北京科学智能研究院等团队在Nature发表蛋白质组虚拟细胞模型ProteinTalks
北京科学智能研究院与西湖大学、北京大学、深势科技、哈尔滨医科大学等单位合作,在Nature发表基于NeuralODE框架的蛋白质组虚拟细胞模型ProteinTalks,用于预测药物响应与发现耐药线索。
推荐理由:研究用时间分辨扰动蛋白质组训练动力学虚拟细胞,并给出药效预测与实验验证的完整链路。
北京科学智能研究院与西湖大学、北京大学、深势科技、哈尔滨医科大学等单位合作,在Nature发表基于NeuralODE框架的蛋白质组虚拟细胞模型ProteinTalks,用于预测药物响应与发现耐药线索。
推荐理由:研究用时间分辨扰动蛋白质组训练动力学虚拟细胞,并给出药效预测与实验验证的完整链路。
衡量细胞内部发生的变化有很多种方法。 单独来看,每种测量都是不完整的。综合起来,我们才能开始预测细胞响应、了解机制,并将这些发现跨细胞类型泛化。 遗憾的是,整合不同数据模态并不像听起来那么简单。 想了解更多,请看 Ali Denton 的 Valence at the Whiteboard。 🎥 完整视频链接见下方
Valence Labs 的 Dominique Beaini 用可抢占 GPU 对 9,000 个靶点与 50 万配体运行 AlphaFold-Multimer 和 Boltz-2 共折叠及亲和力预测,累计 1 亿次,构建名为 affinity-prints 的数据集,并借助 Recursion 的表型组学图谱检验预测相互作用与细胞实验数据的对应关系。
推荐理由:作者用上亿次共折叠预测搭建亲和力指纹,并检验其与细胞表型数据的对应关系,为共折叠与虚拟细胞的衔接提供了一套可迁移的评测思路。
Biohub 与哥伦比亚大学等机构的研究者开发 AI 系统,用 ARACNe 与 VIPER/metaVIPER 从单细胞 RNA 测序数据中识别控制肿瘤细胞状态的 Master Regulators,发现同一瘤种的患者共享近乎相同的恶性细胞状态集合,相关结果发表于两篇 Nature Genetics 论文。
推荐理由:两篇 Nature Genetics 论文用单细胞数据刻画肿瘤细胞状态,并在 DMG 模型中验证组合用药的协同生存获益。
ImpriMed 将兽医肿瘤学中积累的活细胞药敏平台转向人类血液肿瘤,以合同研究服务形式向药企开放。公司称其培养与运输体系可让血液肿瘤细胞在四到七天内保持 80% 至 90% 存活,并在 14 个州 29 家诊所 31 位兽医参与的数据中报告高匹配组完全缓解率为 53%,历史对照为 27%。
推荐理由:文章复盘 ImpriMed 从兽医肿瘤学到人血液肿瘤 CRO 的路径,重点说明其活细胞药敏数据如何用于 IND 前人群选择。
Valence Labs 发文讨论虚拟细胞在药物发现流程中何处最能发挥作用。其研究员 Ihab Bendidi 在博客中指出,虚拟细胞虽能模拟人体生物学,但技术本身必要却不充分,革命性突破取决于把技术指向正确方向。
Valence Labs 发文认为,虚拟细胞最有价值的定位不是加速临床前流程,而是提升进入临床的候选质量,即做转化靶点验证。文章提出三个问题:靶点扰动是否在人类疾病生物学中产生预期效应、效应能否在患者生物变异中保持稳健、以及能否对疾病情境形成足够选择性;并建议在现有分子测量基准之外增加决策层评估,例如回溯识别后来因人类生物学不符预期而失败的假设。
推荐理由:Valence Labs 提出虚拟细胞应聚焦转化靶点验证,而非仅加速临床前流程,并给出可操作的评估维度。
这是我们迄今最具动能的夏天 @newlimit - 重编程AI通过谱系泛化实现3倍数据效率 - 我们的先导治疗资产制造规模扩大超100倍 - 新增4个先导化合物可恢复衰老肝细胞功能,内皮中新增5个载荷 更多内容见我们的博客
Verge Labs 发布精准神经病学基础模型 vBx-1.0,称可从常规抽血重建患者脑分子状态,准确率最高为此前最先进模型的 3 倍。
推荐理由:该模型以脑组织转录组数据从血液重建脑分子状态,并在帕金森病与ALS试验数据上给出响应与耐受预测。
NewLimit 完成由 Founders Fund 领投的 4.35 亿美元 C 轮融资,计划明年启动其首款衰老重编程药物的人体临床试验。该时间表提前源于一款原型药物在衰老人类肝细胞中逆转细胞年龄的发现,公司称该肝脏重编程疗法可加快肝损伤愈合、抵御饮食挑战损伤并加速酒精代谢后恢复。明年试验将首次揭示肝脏年龄重编程在人体中的转化效果。
FutureHouse在Nature发表其首篇论文,介绍多智能体系统Robin,该系统将新假设生成与实验数据分析整合进同一连续工作流。研究团队将Robin用于干性年龄相关性黄斑变性,由其提出药物重定位假设并在实验室验证,包括在原代人视网膜色素上皮(RPE)干细胞中验证。
推荐理由:该工作展示多智能体系统从假设生成到湿实验验证的完整链路,为AI驱动发现提供可参照案例。
Crown Bioscience 与 Turbine 宣布战略合作,将 Turbine 的 in silico Virtual Assays 与基于 HUB Organoid Technology 的肿瘤类器官试验整合为从预测到验证的闭环流程。
推荐理由:该合作把计算预测与类器官湿实验验证串成闭环,为肿瘤转化研究中预测与验证的衔接提供了一种组织方式。
Theodoris Lab 发布时序 AI 模型 MaxToki,用于生成动态轨迹中的过去、中间与未来细胞状态,并预测诱导目标状态转变的干预。模型基于近 1 万亿基因 token 训练,覆盖约 1.75 亿单细胞转录组和约 1 亿条跨人类一生的细胞状态轨迹,采用连续数值 tokenization 与两阶段训练(上下文长度从 4096 扩至 16384)。
推荐理由:该模型把细胞状态建模扩展到时间轴,并在人源细胞与小鼠中验证了预测的促衰老靶点。
NewLimit 将其表观遗传重编程计划中首个候选药物推进至大规模生产,生产进度达20%,并新发现一个可在衰老肝细胞中恢复多种年轻功能的 payload。
推荐理由:NewLimit 披露重编程 payload 进入规模化生产,并展示多任务模型与实验闭环将发现效率提升一倍以上。
虚拟细胞药理学倡议(VCPI)发布首个开源转录组数据集,在 THP-1 细胞中以 6 个剂量(0.03 至 10 µM)、24 小时处理约 2280 个小分子,采用阵列式 DRUG-seq 获得化合物特异的转录组谱。
推荐理由:VCPI 首次公开约 2280 个小分子的 THP-1 转录组数据,为虚拟细胞药物响应模型提供可复用训练集。
PrecisionLife与Ovation公布合作首阶段结果,称基于4,600名患者数据识别出2,500余个与GLP-1受体激动剂疗效相关的遗传特征,映射到1,100个基因和15个主要机制,并称疗效标志物在100%患者中被识别。
推荐理由:该合作披露了基于真实世界组学数据识别GLP-1疗效遗传标志物的首阶段结果与扩样计划,可作为药物响应分层商业化的参照。
Turbine 宣布完成 2500 万美元 B 轮融资,由 Interactive Venture Partners 领投,Beiersdorf 及 MSD Global Health Innovation、Accel、Mercia 等现有投资方参投。
推荐理由:Turbine 在 B 轮融资同时宣布与前十药企的免疫学合作,展示虚拟细胞平台从肿瘤向新治疗领域扩展的路径。
一篇关于Axiom Bio结合细胞成像与机器学习预测毒性的有趣文章
Cellarity公布2026年战略重点,其先导资产CLY-124为口服珠蛋白开关疗法,正在镰状细胞病开展全球1期概念验证研究,28天数据预计2026年第四季度读出。
Inductive Bio 宣布牵头一项 2100 万美元的 ARPA-H 项目,与 Amgen 及多家学术机构合作开发药物毒性 AI 模型,目标是提升药物安全性并减少对动物实验的依赖。项目将生成人体类器官、微生理系统(MPS)和离体组织数据,用于构建数字肝脏与心脏模型,以更好地预测 DILI 和心脏毒性。
推荐理由:该项目以人体类器官与器官芯片数据构建肝心毒性预测模型,为减少动物实验提供了一条可参照的数据路径。
PrecisionLife 与 Ovation.io 宣布合作开发 GLP-1 受体激动剂疗法的药物响应生物标志物,相关结果有望支撑一项面向支付方的检测,依据患者在特定适应证中对药物的耐受与响应潜力指导报销政策。该合作旨在支持 GLP-1 药物的价值导向报销模式。
Ginkgo 于 11 月 18 日宣布发起虚拟细胞药理学计划 VCPI,以社区协作方式构建面向 AI 药物发现的虚拟细胞数据。该计划采用高通量阵列式 DRUG-seq 筛选,依托 10 亿美元自动化设施和标准化细胞系,并将公开 10 万个高质量化合物的 RNA 谱数据,具体化合物由社区投票选择。
推荐理由:Ginkgo 以标准化细胞系和 DRUG-seq 构建虚拟细胞药理学数据,并公开征集化合物,为数据侧建设提供参照。
Cellarity在Science发表论文,提出整合高通量转录组与AI模型的细胞状态矫正药物发现框架,采用实验室在环的深度学习迭代,称表型活性化合物回收率较行业标准方法提升13至17倍。公司同步公开三个单细胞数据集,其中扰动转录组数据集含逾1700个样本、126万个单细胞,可用于跨细胞类型药物响应映射与扰动预测方法基准测试。平台首个候选CLY-124正针对镰状细胞病开展1期临床试验。
推荐理由:该框架把高通量转录组与主动学习闭环结合,并公开扰动数据集,为表型筛选的评测提供参照。
Ignota Labs 联合创始人兼 CDSO Layla Hosseini-Gerami 获 Innovate UK 女性创新奖,每位获奖者获 7.5 万英镑资助。
在世界关节炎日,我们正通过DeepLife的110个数据集和3千多项实验推进关节炎研究!🔬 我们的#OmicStore + #CellBlueprint帮助整合专有数据,加速临床前和1期研究,以带来更好的治疗方案。🌍 了解更多:https://www.deeplife.co
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