AI制药日报|头条:多样计算策略发现p38α−MK2分子胶
下一分子日报头条介绍一项结合自由能扰动与机器学习的研究,从多种化学来源配体中筛选并优先排序,识别出多个结构多样、高效力且高选择性的p38α−MK2分子胶。先导化合物14和28在人全血中达到覆盖EC50的暴露水平,并在脂多糖小鼠模型中口服给药后显著降低TNFα水平,结果基于摘要报告。
下一分子日报头条介绍一项结合自由能扰动与机器学习的研究,从多种化学来源配体中筛选并优先排序,识别出多个结构多样、高效力且高选择性的p38α−MK2分子胶。先导化合物14和28在人全血中达到覆盖EC50的暴露水平,并在脂多糖小鼠模型中口服给药后显著降低TNFα水平,结果基于摘要报告。
Inductive 在 OpenADMET CYP Direct Inhibition 盲测中排名第一,领先来自生物制药、学术与 AI 机构的 270 余名参赛者,NVIDIA 与 Recursion 分列第三、第四。
推荐理由:Inductive 在 OpenADMET CYP 抑制盲测中领先 270 余支队伍,可对照其连续四次登顶的 ADMET 建模路线。
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法,在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token,在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示,五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线,但同物种内优势有限。
英灵殿科技在2026亚马逊云科技创业加速营巅峰路演中,凭全模态分子世界模型AlloDesign与AI科研平台AlloScience成为最终胜出的五支团队之一。AlloDesign以统一架构理解并设计蛋白质、DNA、RNA及小分子,并建模分子间相互作用,现场展示了阶段性实验验证成果。AlloScience基于AWS云服务构建,覆盖信息检索、研究规划、分子设计、数据分析与结果可视化等科研工作流环节。
本期日报收录谷歌DeepMind的Antigravity化学信息学技能演示,智能体可整理文献与分子数据、调用化学工具分析并协助提出待验证设计方案,官方称部分原需多天的工作可在约一小时内完成,但设计结果仍须实验验证。
晶泰科技联合创始人兼首席创新官赖力鹏在 SWITCH 2026 期间该公司举办的研讨会上提出,AI 药物发现正从“AI 预测”走向“AI 原生”,即让验证、数据与新认识回流模型。
Genesis Molecular AI 在 NeurIPS 2026 论文中报告,其方法在分子优化任务上达到与最强推理时搜索相同的性能,同时 oracle 调用次数减少 58 倍。该推文指出,预训练分子生成器掌握化学规律但不了解具体靶点,论文聚焦离散扩散设计选择对反馈效率的影响。
推荐理由:该论文比较离散扩散分子生成中不同设计选择对反馈效率的影响,为优化时的 oracle 调用预算提供参照。
Google DeepMind 为 Google Antigravity 发布 Cheminformatics Skills,基于 RDKit 并接入 ChEMBL 与 PubChem,让语言模型负责流程编排、确定性化学工具执行分子计算。
推荐理由:官方演示了智能体在真实肺癌药物数据上完成检索、配对分析与大环设计,可观察化学工作流的自动化边界。
下一分子2026年11月3日日报汇总多条AI制药进展,头条为东北大学、Broad研究所等在arXiv预印本提出自进化分子发现智能体MolRSI,将模型选择与组件组合等工作流作为优化对象,抗菌筛选命中率15.9%。
Edison Scientific与普林斯顿大学合作发布ChefNMR2,输入分子式和一维NMR峰表,由原子级流匹配模型生成候选平面结构,再由智能体核对谱图与文献。
砺博生物完成近亿元人民币A轮融资,由正心谷资本、创新工场美元基金、某产业医疗基金联合领投,老股东元生创投继续追加。公司成立于2022年,专注AI4S赋能的靶向RNA小分子创新药研发,已建立人类基因组RNA三级结构“自持发现引擎(SSDE)”AI4S框架。首发管线RP-0172靶向HTT mRNA治疗亨廷顿舞蹈症,正在开展I期临床试验,本轮融资将用于既有管线临床研发及全球商业化布局。
英矽智能将参展第九届进博会并出席中国医疗健康峰会、FHIM、CMCS2026及迪拜下一代医学大会等多场活动。公司2026年前10个月提名11款临床前候选化合物,2021年以来PCC提名总量达35款;截至8月中旬已在自研与合作管线达成8项临床里程碑。Rentosertib(ISM001-055)治疗特发性肺纤维化已进入III期临床试验。
原字节跳动Protenix核心成员肖文之团队开源生物分子基础模型Mol-1并公开39页技术报告,基于Protenix技术体系提升抗体、分子胶与多肽结构预测能力。晶泰科技自研肠道限制性高选择性pan-TRK抑制剂KQTD-126获FDA IND许可,临床前pan-TRK抑制活性IC₅₀<1 nM,肠道组织与血液暴露量比值超过1000:1,拟用于IBS与IBD相关慢性肠道疼痛。
Genesis Molecular AI 与 Caltech 合作的 NeurIPS 2026 论文研究离散扩散分子生成模型在测试时如何分配算力,其在线适应框架仅用 86 次 oracle 评估即追平最强推理期搜索基线 Beam Search 约 5000 次评估的表现。
推荐理由:研究系统拆解在线适应式分子优化的四个设计选择,并给出何时值得用在线适应而非推理期搜索的判据。
HotSpot Therapeutics 宣布将在 2026 年 11 月 6-11 日于奥兰多举行的 ACR Convergence 2026 上以海报(编号 0146)展示小分子 IRF5 抑制剂 HST-2011 的临床前数据。
晶泰科技宣布其自主研发的肠道限制性高选择性 pan-TRK 抑制剂 KQTD-126 获得美国 FDA 新药临床试验(IND)许可,计划近期开展临床试验。该候选药物面向肠易激综合征(IBS)及炎症性肠病(IBD)相关慢性肠道疼痛,临床前研究显示其 pan-TRK 抑制活性 IC₅₀<1 nM,肠道组织与血液暴露量比值超过 1000:1。
推荐理由:晶泰自研 pan-TRK 抑制剂获 FDA 临床试验许可,披露了肠道限制性设计与临床前活性数据。
英矽智能在 Chemistry42 逆合成模块中推出 ChemCensor,用 0-5 分的基于先例的评分判断所提反应是否化学上可行,依据是相同反应中心、相同官能团兼容性以及有真实文献先例支持。该功能在首尔 ICML 2026 上介绍,公司称其并非模式匹配,而是将化学家逻辑系统化。
英矽智能在ESMO 2026官网公布了口服泛TEAD抑制剂ISM6331针对间皮瘤及其他晚期实体瘤的1期首次人体试验摘要,详细及更新数据将于10月25日简短口头报告环节公布。
Recursion在平台系列第7篇中介绍其自动化化学平台:候选分子在计算机设计后直接进入自动化DMTL实验室,可规模化执行多步药物化学合成,并自动完成后处理、纯化与数字化样品追踪。其自研AI智能体还协助科学家规划高效合成路线;公司称因设计、合成、测试在同一集成系统内完成,消除了团队间数据交接的摩擦与时间损耗。
英矽智能宣布与施维雅(Servier)的AI驱动肿瘤合作在启动10个月后达成早期药物发现里程碑,并触发施维雅的里程碑付款。英矽智能称该合作结合其生成式AI能力与施维雅的临床经验,用于加速新型小分子疗法的发现,具体金额与资产未披露。
芝加哥大学将2026年Pritzker AI科学研究卓越奖授予Kristin Persson,以及Regina Barzilay与James J. Collins组成的团队,各获奖者奖金5万美元。
英矽智能在2026年世界镇痛日披露,其生成式AI平台Pharma.AI发现的靶点Target Z对应的口服小分子抑制剂ISM9528已于2026年7月提名为临床前候选化合物,用于疼痛管理。
推荐理由:英矽智能披露靶向新机制的口服非阿片类疼痛候选药物临床前数据,可与现有标准治疗作对照参考。
🧪 #Chemistry42 全新 #FeatureFriday:类型化排除体积 排除体积并不新鲜,但类型化的排除体积是新的。现在你不仅能封锁某片空间区域,还能精确指定那里不允许出现什么:不许有芳香环、不许有氢键供体、不许有带正电的基团,随药物化学需求而定。 在这段短片中,我们用一个真实的 B-RAF 生长向量示例进行演示。 #PharmaAI #GenerativeChemistry
Terray Therapeutics 将基于英伟达 Nemotron 3.5 Super VL 及此前版本的化学合成路线提取能力嵌入其 EMMI 平台,使 AI 智能体可即时解析和推理化学文献。公司称这形成持续的数据飞轮,扩大可操作化学空间的获取并加速新药研发。
BioAge 宣布与 Deep Origin 的多靶点 AI 药物发现合作已产出针对其人类衰老数据中新靶点的候选化学物质,初始命中化合物已在实验室获得验证,项目进入 hit-to-lead 优化阶段。BioAge 表示希望将合作扩展至更多靶点,并附上 Deep Origin 关于该多靶点合作的新闻稿链接。
推荐理由:合作方披露从人类衰老数据靶点获得经实验验证的初始命中,并进入先导优化阶段。
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Eikon Therapeutics 已向 FDA 提交 EIK1006 的 IND 申请,拟用于治疗晚期转移性前列腺癌。EIK1006 是一种新型雄激素受体拮抗剂,结构上与现有 lutamide 类拮抗剂无关,可靶向野生型及多种临床相关 AR 变异体。公司称其单分子追踪平台支持了该候选药物的发现与优化,但尚未披露人体试验数据。
Recursion 的药物设计高级副总裁 Donovan Chin 介绍,其 AI 原生引擎可在约一天内跑完一轮计算设计循环,将数百万分子快速筛选为可合成的高质量候选短名单。流程先用 Nesso-1 等 3D 结构模型评估结合亲和力,再整合 ADME、效力、模拟与 AI 逆合成等数百个模型,使化学家能探索全新化学空间并预测合成路线。公司称这些分子不仅在计算上有前景,而且在送实验室前即可实际合成。
英矽智能提名口服、外周限制性VAV1分子胶降解剂ISM9546为临床前候选化合物,拟用于炎症性肠病和类风湿性关节炎等自身免疫性疾病。该分子由生成式化学平台Chemistry42经多轮设计-合成-测试-分析迭代优化得到,在多种细胞实验中显示亚纳摩尔级VAV1降解活性。
Recursion称其各项目在仅合成约300个化合物后即推进了高质量新候选分子,比行业平均少约90%。其AI原生引擎已产出逾10个开发候选分子,设计依托整合数百个机器学习与物理模型的Centaur平台,从靶点性质出发做生成式从头设计,并通过计算与实验的持续反馈循环迭代更新模型。
晶泰科技联合暨南大学在《Journal of Medicinal Chemistry》发表回顾性案例研究,以两款已上市RET抑制剂的专利数据为基础,仅合成3个化合物即得到RET激酶IC₅₀为0.48 nM的候选分子Cpd-31。
推荐理由:晶泰科技与暨南大学在JMC发表回顾性案例,展示从专利数据解析到小鼠药效验证的连续研发链路,可作为端到端小分子早期研发流程的参照。
晶泰科技在《JACS》发表研究,针对环氧化物与苯胺的不对称开环反应,设计五价锑催化剂并锁定CAC-10,在5 mol%用量、甲苯室温条件下以99%收率和92% ee得到手性β-氨基醇,底物覆盖33种环氧化物与苯胺组合。
推荐理由:借诺奖手性放大机理切入,介绍晶泰科技用DFT与非线性效应实验设计锑基手性催化剂的工作。
此前,85%与人类疾病相关的蛋白质被认为难以成药——它们的形状和功能使其不太适合实验室中的传统化学筛选。从实验筛选转向计算机上的AI生成设计,我们看到这些靶点大幅打开了以原子精度设计分子的潜力,从根本上扩展了我们能够治疗的疾病数量。
insitro 与礼来合作构建的小分子体外及体内性质预测机器学习模型,现已向部分生物技术公司开放于 Lilly TuneLab。模型基于礼来数十年研究产生的多物种临床前数据训练,覆盖数十万个独特分子,并会随数据集扩展而更新;insitro 称其可作为当前从体外实验外推的行业标准方法的替代方案。
推荐理由:礼来与 insitro 用数十年多物种临床前数据训练的小分子体内 PK 预测模型进入 TuneLab,为早期筛选提供参照。
insitro 与礼来在 Lilly TuneLab 平台上线体内 PK 预测模型,可跨小鼠、大鼠、狗和猴四种临床前物种预测血浆清除率、稳态分布容积和平均驻留时间。
推荐理由:该模型用礼来历史数据直接预测体内PK,并与体外外推法对比,为小分子成药性评估提供参照。
正如你的两只手互为镜像,人体内的许多分子也是如此。 但镜像并不相同,它们的差异具有生物学相关性。 这是我们的模型即使带有手性标签也可能悄然未能捕捉到的事实。 于是引入了 CIP 标签。 想了解体内化学物质如何被标记,以便 AI 工具能区分镜像,请看下方 Cristian 的视频。 完整视频:https://youtu.be/0tT-UqhHbpI
晶泰科技宣布其脱发治疗创新药管线进入IND-enabling研究阶段,将围绕药效、GLP毒理及CMC开展研究。公司称自研候选分子可激活毛囊干细胞“乳酸—自噬”信号轴,在DHT诱导雄激素性脱发小鼠模型中,仅需5%米诺地尔百分之一的浓度即可达到与5%米诺地尔相当的毛发生长评分。该管线依托XtalPi Science平台的AI分子生成、FEP计算与机器人实验进行优化,目前正与国内医疗机构推进后续验证。
推荐理由:晶泰自研生发小分子进入IND-enabling阶段,其低浓度起效的动物数据为观察AI驱动管线推进提供参照。
Collaborations Pharmaceuticals 以十余个简要案例研究披露其过去十年面向制药、化工和消费品客户的 AI 服务项目,涵盖预测 ADME/Tox、脱靶预测、选择性 ADORA3 激动剂生成设计、PROTAC 的 hERG 与溶解度优化及眼部生物利用度算法开发。公司称这些收费项目多数因保密未公开,此次仅作高层级描述,并强调其 AI 应用建立在数十年经验与验证之上。
Isomorphic Labs 的药物设计引擎 IsoDDE 可智能搜索庞大化学空间,设计面向真实世界的功能性分子,将过去数月的实验室工作缩短为计算数天完成。其药物设计智能体从生物靶点和目标分子性质等严格设计规范出发,在 2-4 天内自主迭代生成新分子设计,公司称带来真实世界功能性进展。
英矽智能提名靶向GIPR的全新小分子临床前候选化合物ISM1354,用于肥胖、2型糖尿病及相关代谢疾病。
推荐理由:英矽智能用Chemistry42提名新一代GIPR拮抗剂,并给出与临床阶段同靶点分子的安全性对比数据。