疗。在此试用：https://www.deeplife.co/product/cell-blueprint #WorldHeartDay
DeepLifeAI 评分1818 DeepLife推进阿尔茨海默研究
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DeepLifeAI 评分1212 DeepLife将在BiotechX展示Cell Blueprint
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DeepLifeAI 评分1515 DeepLife 启动 CENTURI 黑客松
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