RFD4-Proteina 文档实操解读：从 Binder 生成到 Agent 自动设计蛋白质
作者以使用者视角梳理 Baker Lab 与 NVIDIA 的 RFD4-Proteina 官方文档，按 Quickstart、Cookbook、输入条件、Reward-Guided Search、Metrics 与 Agent Skills 的顺序给出上手路线。
推荐理由：文章按官方文档梳理 RFD4-Proteina 从输入约束、生成搜索到 Agent 编排的实操路径，便于团队复现工作流。
#抗体工程
LeapFun精选AI 评分5858 Alex ZhavoronkovAI 评分2020 刘刚谈RushData高通量数据
高通量实验数据是让AI抗体发现经得起尽职调查的关键。刘刚在#ARDD2026上谈RushData。照片：https://agingpharma.org/photos2026
Generate:BiomedicinesAI 评分2222 Generate:Biomedicines 高通量冷冻电镜平台
要让生物学可编程，我们需要看见我们所制造的分子，并从中学习。 今天，@annejecrois 将分享我们团队如何构建高通量冷冻电镜平台，以生成用于训练我们抗体设计 AI 模型的结构数据。 她的演讲《CryoEM：从技艺到设计引擎》将于美国东部时间上午 10:55 在马萨诸塞州剑桥市赛诺菲举办的“Celebrating Womenin Structural Biology & Drug Discovery”活动上开始。 查看议程 → https://www.nesba.net/
医药魔方AI 评分3838 专访鲜翾：同源康生物首席AI官的两场技术革命
鲜翾出任同源康生物首席AI官，推动这家聚焦双抗、三抗、TCE与下一代ADC的AI原生Biotech以数字分身先于人类科学家评审立项，目前每周评估约两个项目、内部目标年底做到一天一个。她此前在金赛药业主导五年数字化转型，搭建两千多个数字看板，认为数字化能让业务“看得见”，但解决不了判断、信任与人性问题。同源康生物下一轮融资计划建设自动化实验平台，以产生公开领域难以获取的数据、训练差异化垂域模型。
BioAICraft精选AI 评分7676 斯坦福团队在bioRxiv发布ProVADA：引导蛋白适应细胞质并降低HLA-I结合肽
斯坦福大学Xiaojing J. Gao、Wing Hung Wong等团队于10月18日在bioRxiv发布预印本，提出ProVADA框架，用固定的ProteinMPNN生成多位点改造序列、外部评分器评价完整序列，再由MADA种群退火引导搜索。
推荐理由：该预印本用外部评分器引导固定生成模型做多位点改造，并给出肾素与CAR抗体片段的湿实验对照结果。
SynBioBeta News精选AI 评分6868 Latent Labs 发布抗体设计智能体 Latent-Y，称计算流程提速 56 倍
Latent Labs 发布其称为首个经实验室验证的药物设计智能体 Latent-Y，用于自动完成抗体设计中的文献调研、靶点结构分析与结合位点指定等步骤，并配套面向抗体与多肽设计的模型 Latent-X2，通过网页界面供研究者逐步控制。
推荐理由：报道介绍 Latent Labs 的抗体设计智能体如何把文献调研与表位选择交给软件，并给出其自报的提速数据。
GEN (基因工程与生物技术新闻)AI 评分3838 罗氏与翰森制药启动最高逾150亿美元癌症ADC合作
罗氏与翰森制药启动第二项癌症ADC合作，潜在总额超150亿美元，将开发两个翰森临床前ADC项目及多个基于罗氏靶点的ADC项目，适应症与靶点未披露。此前罗氏获翰森HS-20110（抗CDH17抗体偶联TOPOi载荷）除中国内地、香港、澳门和台湾外的全球独家许可，首付款8000万美元、潜在里程碑最高14.5亿美元并另付销售提成。消息公布后翰森港股两日涨近10%，罗氏两类股票同期各涨约3%。
生物药大时代AI 评分3838 帆礼生物TL1A抗体TL-001临床Ⅰ期中期结果积极
帆礼生物公布TL-001（BYN-002）在健康志愿者中开展的随机、双盲、安慰剂对照Ⅰ期研究（TL-001-101，NCT06867796）积极中期结果，SAD/MAD分析达到所有主要目标。
Martin Pacesa精选AI 评分5858 BindCraft2 v1.0.4 发布，改进 VHH、scFv、ARP 与诱导契合靶向
BindCraft2 v1.0.4 已发布，作者称该版本显著改进了 VHH、scFv、ARP 和诱导契合靶向能力，同时提升了运行速度与代码稳定性。作者建议此前困难的结合剂设计任务可再次尝试，并致谢 Erik Mäeots、Leonardo Tredese 和 Elizaveta Chernova 的工作。
推荐理由：BindCraft2 新版本针对 VHH、scFv 与诱导契合靶向改进，为结合剂设计流程提供了可复用的更新参照。
AI-Protein DesignAI 评分4242 近期的蛋白质设计大赛（国内）汇总
清华大学北京生物结构前沿研究中心发起2026 NK2R AI蛋白设计挑战赛，要求设计100-150aa纳米抗体，界面iPTM>0.6并按△SASA排序，前300名进入湿实验验证，一、二、三等奖分别为5000、2000、1000美元。
BioSpace NewsAI 评分3333 多特异性药物设计新挑战：结合臂越多，分子选择越复杂
随着双特异性、三特异性等多特异性抗体格式增多，每增加一个结合臂都会扩大潜在组合数量，使候选分子选择从发现转向筛选。Twist Bioscience 与 Invenra 就后者 B-Body® 双特异性抗体平台达成共同独家供应许可协议，Adimab 则通常建议合作伙伴采用 IgG 样/全 Fab 多特异性而非 scFv 格式以利于生产。
DrugAIAI 评分6565 药企共建抗体联盟：1万个抗体的数据能解决哪些预测难题
抗体可开发性联盟（Antibody Developability Consortium）于2026年9月29日公布创始成员为 AbbVie、Argenx、Lundbeck 和 Takeda，该联盟由 Ginkgo Bioworks 旗下 Ginkgo Datapoints 与 AI 基础设施公司 Apheris 于2025年9月发起。
LeapFun精选AI 评分6565 如何确定抗体功能表位：mimotope-MD-Folddisco 工作流与验收经验
文章介绍上海交大团队与 Jordi Marti 等 2026 年发表的 Mimotope-Guided Molecular Dynamics 方法，用噬菌体选出的 mimotope 经微秒级分子动力学精修抗体结合姿势，再用 Folddisco 映射回抗原以定位功能表位。
推荐理由：文章把几何接触面与功能热点的区别讲成可执行流程，并给出四套晶体体系的命中率与对照结果。
DrugIntelAI 评分6060 OpenBind 联合负责人 Charlotte Deane：AI 药物发现缺的是数据而非模型
牛津大学结构生物信息学家、OpenBind 联合负责人 Charlotte Deane 在 Nature Reviews Drug Discovery 专访中表示，AI 药物发现的瓶颈在于数据而非模型，应重点收集能提升模型性能的数据。
智药邦AI 评分6262 抗体可开发性联盟公布创始成员，计划共建约1万个抗体的统一测量数据集
抗体可开发性联盟于2026年9月29日公布创始成员，AbbVie、Argenx、Lundbeck和Takeda四家药企加入。该联盟由Ginkgo Bioworks旗下Ginkgo Datapoints与AI基础设施公司Apheris于2025年9月发起，计划围绕约1万个抗体按统一方法测量可开发性性质，首批数据计划于2027年初交付。
动脉网精选AI 评分7171 一家 “AI大模型”2年冲到254亿估值！9个月签下6家巨头药企
动脉网分析指出，Chai Discovery成立两年、无自研管线，靠蛋白与抗体设计模型在9个月内与礼来、辉瑞、诺华、argenx、百时美施贵宝、GSK签下7笔合作，2026年7月完成4亿美元融资、估值约38亿美元。
推荐理由：以Chai与六家药企的合作为切口，梳理药企从买管线转向买模型使用权，以及失败数据成为AI制药新筹码的变化。
Oxford Protein Informatics Group · Blog精选AI 评分6565 OPIG 发布 Therapeutic Nanobody Profiler 纳米抗体可开发性评估工具
牛津 OPIG 的 Gemma Gordon 在博士项目中开发了 Therapeutic Nanobody Profiler（TNP），用 6 项针对纳米抗体特性的指标，将候选纳米抗体的结构与理化性质对照 36 个临床阶段样本进行基准评估。
推荐理由：作者介绍其博士项目开发的纳米抗体可开发性评估工具，说明指标构成、临床参照集与配套实验数据来源。
ClickMab 科迈生物AI 评分3838 Click.mAb. 能力系列：一条抗体序列能完成哪些分析
Click.mAb. 支持在单一对话中由 AI 自动调用工具，对一条抗体序列完成多维度分析。分析覆盖抗体编号、CDR 标注、风险位点识别、三维结构预测、抗原互作分析与可开发性评估，用户只需提供一条序列和一句指令。
Oxford Protein Informatics Group · Blog精选AI 评分7070 OPIG 发布纳米抗体免疫库数据库 OAS-nano，含 7300 万条序列
牛津 OPIG 团队发布天然适应性免疫受体数据库系列的最后一项 OAS-nano，收录 7300 万条 VHH 序列，并配有可检索网页应用。该库整合了迄今所有公开释放原始全长纳米抗体 NGS 数据的文献，在相同去冗余过滤下规模为此前最大资源的 5 倍。
推荐理由：该数据库把公开纳米抗体测序数据统一处理并标注扩增方案差异，为免疫库语言模型训练提供可追溯的数据基础。
生物药大时代精选AI 评分6666 Vir Biotechnology与吉利德达成18.75亿美元实体瘤双掩蔽TCE合作
10月14日，Vir Biotechnology宣布与吉利德达成合作和许可协议，共同发现和开发3款针对实体瘤相关抗原的双掩蔽T细胞衔接器（TCE）。Vir将用其dAIsY平台和PRO-XTEN掩蔽技术负责发现、设计和优化候选物，吉利德拥有独家许可并负责后续开发、制造和商业化。
推荐理由：协议把前期对价、临床前里程碑与后续开发里程碑分开列出，可看清TCE平台合作的付款结构。
Labiotech.euAI 评分3030 Preclinical Pulse：2026年10月值得关注的早期研究
Labiotech 的 Preclinical Pulse 月度专栏选出2026年10月六项基于实验数据的早期疗法与技术，覆盖AI药物设计、小分子和基因治疗递送方式。入选项目之一是 AstronauTx 获迈克尔·J·福克斯帕金森研究基金会资助，用其新化合物探索增强恢复性睡眠机制能否减少帕金森病相关病理蛋白积累。
途深智合AI 评分2525 途深智合加入先进智算联盟（FAIC），共建AI驱动生命科学创新生态
途深智合在10月14日深圳举行的湾区集成电路科学技术大会期间获授牌，正式成为先进智算联盟（FAIC）成员单位。FAIC由图灵量子与优刻得、沐曦、脑虎共同发起，围绕“芯片—算力—算法—应用”产业链协同。途深智合称将依托该生态探索先进计算与生物医药研发场景的融合。
ClickMab 科迈生物AI 评分3333 从筛选到按需设计｜科迈生物 CEO 王天元博士出席 2026 波士顿中国科大校友峰会
科迈生物 CEO 王天元在 2026 波士顿中国科大校友峰会上发表《从筛选抗体，到按需定制设计抗体》演讲，介绍 AI 指定表位抗体从头设计进展。公司 2023 年完成该方向概念验证，并以冷冻电镜结构解析和细胞功能实验验证；近期一项复杂双靶点合作中，设计的 100 条抗体有 1 条同时对两个靶点显示结合信号。
智药邦精选AI 评分5858 丹纳赫推出AI驱动自主实验室，计划2027年初规模化运营
丹纳赫于2026年10月7日宣布计划推出旗下首个AI驱动自主实验室，用于加速定制抗体及其他分子工具的发现，预计2027年初实现规模化运营。
推荐理由：丹纳赫披露自主实验室的整合方式与产能目标，可作为抗体发现自动化的产业参照。
AbsciAI 评分3434 Absci的ABS-201女性脱发临床试验队列开放
Absci的ABS-201项目在1/2a期临床试验中开设了专门的女性队列，用于治疗模式性脱发。ABS-201是AI设计的抗PRLR抗体，Absci称其有望成为近三十年来雄激素性脱发首个新作用机制。公司近期公布了HEADLINE试验的1期积极中期数据。
DrugAI精选AI 评分7373 Science Advances：高通量筛选结合AlphaFold 3结构优选发现多目标VHH纳米抗体
研究人员在Science Advances报告了一套整合多重荧光酵母展示、深度测序与AlphaFold 3复合物预测的VHH纳米抗体发现框架，以长链三指型α-神经毒素为对象。
推荐理由：研究把酵母展示筛选与AlphaFold 3结构优选串成一条VHH发现流程，并给出精确率与召回率的实测权衡。
智药局AI 评分5858 丹纳赫推出首个AI驱动自主实验室，目标将亲和试剂验证速度提升最多8倍
丹纳赫10月7日宣布将推出公司首个AI驱动自主实验室，设在旗下抗体与试剂公司Abcam，用于加速定制抗体及其他分子工具研发，预计2027年初规模化运营。实验室以设计—制造—测试—学习（DMTL）闭环运转，AI设计候选亲和试剂后由系统自动构建与测试，结果实时回流模型；丹纳赫称目标是把亲和试剂从构想到完成验证的速度提升最多8倍，年试剂产出从数十个提升至数百个。
木可AI探索笔记AI 评分4848 关于 Chai Discovery 的几个数字：chai-3 发布后 4 个月拿下 6 家 MNC
Chai Discovery 的 chai-3 于 2026 年 6 月发布，按此计算其拿下 6 家 MNC 实际用时 4 个月而非 9 个月。chai-2 报告强调 24 孔板，湿实验整体 hit 率为 16%，据此推测 chai-3 的 hit 率在 32%-40%。其最新一轮投后估值为 38 亿美元，与晶泰、英矽、剂泰的市值处于同一量级。
智药邦AI 评分6565 Ginkgo与Apheris牵头成立抗体可开发性联盟，AbbVie、argenx、Lundbeck、Takeda为创始成员
Ginkgo Bioworks旗下Ginkgo Datapoints与Apheris宣布启动抗体可开发性联盟，创始成员包括AbbVie、argenx、Lundbeck和Takeda，联盟仍开放更多企业加入。
BioAICraft精选AI 评分7171 KAIST 团队发布 SoupFold：融合 AlphaFold3 等四模型表征提升复合物结构预测
韩国科学技术院（KAIST）的 Hyosoon Jang、Taewon Kim 和 Sungsoo Ahn 在 arXiv 预印本 Co-folding with a Soup of Representations 中提出 SoupFold。
推荐理由：该预印本把多个结构模型的成对表征融合后重新生成结构，并给出抗体抗原与分子胶基准上的对照结果。
ClickMab 科迈生物AI 评分2525 Click.mAb. 多智能体 AI 抗体设计平台：AI 参与抗体设计会碰撞出怎样的新可能？
ClickMab 科迈生物打造 Click.mAb. 多智能体 AI 抗体设计平台，让多个 AI Agent 协同完成靶点研究、抗体结构分析到特定表位抗体从头设计。用户只需提出研究目标，平台即可规划任务、调用工具并执行分析，一键实现特定表位抗体从头设计。
英灵殿科技Valhalla精选AI 评分7373 英灵殿科技提出 OFAntibody：单抗与双抗联合生成的全原子抗体设计框架
英灵殿科技团队提出 OFAntibody，一个以抗原结构、指定表位和预定义抗体框架或双抗构型为输入、生成 CDR 全原子结构的统一框架，支持纳米抗体单抗及 tandem VHH、diabody、CODV-like 等双抗构型的联合设计。
推荐理由：该研究把双抗两个结合臂与连接区放在同一全原子框架中联合生成，并给出与独立拼接的碰撞对比。
途深智合精选AI 评分6363 途深智合ToursynClaw完成CLDN18.2第二轮DBTL迭代，Hit Rate从3.4%升至16.0%
途深智合公布ToursynClaw在CLDN18.2抗体项目中完成第二轮DBTL迭代，25个候选抗体中形成4个优选Hit，Hit Rate由第一轮的3.4%（1/29）提升至16.0%（4/25），相对提升约364%。
推荐理由：两轮DBTL迭代的命中率与亲和力数据，为评估实验数据回流能否改善抗体设计提供具体参照。
水木分子AI 评分3838 水木分子CEO王卓智：AI智能体ChatDD赋能大分子创新药，临床前候选分子研发周期缩短至10个月以内
水木分子CEO王卓智在2026网易未来大会上称，依托自研AI智能体ChatDD，抗体类大分子药物临床前候选分子研发周期由传统18至24个月缩短至10个月以内。ChatDD覆盖立项调研、靶点评估、分子设计、优化筛选及临床前设计等环节，公司已服务50多家海内外药企和机构，2026年订单数预计增长200%以上。
Adaptyv Bio精选AI 评分5858 Adaptyv Bio 与 Anthropic 蛋白设计竞赛第二期：设计 pH 6.0 选择性释放的 TNF-α 结合剂
Adaptyv Bio 宣布 Anthropic x Adaptyv 蛋白设计竞赛第二期，目标是设计优于现有药物的 TNF-α 结合剂，并能在细胞内体 pH 6.0 条件下选择性释放以改善药物半衰期。设计要求还包括同时结合人源和小鼠 TNF-α，以便在临床前模型中测试同一设计。
推荐理由：比赛把 TNF-α 结合剂设计放到 pH 6.0 选择性释放和跨人鼠结合的双重约束下，可观察设计如何兼顾亲和力与可开发性。
Justas Dauparas精选AI 评分7272 Xaira 发布 X-Design，针对真实治疗靶点从头设计抗体
Xaira 的 Justas Dauparas 介绍团队开发的 X-Design，称其能针对真实治疗靶点生成抗体，其中一个靶点此前难以用常规发现方法攻克。相关细节见 Xaira 官网新闻页，推文未披露具体靶点、实验数据或验证结果。
推荐理由：Xaira 员工披露 X-Design 针对真实治疗靶点生成抗体，其中一个靶点此前难以用常规方法发现。
A-Alpha Bio 官网资讯AI 评分7272 A-Alpha Bio 联合 GSK、Boltz、Cradle、Dyno 发起 Atlas 数据联盟
A-Alpha Bio 于 7 月公开启动 Atlas Data Consortium，创始成员包括 GSK、Boltz、Cradle 和 Dyno Therapeutics，成员每季度各设计一个含 100 万条蛋白-蛋白亲和力测量的 Data Block，由 A-Alpha 在 AlphaSeq 平台上统一生成后按非独占许可共享给全体成员。
Absci精选AI 评分5858 Absci 公布 AI 设计抗体 ABS-201 治疗子宫内膜异位症的 2 期 STORYLINE 试验设计细节
Absci 公布其计划中的 2 期 STORYLINE 临床试验的关键设计细节，该试验评估 AI 设计的抗体 ABS-201 治疗子宫内膜异位症相关疼痛。ABS-201 靶向催乳素受体，拟提供非性激素的新疗法路径；公司称全球约 1.9 亿女性受子宫内膜异位症影响，现有 FDA 批准的药物治疗均为影响雌激素的性激素疗法，手术切除病灶五年内复发率接近 50%。
推荐理由：Absci 披露 AI 设计抗体 ABS-201 的 2 期试验设计细节，为观察非性激素类子宫内膜异位症疗法提供参照。
Generate:Biomedicines精选AI 评分5858 Generate:Biomedicines 与 Roswell Park 开发 AI 设计 MUC16 CAR T 候选物 GB-5267
Generate:Biomedicines 与 Roswell Park 合作开发 GB-5267，这是一款针对卵巢癌、经 AI 设计识别肿瘤锚定 MUC16 的 CAR T 疗法。公司博客以“Engineering CAR T-Cells to Function Where Others Fail”为题说明其设计思路，并提出一期临床需要回答的问题。
推荐理由：Generate:Biomedicines 与 Roswell Park 公布 AI 设计的 MUC16 CAR T 候选物，并说明其设计思路与一期临床待解问题。
奶牛猫的CADD实验室精选AI 评分7676 无约束生成全军覆没的靶点，这套方法拿到 20%+ 实验命中率｜AI 制药日报 0930
Prescient Design 提出 MIMOSA，在推断阶段把靶点已知结合物的界面几何与残基性质作为约束喂给扩散过程，不重训练模型，可直接套用于 RFAntibody 和 BoltzGen。
推荐理由：汇总多条预印本与工具更新，其中抗体推断时约束方法附湿实验命中率，便于比较难靶点设计思路。