又一届AI蛋白质设计大赛开启
又一届AI蛋白质设计大赛来了！
#功能验证
Leo ZangAI 评分2222 BioTender精选AI 评分7878 从理解生命序列到设计生命序列：Evo 2 的下一步
Brian Hie 团队于 2026 年 10 月 29 日公开两篇 Evo 2 稿件，探索用少量示例做上下文学习来设计调控序列与蛋白。酵母任务中 4 条示例即可生成预测活性接近高活性对照的序列，但人类 5′ UTR 用 16 条示例时预测活性过阈值比例才超过 40%，且这些曲线并非湿实验结果。
推荐理由：文章逐项拆解 Evo 2 两篇稿件的计算与实验证据，区分预测活性、标记纯度与实测特异性。
下一分子精选AI 评分7474 NVIDIA 发布 BindClaw 技术报告：以机制计算测定串联蛋白结合剂设计
NVIDIA 在 10 月 28 日的技术报告中提出 BindClaw，一套智能体辅助的蛋白结合剂设计流程，可从生物学目标或论文出发识别靶点与结合位点、建立抑制或降解等五类机制相关计算测定，再调用 RFD4-Proteina、Proteina-Complexa 等后端生成并迭代候选物。
推荐理由：NVIDIA 技术报告把机制相关计算测定嵌入蛋白结合剂设计流程，并给出钙调蛋白状态选择性的湿实验数据。
BioAIDesign精选AI 评分7676 专题综述 | Evo 2 学会举一反三：Arc × 斯坦福用少量序列引导生物设计
Arc Institute、斯坦福 Brian Hie 团队及合作者于 2026-10-29 在 Zenodo 公开两项预印本，显示预训练基因组模型 Evo 2 可用少量功能相近序列作为示例做上下文学习，不更新参数即可调整生成方向。
推荐理由：综述梳理 Evo 2 少样本上下文学习的两项预印本，区分计算筛选与湿实验证据，并给出跨任务适用边界。
BioAIDesign精选AI 评分7878 NVIDIA 发布 BindClaw 技术报告：18 个钙调蛋白结合剂中 15 个结合，13 个区分钙结合态
NVIDIA 于 2026-10-28 发布 BindClaw 技术报告，把抑制剂、降解剂、稳定剂、状态选择性、受体激动五类功能要求写成冻结评分的计算 assay，让智能体在固定评分标准下迭代蛋白设计。
推荐理由：报告把功能要求固化为可执行计算对照，并用钙调蛋白湿实验检验状态选择性设计。
BioAICraft精选AI 评分7373 David Baker团队发布MINT方法：在保留蛋白功能的同时降低CD8⁺ T细胞免疫原性
David Baker、Nir Hacohen等人在bioRxiv发布预印本，提出MINT方法，在保留蛋白质功能的前提下降低CD8⁺ T细胞免疫原性。
推荐理由：该预印本把免疫原性纳入蛋白设计目标，并用小鼠实验比较高低表位设计的T细胞反应，为去表位设计提供了可参照的验证路径。
AI药物设计实验室精选AI 评分7474 华中农大等团队在 Nature Communications 发表 AbOptimizer，用序列编辑与强化学习多目标优化抗体
华中农业大学、湖北洪山实验室与武汉华美生物技术有限公司团队在 Nature Communications 发表 AbOptimizer，把抗体优化组织为序列编辑任务，由抗体语言模型生成候选、性质预测器反馈、强化学习调整编辑策略。
推荐理由：论文用语言模型加强化学习做抗体多位置序列编辑，并给出三种治疗性抗体的体外结合数据，可供比较计算优化与实测的差距。
Brian HieAI 评分5151 Brian Hie 提出用模型生成结果动态更新提示的基因组思维链
Brian Hie 提出，数据高效条件化使合成提示可随模型自身生成结果动态更新，并可在计算打分甚至实验室在环测试后进行。他以噬菌体基因组设计给出概念验证，将这一过程称为基因组思维链（genomic chain of thought）。
下一分子精选AI 评分6868 Anthropic收购一人药企Mithril Medicine
Anthropic于10月27日披露已收购由Cody Tranbarger一人运营的Mithril Medicine，交易实际于2026年7月完成，金额未披露。
推荐理由：文章拆解了Anthropic收购一人药企的交易细节与小鼠数据统计边界，区分模式验证与效率验证。
下一分子精选AI 评分7474 Molence开源生物分子基础模型Mol-1，VHH单靶点结合命中率最高63%
前字节跳动Protenix核心成员创立的Molence Bio于10月28日发布开源生物分子基础模型Mol-1，公开39页技术报告，代码以Apache 2.0开放、基础版权重可下载，约束版权重未同样开放。
推荐理由：报道梳理了Mol-1的结构预测与VHH设计数据，并逐项标注队列不匹配与早期checkpoint等证据边界。
BioAICraft精选AI 评分7878 EPFL 团队在 bioRxiv 发布 SPARC：AI 从头设计光控蛋白开关
EPFL Bruno Correia 团队等人在 bioRxiv 发布论文，报道计算设计的光控蛋白开关系统 SPARC，将视黄醛结合、光诱导构象变化与短肽识别整合到同一蛋白中。
推荐理由：该预印本展示如何把视黄醛异构化的几何变化转化为可设计的蛋白构象开关，并给出多状态序列设计流程。
iNatureAI 评分3434 Nat Commun | 北京大学夏青团队发现抑制型tRNA修复TP53无义突变可使肿瘤近完全消退
北京大学夏青团队在Nature Communications报告，抑制型tRNA（sup-tRNAs）可克服TP53多种无义突变，恢复全长p53表达与功能，并借助计算模型指导设计。
iNature精选AI 评分7474 AI蛋白设计进入深水区，诺奖得主David Baker在膜蛋白领域的研究进展
David Baker 团队 2026 年已发表 5 篇膜蛋白相关 AI 研究成果，涵盖从头设计、膜蛋白制备与结构机制研究。
推荐理由：梳理 Baker 团队今年 5 项膜蛋白 AI 设计工作，重点呈现 GPCR 迷你蛋白设计与 WRAP 增溶两条技术路线。
BioTender精选AI 评分7272 刚刚！Anthropic 公布首批 AI 药物研发成果！
Anthropic 于 2026 年 10 月 27 日集中公布六家机构使用 Claude 推进药物研发的早期案例，并宣布收购罕见病公司 Mithril Medicine。
推荐理由：梳理六家机构用 Claude 做药物研发的早期案例，逐项标出体外数据、对照缺失与验证边界。
BioAIDesign精选AI 评分7474 Anthropic 亲自下场 AI 制药：Claude 参与 7 个药物项目，还买下一家单人药企
Anthropic 公布 Claude 参与的六个药物研发合作与一个自有项目，并宣布收购由一人运营的 Mithril Medicine。
推荐理由：按证据强度分层梳理 Anthropic 七项药物研发动作，并指出分子设计项目缺少对照基线这一关键缺口。
机器之心 · AI4Science精选AI 评分7474 Anthropic药物研发新进展：合作六家制药机构，收购「一人药企」
Anthropic 于 10 月 27 日公布生命科学团队与 Generate Biomedicines、Divergence Labs、BigHat Biosciences、Enveda、The Column Group 等六家机构的药物研发合作进展，并披露收购 Mithril Medicine 后推进的内部项目。
推荐理由：Anthropic 披露与六家机构及收购标的的早期药物研发合作，呈现 Claude 在分子设计与文档审核中的具体用例。
下一分子AI 评分3232 AI制药日报｜2026-10-28
David Baker团队与苏黎世联邦理工学院等合作在Nature发表从头设计半胱氨酸蛋白酶研究，用RFD2-MI、ProteinMPNN和AlphaFold 3从Ulp1最小催化基序出发设计，69个实验设计中有13个出现肽键切割活性。
iNature同新闻AI 评分6262 香港大学贾伟团队开发MetLLM，从化学空间发现新型胆汁酸
香港大学贾伟团队在Cell Metabolism发表研究，提出基于Transformer的语言模型MetLLM，学习胆汁酸修饰模式以优先筛选候选胆汁酸类似物，并构建含3900个优先候选物的计算机模拟胆汁酸化学景观MetSpace。
药化猩球精选AI 评分6363 匿名医药博主创立一人制药公司被Anthropic收购
Anthropic确认收购仅有一名全职员工的生物技术初创公司Mithril Medicine，交易实际于2026年7月完成，金额未披露。
推荐理由：一人运营、AI协调外部实验室的研发模式被AI公司收购，提供了一个观察AI原生药研组织形态的早期案例。
药化猩球精选AI 评分5858 RFD4-Proteina 深度拆解：多语境蛋白设计与 HER2 纳米抗体生成
作者拆解 RFD4-Proteina，指出该模型用一套 32 维隐变量把蛋白、核酸、磷酸化等六种语境纳入设计，使偶联位点和糖基化从设计第一步就被考虑。以 HER2 纳米抗体为例，模型可直接以靶点结构为背景、指定热点生成结合骨架，并预留非天然氨基酸位点供后续偶联。作者提到官方湿实验数据显示亲和力达皮摩尔级，但强调这些数字来自开发方、尚无独立复现，且测试基于蛋白-蛋白基准，用于纳米抗体仍需重新测试。
推荐理由：作者拆解 RFD4-Proteina 的多语境隐变量设计思路，并指出其湿实验数据尚未独立复现。
药化猩球AI 评分5858 逐行核对 Mol-1 成绩单：宣传数字与 GitHub 仓库对不上
作者逐行核对 Mol-1 的宣传数据与 GitHub 仓库，发现 FoldBench-AB 75.0% 有出处但对比的 IsoDDE 与 75.58% 无法对应，所谓“8 项里胜过 Anthropic 10 项”算术不通，且 Mol-1 实为 Protenix 衍生模型。
科普知识综述精选AI 评分5858 Divergence Labs 与 Anthropic 合作，用 Claude 辅助设计食物过敏双表位抗体并完成初步验证
Divergence Labs 与 Anthropic 合作，借助 Claude 构思出一种双臂抗体机制，用于把 IgE 从肥大细胞表面的 FcεRI 上主动拉离，以应对影响全球超过 2 亿人的食物过敏。团队称在一个月内设计、合成了这两个臂，并实验验证了它们的生物物理功能，目前正将其组装成完整的治疗格式。该工作尚处早期，文中未披露具体靶点数据、亲和力数值或体内结果。
推荐理由：Divergence Labs 借 Claude 构思出双表位抗体机制，并在一个月内完成两个臂的合成与生物物理功能验证，为抗体早期发现提供了人机协作的实例。
BioTender精选AI 评分6060 Anthropic 收购一人 AI 药企 Mithril Medicine，Claude 协调 11 家外部实验室
Anthropic 于 2026 年 10 月 27 日披露收购 Cody Tranbarger 创办的一人公司 Mithril Medicine，技术报告注明交易实际发生在 7 月。
推荐理由：报道拆解了这次收购背后的顾问与CRO网络，并逐项列出小鼠肌力数据的统计与时间混杂缺口。
Generate:Biomedicines精选AI 评分6565 Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 受体信号域，缩短约 70% 并提升体外杀瘤
Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作，六名科学家用 Claude 结合自有模型、计算工具和湿实验数据，重构用于实体瘤的 CAR-T 受体。重新设计的信号组件比标准设计缩短约 70%，为新增功能留出空间，并在实验室测试中提升了对癌细胞的杀伤。相关结果以预印本形式发布，公司称该流程把数年工作压缩到数月、成本仅为原方案的一小部分。
推荐理由：Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 胞内信号域，展示大模型参与蛋白设计的可迁移流程。
BigHat Biosciences精选AI 评分7272 BigHat 与 Anthropic 联合演示智能体驱动的抗体工程优化
BigHat Biosciences 与 Anthropic 发布联合演示，展示用前沿 AI 驱动可被智能体接入的快速反馈湿实验，加速抗体工程难题。BigHat 构建了 Agentic Lab Control Harness，将计算与实验工作流纳入同一控制平面，并称被 Anthropic 选为首个抗体治疗合作伙伴。
推荐理由：BigHat 与 Anthropic 联合演示智能体接入湿实验闭环优化抗体，提供人机团队协作的实验流程参照。
智药邦同新闻AI 评分8383 Molence Bio开源结构预测模型Mol-1，抗体预测追平Isomorphic Labs并完成纳米抗体设计验证
Molence Bio于10月27日发布开源结构预测模型Mol-1，在FoldBench-AB抗体-抗原结构预测成功率达75.00%，与Isomorphic Labs技术报告中的75.58%基本持平，引入表位约束后升至88.3%。
同一新闻，精选展示《Molence 发布开源生物分子智能模型 Mol-1》
智药局精选AI 评分5858 镁伽联合腾讯云、Twist发起Poreva Open蛋白质设计赛，计划湿实验验证超1万条序列
镁伽科技牵头，腾讯云、Twist、思朗科技、诺唯赞等参与，发起全球AI蛋白质设计竞赛Poreva Open，不限国家、模型与技术路线，计划对超过10000条设计序列做湿实验验证。评价体系除靶点结合外新增热稳定性和低非特异性指标，首批3项挑战靶点已公布，赛后拟择优引入类器官等模型进一步验证。奖金包括最高100万元现金、百万元级免费湿实验验证额度和千万元级投资激励。
推荐理由：镁伽联合腾讯云、Twist等发起不限模型的蛋白质设计赛，以万条湿实验验证切入AI4S数据入口。
LeapFun精选AI 评分7878 Pythia Labs发布Pythia-1，单轮设计22个难靶点的激动与拮抗全长抗体
2026年10月，Pythia Labs发布论文《Design of full-length agonist and antagonist antibodies for hard targets》。
推荐理由：报道介绍Pythia-1在22个难靶点上单轮设计全长IgG，并给出GPCR激动与拮抗的功能验证结果。
下一分子精选AI 评分7373 IPD与NVIDIA开源RFD4-Proteina：从计算通过率到湿实验的采用判断
IPD与NVIDIA于10月公开RFD4-Proteina的代码与模型权重，模型把序列与结构放进同一生成过程，并提供候选搜索与评估入口，核心许可为BSD 3-Clause。
推荐理由：结合开源入口、计算基准口径与两组湿实验，给出团队自评该蛋白设计模型是否值得采用的判断框架。
下一分子AI 评分4242 Adaptyv与Anthropic蛋白设计竞赛第五题：设计突变KRAS选择性结合剂
Adaptyv Bio与Anthropic合办的蛋白设计竞赛第五题开题，要求设计只结合突变KRAS片段、不结合野生型KRAS的结合剂，以助免疫系统识别癌细胞。官方公告仅称"突变KRAS片段"，X用户提及KRAS G12D但未获官方确认，规则、评价指标与序列细节均未披露。提交截止日期为11月8日，之后主办方筛选并测试，结果公布时间未说明。
下一分子精选AI 评分7474 分子之心MMDesign技术报告：19个设计项目18个获实验确认结合分子
分子之心在Zenodo发布扩展版MMDesign技术报告，覆盖18个靶点、19个设计项目，涉及VHH与大环肽两类模态，报告称18个项目获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%。
推荐理由：报告汇总19个设计项目的湿实验命中情况，并区分项目成功率与候选命中率，为评估生成-过滤-验证流程提供具体参照。
下一分子精选AI 评分7171 Google团队预印本提出表位裁剪方法降低蛋白结合剂计算成本
Google Research、Google DeepMind 等机构在一篇预印本中提出将靶点裁成表位附近的局部窗口，再结合智能体迭代搜索用于从头设计蛋白结合剂。
推荐理由：预印本把靶点裁成表位局部窗口以降低结合剂设计算力，并给出截短重折叠与完整靶点的一致性对照。
分子之心MoleculeMind精选AI 评分7474 分子之心MMDesign技术报告：19个项目成功率94.7%，六个GPCR靶点全部命中
分子之心发布MMDesign最新技术报告，在覆盖18个靶点、纳米抗体与大环肽两类模态的19个项目中，18个获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%，单项目仅测试9—50个候选。
推荐理由：技术报告以19个项目的湿实验数据展示少量候选下的跨靶点设计成功率，并给出GPCR与跨轮次优化的具体结果。
AI-Protein DesignAI 评分7878 《Nature》发表AI从头设计对映选择性人工金属光酶
《Nature》刊出研究De novo design of enantioselective artificial metalloenzyme photocatalysts，团队用RFdiffusion All-Atom生成结合Ru(bpy)₃²⁺类辅因子的蛋白骨架、LigandMPNN设计序列并以AlphaFold2校验，96个设计序列中63个可溶性表达。
BioTender精选AI 评分6262 Anthropic 与 Adaptyv 蛋白设计挑战赛第五题要求识别 KRAS G12D 突变肽
10 月 26 日，Anthropic 与瑞士蛋白工程公司 Adaptyv 联合举办的蛋白设计挑战赛放出第五题，要求设计只结合 KRAS G12D 突变肽（VVVGADGVGK）、不结合野生型肽（VVVGAGGVGK）的蛋白，两者仅第 6 位一个氨基酸不同，靶点为 HLA-A*11:01 呈递的 pMHC。
推荐理由：赛事把特异性拆成突变识别、肽依赖与亲和力三关，为从零设计结合剂的评测提供了具体参照。
Martin Pacesa精选AI 评分5858 Martin Pacesa 评从头设计结合剂在结构生物学中的应用
Martin Pacesa 转发并评论 Xiaochun Li 团队发表于 NSMB 的论文，认为其从头设计结合剂的用法很有创意。被引内容称该研究解析了 Norrin 信号复合物的结构，并据此设计合成 Norrin 模拟物，朝恢复血视网膜屏障（BRB）的策略迈出一步。
推荐理由：作者借他人 Norrin 信号复合物论文，点评从头设计结合剂用于结构生物学研究的思路。
BioArtAI 评分3434 Cell Stem Cell | Josef Penninger/王经强等构建“自带胰岛特异性血管”的类器官，显著提升干细胞来源胰岛移植疗效
Josef M. Penninger/王经强团队将人血管类器官与干细胞来源胰岛共培养，构建出带胰岛特异性窗孔毛细血管的血管化胰岛类器官VPIOs。糖尿病小鼠移植后13只中11只在2个月内恢复正常血糖，疗效与原代人胰岛相当，而未血管化组14只中仅2只恢复。VPIOs仍含少量外分泌/导管样细胞和成纤维样细胞，Matrigel基质不适合临床，β细胞体外成熟仍不完全。
BioArt精选AI 评分8282 2篇Nature | David Baker团队从头设计半胱氨酸蛋白酶和金属蛋白酶
华盛顿大学David Baker团队在Nature发表两篇论文，分别从头设计半胱氨酸蛋白酶和锌离子辅助的金属蛋白酶，并在哺乳动物细胞中检测到切割活性。
推荐理由：两篇 Nature 论文报告从头设计半胱氨酸与金属蛋白酶的初筛成功率、动力学参数和晶体结构验证，并讨论催化水与预组织对活性的影响。
途深智合AI 评分2222 途深智合将在第17届上海计算机辅助药物设计研讨会分享自主式AI生物制药研发实践
途深智合首席AI科学家林伟宁将于10月31日在第17届上海计算机辅助药物设计研讨会发表《Autonomous AI Biopharma Foundry》演讲，分享AI模型、智能体与实验验证协同的自主式研发模式。公司称其ToursynClaw平台可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证，半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
BioAIDesignAI 评分5555 RFD4-Proteina 全流程实操：在 A40 上设计单体、PD-L1 结合物与 FAD 口袋蛋白
BioAIDesign 在单张 NVIDIA A40 上用官方公开权重跑通 RFD4-Proteina 三类设计任务，单体、PD-L1 结合链和 FAD 口袋蛋白各生成 4 个候选，经 OpenFold3 重折叠后每类各有 2 个通过计算门槛。