Ridge Biotechnologies 扩大投资者基础,AI 设计生物偶联药物需求加速
Ridge Biotechnologies 新增投资后累计融资约 3800 万美元,本轮种子轮由 Dimension Capital 领投,Sutter Hill Ventures 与 Overlap Holdings 参投。
Ridge Biotechnologies 新增投资后累计融资约 3800 万美元,本轮种子轮由 Dimension Capital 领投,Sutter Hill Ventures 与 Overlap Holdings 参投。
Evaxion已启动将AI-Immunology™平台应用于自身免疫疾病,正在对两款基于该平台的治疗概念开展实验测试:一款为耐受性疫苗概念,一款为自身抗体结合剂概念。相关实验数据将于2026年11月18日在葡萄牙里斯本举行的PEGS Europe上公布。公司称这两款概念有望以高特异性针对潜在疾病病理,可能实现比现有疗法更高的疗效和更少的副作用。
华盛顿大学蛋白质设计研究所David Baker团队提出RFOptimization(RFO),冻结RF3参数,从Pairformer后的distogram与置信度头提取梯度,在离散序列空间用梯度引导MCMC搜索,并与Boltz加ProteinMPNN/LigandMPNN的结构循环分支交替使用,AlphaFold3仅作独立评估。
推荐理由:该工作把全原子结构模型的内部梯度用于已有候选的序列优化,并给出跨模型一致性与算力成本的对照。
Brian Hie 提到 Germinal 团队成功设计出对眼镜蛇毒具有体内保护作用的 VHH 抗体,相关结果以预印本形式发布在 bioRxiv。该帖未披露设计方法、抗体数量、动物模型与保护效力等具体数据,细节需见预印本原文。
推荐理由:该预印本报告计算设计的 VHH 抗体在动物体内对眼镜蛇毒提供保护,可作为蛋白设计走向功能验证的参照。
Absci称其AI设计的抗PRLR抗体ABS-201近日获彭博社在脱发治疗创新专题中报道,该在研抗体正被评估为模式性脱发的潜在同类最佳疗法。ABS-201旨在阻断催乳素受体信号、推动毛发生长周期转向活跃生长期,机制区别于任何FDA已批准的模式性脱发疗法。正在进行的1期临床试验中期数据显示其迄今安全性和耐受性良好,公司预计今年晚些时候发布中期概念验证数据。
Pranam Chatterjee 团队在 Science Advances 发表论文,报告由蛋白语言模型(pLM)设计的肽在小鼠体内起效,SaLT&PepPr 引导肽可选择性降解致病 β-catenin。作者称这是基于序列的结合剂设计的一项进展,论文链接为 science.org/doi/10.1126/sciadv.aec8271。
推荐理由:作者团队报告其设计的肽在小鼠体内实现靶向降解,为序列设计结合剂的体内验证提供实例。
我们的CTO @edunov 做客 @AI_in_the_AM,与 @labenz 和 @8teAPi 一起讨论了分子基础模型、基于物理的模拟、湿实验数据、智能体工作流以及制药合作,以及它们如何共同服务于AI药物发现这一复杂任务。 他们还谈到了Anthropic的蛋白质结合剂设计报告、为什么亚埃级精度很重要,以及为什么生物学是AI研究中最令人兴奋的前沿领域。 观看链接:https://www.youtube.com/watch?v=JHglTBoaGTk
Amir Shanehsazzadeh 表示其数据发布中包含了用全部10个共折叠模型、每个模型5个种子重新打分所得设计的PAE,希望这些数据与湿实验数据能帮助发现更好的结合与亲和力指标。
推荐理由:作者公开蛋白结合剂设计数据时说明纳入10个共折叠模型各5个种子的PAE,为结合亲和力指标改进提供素材。
Valhalla Technology 等提出 NACraft,将 Boltz-1 全原子结构模型的可微分反馈反向传播到核苷酸序列,在推理阶段统一支持 de novo、similarity-guided 和 target-selective 三类 RNA/DNA 适配体设计,无需针对任务重新训练。
推荐理由:该工作把全原子结构模型的反向反馈用于核酸适配体设计,并给出跨靶标与选择性任务的评测结果。
看起来 claude-protein-binder-design 重新发现了我们的 Protein Hunter 协议?🤔@ChoYehlin
Twist Bioscience 表示,其选取常见与新颖靶点测试 Claude 的蛋白设计能力,在 15 个靶点中 Claude 成功为 14 个设计出结合剂,湿实验验证由 Twist 完成。Amir Shanehsazzadeh 转发该内容并表示与 Twist 团队合作愉快、期待继续合作,帖文未披露靶点清单、结合剂形式与验证指标。
推荐理由:Twist 披露 Claude 在 15 个靶点中设计出 14 个结合剂并完成湿实验验证,可作为了解通用大模型参与蛋白设计的参照。
Anthropic 测试 Claude 能否从头设计蛋白结合剂:在人类专家撰写的设计提示下,Claude 自主针对 15 个靶点中的 14 个完成了设计,随后由 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 独立构建并测试,作者称成功率和亲和力均较高。
推荐理由:Anthropic 与 Adaptyv Bio、Twist 的实测显示,Claude 编排开源模型在 15 个靶点中设计出 14 个从头结合剂,可作为智能体驱动蛋白设计的参照。
Mohammed AlQuraishi 评论称,不同蛋白质设计方法分到的靶点难度各不相同,Genie 3 拿到的是最难的靶点,并希望这算是一种恭维。该评论引用 Anthropic 关于 Claude 从零设计蛋白质结合剂的内容,其中称在人类专家撰写的设计提示下,Claude 自主针对 15 个靶点中的 14 个设计出结合剂,并由 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 独立构建和测试。
推荐理由:作者对比不同蛋白质设计方法分到的靶点难度,指出Genie 3拿到最难靶点,为解读各家设计结果提供难度差异视角。
Anthropic 的论文让 Claude 在约 1.6 万词操作规程下自主完成从靶点调研、表位选择到工具编排与排序的蛋白 binder 设计,15 个可解释靶点共 1320 个设计中 354 个被判为 binder,总命中率 26.8%,14 个靶点至少得到一个 binder。
推荐理由:论文用双 CRO 实测检验 Claude agent 自主完成 15 个靶点的 binder 设计流程,并给出失败靶点与评分局限。
Adaptyv Bio 在自动化湿实验室中对 Anthropic 的 Claude Mythos Preview 与 Opus 4.8 设计的从头结合剂进行匿名盲测,1320 个设计中 95% 成功表达、354 个结合靶点,总体命中率 26.8%,覆盖 15 个靶点中的 14 个。
【全文总结】【全文总结】Anthropic 报告 Claude 通过编排蛋白设计工具,在 15 个可评估靶点中的 14 个获得结合剂:1,320 个设计产出 354 个结合剂,仍属结合验证,不能等同药物疗效。原文另报告 Claude Opus 5 从原始 NMR 与 LC-MS 数据完成化学分析,所用时间分别为 23 和 19 分钟;这是不同任务的案例,不能合并为通用药物发现成功率。
推荐理由:Anthropic 用湿实验验证 Claude 自主设计的蛋白结合剂,并给出与公开设计竞赛和既有命中率的对照。
英灵殿科技团队提出EpiBench,一个面向抗体药物发现的表位推理基准,包含1,609个样本和五项相互关联任务,标签来自抗体–抗原复合物结构、功能性B细胞实验与深度突变扫描数据。
推荐理由:该基准把表位理解拆成五项抗体发现决策任务,并给出通用大模型在长序列定位与抗体特异性对应上的具体缺口。
Latent-Y 药物设计智能体于7月向全球研究者开放研究版,每日提供设计配额,已产出有效离子通道抑制剂、可杀伤肿瘤细胞的CAR-T细胞及疟原虫无法逃逸的结合剂。8月20日将在旧金山举办发布活动,含现场演示并宣布面向研究者的新计划。
分子之心在7月31日深圳“AI+新药研发研讨会”上披露,其AI从头设计的纳米抗体和环肽在TNFα、PD-L1、MDM2等十几个靶点上获得阶段性湿实验命中:TNFα的14个纳米抗体中7个显示结合活性,最优亲和力51皮摩尔;PD-L1的30个候选纳米抗体中26个命中;MDM2的21个候选环肽中16个显示可检测结合,最佳KD为13.7微摩尔。
推荐理由:分子之心披露纳米抗体与环肽的湿实验命中数据及表达量结果,呈现AI从头设计从结合走向可开发性的阶段进展。
分子之心在WAIC 2026公布MMDesign环肽从头设计结果:针对p53-MDM2靶点首轮设计并测试的21条候选环肽中16条实验命中,命中率超过70%,最优候选KD为13.7微摩尔,优于同期实验阳性对照;PD-L1靶点首轮19条候选中有6条经SPR确认结合,最佳KD接近40微摩尔。
推荐理由:分子之心公布MMDesign在p53-MDM2与PD-L1两个PPI靶点的环肽首轮湿实验命中数据,可与纳米抗体结果对照看平台跨模态能力。
Latent Labs 宣布药物设计智能体 Latent-Y 向全球研究者开放,获批研究者每天可免费获得 250 个设计。公司同时公布早期访问研究者的首批实验室结果,包括阻断离子通道的分子、在体内杀伤肿瘤细胞的 CAR-T 细胞,以及疟原虫难以通过突变逃逸的结合剂。
推荐理由:Latent Labs 开放其药物设计智能体 Latent-Y,并给出早期用户离子通道抑制剂与 CAR-T 的实验室结果。
百奥几何创始人唐建博士及合作者的论文《LINE: Large-scale Information Network Embedding》获 The Web Conference 2026 的 Seoul Test of Time Award。
很高兴看到 @Xaira_Thera 这篇博客文章,它基于我们近期关于评估结合剂设计模型的笔记! 把候选分子称为结合剂的好标准 :) 让我们更多传播关于合理结合剂分类与报告的意识! https://www.xaira.com/news/progressable-binders-the-binders-that-matter
Nabla Bio 转发 Twist Bioscience 的客户成果介绍,称 JAM-2 通过设计高选择性抗体靶向此前被认为无法在细胞内触及的蛋白,并附报告链接。Nabla Bio 自身正文仅表达对 Twist Bioscience 的致意,未补充技术细节或数据。
Cradle 在七个抗体多样化campaign中,用基于进化序列数据训练的模型生成每个携带2-8个突变的多突变变体库,设计变体的结合保留率为56%-92%,其中四个campaign在未针对亲和力优化的情况下出现2倍至350倍亲和力提升。
推荐理由:Cradle 用七个抗体多样化campaign的实测数据,对比单点扫描与多突变首轮的取舍,给出首轮实验设计的具体参照。
Nabla Bio 发布 JAM-2 模型报告,将零样本药物设计从结合扩展到多功能药物与胞内蛋白质组。报告称其全计算设计出针对五种肽-MHC 的多特异性抗体,T 细胞激活/杀伤 EC50 达皮摩尔级、选择性超过 100 倍;并生成靶向 KRAS G12V 与 G12C 的双变异多特异性抗体,在皮摩尔至个位数纳摩尔效力下杀伤呈递细胞且不伤野生型。
推荐理由:Nabla Bio 公开 JAM-2 在五类肽-MHC 与 KRAS G12 双变异多特异性抗体上的设计与湿实验验证细节,可作为评估零样本抗体设计的参照。
Medra 发布 AI Experimentalist,作为其 Physical AI Scientist 平台的科学推理层,与湿实验室执行层 Physical AI Lab 组成设计、执行、解读、改进的闭环系统。
推荐理由:Medra 公布 AI Experimentalist 与湿实验室闭环平台,抗体筛选案例给出周期压缩的具体路径。
LabGenius Therapeutics与LG Chem签署多年研究合作、选择权及许可协议,将用其AI/ML驱动的抗体发现平台EVA设计针对一种在多种难治癌症中表达的实体瘤抗原的肿瘤选择性多特异性抗体,目标是克服现有免疫疗法的脱靶毒性等局限。
推荐理由:协议披露了首付款、早期里程碑与选择权行权后的潜在里程碑结构,可对照同类抗体发现合作的分层设计。
杭州力文所介绍其Pallatom系列全原子生成模型,从V1端到端生成主链、侧链与序列,到V2面向靶点界面与结合位点做功能分子设计,再到以Agent组织模型与结构分析工具的Pallatom-Lévin。
推荐理由:梳理力文所Pallatom系列从全原子生成到Agent闭环的版本演进,并列出多靶点binder实验成功率。
Cradle 汇总其零样本抗体多样化流程在 SARS-CoV-2 RBD、HER2 和 EGFR 上的七组实验,其中 4/7 实验、2/3 靶点出现显著亲和力提升,弱结合剂 Ty2 的 KD 改善达 350 倍。
推荐理由:Cradle 汇总七组零样本抗体多样化实验,给出功能率与亲和力提升幅度,并对照文献单突变扫描基线。
Roshan Rao 宣布已完全开源其结合剂设计流程,该流程可生成纳摩尔亲和力的 scFv。代码忠实复现了论文中描述的管线,也正是产出其设计所用的同一套流程,入口为 https://tinyurl.com/7jnsuzv5。所引用的教程 notebook 位于 Biohub 的 esm 仓库,支持通过 @modal 扩展结合剂生成,相关 ESMFold2、ESMC、ESM Atlas 与完整结果见论文 https://biohub.ai/papers/esm_protein.pdf。
推荐理由:作者开源了论文中实际使用的结合剂设计流程,可复现生成纳摩尔亲和力 scFv 的完整管线。
MindWalk 公布登革热临床前数据,称基于 HYFT 预测靶点设计的免疫原在动物中诱导出针对全部四种登革热血清型抗原的交叉反应抗体,并在两次独立实验中重复。公司称 HYFT 在免疫前计算优先选出泛血清型靶点,打乱序列的对照未产生相应识别,CEO Jennifer Bath 称这是该疫苗平台上首次记录到从预测到结果的闭环。该结果属临床前结合层面证据,完整数据见公司新闻稿。
推荐理由:公司披露登革热免疫原在动物中诱导四血清型交叉反应抗体,并给出两次独立实验的对照结果。
Alex Rives 宣布推出 ESMFold2,一个面向蛋白生物学预测、设计与发现的开放科学引擎,称其在蛋白相互作用尤其是抗体上达到当前最优性能。作者称已针对癌症和免疫学相关的五个治疗靶点设计并验证了 miniprotein 结合剂和单链抗体,成功率很高,亲和力达到与治疗活性一致的水平。
推荐理由:ESMFold2 同时覆盖蛋白相互作用预测与结合剂设计,并给出多靶点湿实验验证结果,可作为评估蛋白基础模型能力的参照。
昌平国家实验室副研究员余其林将于2026年5月24日晚通过腾讯会议主讲抗体设计框架PPIFlow。据简介,该框架结合流匹配生成模型与新型体外成熟策略,无需实验优化即可直接生成皮摩尔至纳摩尔级亲和力的纳米抗体和迷你蛋白结合剂。
推荐理由:讲座介绍PPIFlow以流匹配加计算机成熟生成高亲和力纳米抗体与迷你蛋白,可了解纯计算结合剂设计思路。
上海科技大学王浩晨等人提出 Pallatom-Ligand,一款以小分子结构为条件的端到端扩散全原子模型,用于设计蛋白质-配体复合物。该模型采用 Token 级全注意力、原子级块稀疏注意力和 Token 对三角注意力三种机制,在多个小分子 Binder 蛋白设计任务上的成功率显著优于 RFdiffusionAA 和 RFdiffusion2。
力文所与复融生物宣布达成首批类药寡聚体设计交付,这批分子由力文所 Pallatom2 引擎生成,并在复融生物高通量实验平台完成验证。据文中描述,候选分子在体积排阻色谱中呈单一峰型、实现预期寡聚化状态,多个核心候选亲和力达到皮摩尔级,热稳定性与表达滴度达到工业评价标准。文中称部分分子已具备推进成药性评价的基础,但未披露具体靶点、分子数量与实验数值。
推荐理由:力文所与复融生物披露首批寡聚体设计交付,展示了全原子生成模型在湿实验中的验证路径。
寻明生科宣布完成3500万美元A+轮融资,由红杉中国领投,经纬创投、博远资本跟投,老股东五源资本、启明创投、纽尔利资本等持续投资,A轮及A+轮累计近亿美元。资金将用于建设其自主研发的功能抗体设计平台AuraIDE™,加强基座模型与智能体能力及高通量高内涵实验平台。
推荐理由:融资披露同时给出抗体管线所处阶段与智能体实验闭环的建设方向,可对照其平台叙事与管线进度。
新加坡国立大学研究人员开发配对蛋白语言模型PPLM,同时从两条相互作用蛋白中学习,用于预测蛋白互作、结合强度与相互作用界面。该模型面向蛋白互作这一细胞过程基础问题,团队称其可为疾病研究与药物发现提供新线索。
推荐理由:该模型同时读取两条相互作用蛋白序列,为蛋白互作、结合强度与界面的统一预测提供新思路。
字节跳动发布 Protenix-v2 生物分子建模系统,用于结构预测与零样本抗体设计。据引用介绍,其在抗体-抗原结构预测上较 Protenix-v1 在 DockQ>0.23 指标最高提升 13 点,5 个种子的表现超过此前 1000 个种子的结果;零样本 VHH 设计在受控靶点上达到 100% 靶点级成功率,BLI 确认的命中率为 2%–48%,命中物热稳定性、自相互作用和多反应性通过率分别为 100%、98% 和 93%。在暴露表位小而灵活的 GPCR 靶点上,VHH-Fc 格式命中率为 16%–88%,mAb 格式最高 50%,每个靶点仅测试 16–30 个设计。代码与论文见 github.com/bytedance/Protenix。
推荐理由:Protenix-v2 在抗体-抗原结构预测与零样本 VHH 设计上给出多项指标,并附 BLI 验证的命中率与可开发性数据。
唯信计算(Wecomput)在 NVIDIA GTC 2026 发布生物医药多智能体操作系统 WeMol Copilot,用户可用自然语言描述任务,由系统规划路径并调度底层 AI 模型与计算工具。
推荐理由:唯信计算在 GTC 2026 发布多智能体系统,展示从抗体生成到去免疫原性改造的自动化流程编排。