天鹜科技双城参会：MatwingsVenus™（晓鹜™）如何连接药物研发与塑料循环
天鹜科技将参加9月17-19日张江药谷大会与9月17-18日石油石化行业人工智能技术交流大会，分享MatwingsVenus™（晓鹜™）在AI大分子药物设计与蛋白质设计中的实践，并展示废弃PET低碳循环产业成果。该干湿闭环平台由轻量级AI生物设计平台和AI黑灯实验室组成，其基座模型VenusREM在哈佛医学院ProteinGym榜单长期位居榜首。
#开源/工具
天鹜科技AI 评分2020
临港实验室精选AI 评分5555 临港实验室元生·开物发布AI原生制药工作台升级版
临港实验室元生·开物发布新版本，上线协作空间与OriBench Structure Viewer，支持多人多Agent协作、蛋白结构叠合与靶点注释，并开放自定义套件能力。
推荐理由：临港实验室发布元生·开物工作台升级，展示多模型配置在BiomniBench-DA上的对照结果与协作功能。
临港实验室AI 评分4040 浦江创新论坛·未来医药创新论坛在沪举行，人工智能医药创新联合体正式启动
9月13日，第十九届浦江创新论坛专题分论坛未来医药创新论坛在张江科学会堂举行，创新药物国家实验室体系人工智能医药创新联合体正式启动。该联合体由临港实验室牵头，联合科研机构、医院与企业组建，旨在建立跨主体协同机制、支撑原创新药攻关。论坛同期发布面向全国开放申报的“元因·百靶”计划，并展示“虚拟疾病生物学家·元生”平台从OriGene、GeneClaw到OriBench的能力布局。
天鹜科技精选AI 评分7676 天鹜科技开源全原子结构预测模型VenusFold，FoldBench多类任务领先AlphaFold3与Boltz-2
天鹜科技发布并开源通用全原子生物分子结构预测模型VenusFold的代码与权重，可预测蛋白质、蛋白质-小分子和蛋白质-蛋白质复合物结构。
推荐理由：天鹜科技开源可商用的全原子结构预测模型，在统一基准下与 AlphaFold3 等模型对比接口精度，并给出训练策略改进细节。
OpenFold精选AI 评分5858 NVIDIA BioNeMo 推理运行时公测，OpenFold3 在 H100 上提速超 2 倍
NVIDIA BioNeMo Inference Runtime 进入公开测试，这是一个基于 PyTorch 的开源库，用于在 NVIDIA GPU 上加速生物分子推理。OpenFold 转发称，由 MoAlQuraishi 与 OpenFold Consortium 开发的 OpenFold3 借助专用优化在 H100 等 GPU 上运行速度提升超过 2 倍；该运行时支持 Boltz-2、OpenFold2、Protenix v2 等模型的优化，并可通过 Ray 扩展 GPU 副本。
推荐理由：OpenFold3 在 BioNeMo 推理运行时上的加速数据，为结构预测模型的部署效率提供了具体参照。
Proxima精选AI 评分5858 Proxima 将 NVIDIA BioNeMo 推理运行时接入 Neo，H100 上吞吐提升 1.6 至 1.9 倍
Proxima 已将 NVIDIA 今日发布的 BioNeMo Inference Runtime 用于其蒸馏与重折叠管线的生产环境，使 Neo 在 H100 上获得 1.6 至 1.9 倍吞吐提升，短输入场景最高 3 倍。公司称集成仅耗时数小时，一个使用 BioNeMo agent skill 的编码智能体一次性完成接入，尽管 Neo 架构与参考模型差异很大，此后已持续运行。
推荐理由：Proxima 披露 Neo 接入 NVIDIA BioNeMo 推理运行时后的吞吐提升与集成耗时，可作为评估推理栈落地成本的参照。
深势科技 DP Technology精选AI 评分6363 深势科技推出PharmMaster·Patent智能体，一键整理专利分子与活性数据
深势科技发布药物分子专利解析智能体PharmMaster·Patent，基于文档解析引擎Uni-Parser 1.4，可从专利PDF中提取分子结构并关联活性数据、实验条件与权利要求，每条结论保留来源页码可回溯原文。
推荐理由：该工具把专利中的分子结构、活性数据与权利要求关联成可核验记录，展示了跨页证据整理的具体做法。
力文所精选AI 评分5858 力文所发布 Lévin™ Harness 蛋白质设计 Agent 应用
力文所发布以 Agent 为核心的蛋白质设计智能应用 Lévin™ Harness，将数据、模型、插件工具、算力和工作流整合到同一工作区。该应用内置 Mol* 三维结构查看器，使分子结构进入 Agent 上下文，并以插件形式接入 AlphaFold、ProteinMPNN、Pallatom、RFantibody 等开源工具，自动完成下载、安装与调用。
推荐理由：该产品把结构查看、开源设计模型与工作流编排收进同一 Agent 工作区，可对照现有蛋白设计工具链的碎片化问题。
唯信计算AI 评分4343 唯信计算与沐曦股份深化AI制药合作，拓展WeMol开放异构算力生态
唯信计算与沐曦股份围绕AI制药与生命科学计算深化合作，基于WeMol平台、沐曦GPU及MXMACA软件栈完成联合运行环境建设。BoltzGen、Boltz-2、GROMACS分子动力学模块、OpenDDE及沐曦自研MetaxFEP自由能微扰引擎均已集成至WeMol并正式运行，覆盖生成式分子设计、结构与结合亲和力预测、分子动力学模拟及自由能计算等任务。
Mohammed AlQuraishiAI 评分3030 OpenBind-0 发布获评述
David Pearlman 对我们近期发布的 OpenBind-0 写了一篇非常出色且冷静客观的评述 https://substack.com/home/post/p-213732284
Mohammed AlQuraishi精选AI 评分6262 OpenBind 发布首篇预印本，公开首批数据与新增虚拟筛选基准
OpenBind 发布首篇预印本，对首批 OpenBind 数据发布做更正式的分析，并扩展了此前的博客内容。该预印本补充了更多方法细节和额外分析，公开了输出与代码，并新增一个虚拟筛选基准。
推荐理由：OpenBind 首篇预印本公开首批数据与代码，并新增虚拟筛选基准，便于对照其数据与方法细节。
Adaptyv Bio精选AI 评分5858 Adaptyv Bio 通过 API 为 OpenAI Rosalind Workbench 接入湿实验验证
Adaptyv Bio 宣布通过 Adaptyv API 将实验验证接入 OpenAI 的 Rosalind Workbench。Rosalind Workbench 用于跨模型和专用科学工具编排复杂生命科学研究工作流，接入后这些工作流可在 Adaptyv 湿实验室运行完整的设计—构建—测试—学习循环，并将真实实验数据直接反馈到下一轮设计。
推荐理由：Adaptyv 把湿实验验证接入 OpenAI 的科研工作流平台，展示了设计—构建—测试—学习循环的一种外部集成方式。
Brian Hie精选AI 评分5858 Brian Hie：Proto 现已可在 ChatGPT 中使用
Brian Hie 宣布 Proto 现可在 ChatGPT 中使用，并给出用 Germinal 做从头纳米抗体设计、用 Evo 2 做语义设计的两个对话示例链接。他同时指向 OpenAI 开发者博客的 Rosalind Workbench 研究预览，该工作台把科学问题连接到专用模型、工具与可审查输出，覆盖蛋白结构与序列分析到测序流程。
推荐理由：作者展示 Proto 接入 ChatGPT 后的纳米抗体从头设计与 Evo 2 语义设计入口，可观察科研工作流如何被整合。
Pranam Chatterjee精选AI 评分6363 ActFlow：用不确定性引导与验证器反馈扩展流模型与扩散模型的可生成空间
Pranam Chatterjee 转发介绍 ActFlow，这是一种持续预训练方案，通过不确定性引导探索和验证器反馈，让流模型与扩散模型扩展到新的有效区域，作者称之为可生成集合扩展，并将其定位为面向分布外生成建模的新学习原则。
推荐理由：该工作提出用不确定性引导探索与验证器反馈扩展生成模型可达的设计空间，为分布外生成提供可迁移思路。
Inductive Bio 官网资讯精选AI 评分5858 Inductive Bio 将 ADMET 模型接入 ChatGPT、Claude 与 Benchling
Inductive Bio 随 OpenAI Rosalind Workbench 发布，将其 ADMET 模型接入 OpenAI 生态（含 ChatGPT、Codex 与 Rosalind Workbench）；此前 6 月已作为 Claude Science 生态伙伴进入 Claude，本月早些时候通过 ModelHub 进入 Benchling。
推荐理由：Inductive Bio 的 ADMET 模型接入三家主流平台，展示了化学预测模型嵌入现有科研软件栈的分发路径。
Mohammed AlQuraishiAI 评分1515 OpenFold 团队招募 ML 与生物信息人才
OpenFold 团队在构建下一代生物分子模型之际，面向科学和工程方向扩招，并公开其开源承诺与招聘理念。团队称受资助条款约束，将开源全部训练代码基础设施与训练数据，发布结果可完全复现，且不会转型为初创公司或 API 模式。招聘重点为大规模训练模型的机器学习科学家/工程师，以及能整合复杂异构数据、搭建高效数据管线的生物信息学与计算生物学人才，薪资与算力对标工业界。
Mohammed AlQuraishi精选AI 评分7272 AlQuraishi 团队发布 OpenBind 系列首个模型 OpenBind-0，基于 OpenFold3 偏向小分子训练
Mohammed AlQuraishi 团队发布新系列 OpenBind 的首个模型 OpenBind-0，该模型基于 OpenFold3，并优先针对小分子进行训练。作者称 OB 系列模型将定期吸收 OpenBind 联盟与 PDB 的结构，持续更新并纳入 OpenFold 的最新功能。被引用的内容提到，OpenBind 计划收集数万条蛋白-配体结构与亲和力数据，此次同时发布 OpenBind-0 和 717 个新的配体结合结构。
推荐理由：OpenBind 系列首个模型基于 OpenFold3 并偏向小分子训练，可用于了解共折叠模型与结构数据收集的衔接方式。
AI4Protein精选AI 评分5858 临港实验室发布AI药物研发工作台元生·开物OriBench测试版
临港实验室发布AI药物研发工作台元生·开物OriBench测试版，整合基因组学、单细胞、蛋白质组学、结构生物学、化学信息学与药理毒理学等技能，支持固定流程、智能编排和自定义编排三种长任务执行模式。
推荐理由：临港实验室把靶点发现、组学分析与分子设计整合进同一工作台，并公开了与Claude Code的基准对比。
Rowan ScientificAI 评分3838 Rowan平台新增三种logP计算方法
昨天，我们在平台中新增了三种计算/预测logP的方法： - RDKit的Crippen logP - 基于SangsterLogP数据集（含2.3万条实验logP数据）训练的ChemProp模型 - 一种基于物理的方法，对不同构象运行COSMO-RS以预测logP。
Mol.AIAI 评分3838 辅助决策新尝试：如何构建一个具备“因果逻辑”的药物重定位初筛工作流？
一套基于Python（LangChain）的药物重定位初筛工作流新增因果一致性初步判定、FDA实时状态校验与临床阶段穷尽扫描，并锁定真实PMID和NCT编号供AI摘要阅读以防幻觉。三款药物实测中，替尔泊肽在2型糖尿病被识别为Phase 4，伊马替尼在BCR-ABL阳性白血病关联分0.8+，雷帕霉素在特应性湿疹关联分0.601。作者说明结果依赖公开API且AI因果判定不等于药效学实验或临床结论。
Rowan ScientificAI 评分3838 Rowan NMR 工作流新增 J 耦合计算
Rowan 的 NMR 工作流现已可计算并可视化 J 耦合：
Andrés M. BranAI 评分3434 开源IUPAC命名工具两周内涌现
当一个想法变成可用工具、多个团队几乎同时着手攻克它时，真是太酷了。开放 smiles 到 IUPAC 的翻译曾缺失了一段时间，而在两周内 @adrian_mirza_ 和 @NicholasRuncie 各自独立发布了相关工具。 这里的推动者是编码智能体！
Andrés M. BranAI 评分5555 b12 Labs 向学术与非营利研究者开放逆合成工具 Selenium
b12 Labs 宣布向学术和非营利研究者免费开放其逆合成工具 Selenium，用户可通过 app.b12-labs.com 注册使用。该工具主打策略优先的合成路线规划，官方邀请研究者提交高难度目标分子或 AI 设计结构进行尝试。Andrés M. Bran 转发了这一开放消息并附上注册入口与博客链接。
望石智慧AI 评分2828 BIO 2026特别对话：医药魔方 × 望石智慧共话AI制药机遇与全球化风向
望石智慧在BIO 2026国际大会期间与医药魔方围绕「中国创新走向世界」展开对话，并展出小分子药物研发技术平台及智能体产品。公司介绍AI 3D分子生成平台MolVado融合大语言模型与几何深度学习、依托电子云密度数据实现3D分子生成，全栈式早研智能体MolVortex可自主拆解任务、调度工具并联动湿实验室形成干湿闭环。
Rowan ScientificAI 评分4242 Rowan推出重写反应建模工具包
我们今天在Rowan上线了重写的反应建模工具包，恰逢我们在巴塞罗那计算化学GRC上就此做报告。（如果你在现场，去找Jonathon聊聊！） 我们为速度重写了一切，并添加了一堆实用功能（🧵）：
Latent Labs精选AI 评分7474 Latent Labs 向全球研究者开放药物设计智能体 Latent-Y
Latent Labs 宣布药物设计智能体 Latent-Y 向全球研究者开放，获批研究者每天可免费获得 250 个设计。公司同时公布早期访问研究者的首批实验室结果，包括阻断离子通道的分子、在体内杀伤肿瘤细胞的 CAR-T 细胞，以及疟原虫难以通过突变逃逸的结合剂。
推荐理由：Latent Labs 开放其药物设计智能体 Latent-Y，并给出早期用户离子通道抑制剂与 CAR-T 的实验室结果。
AurekaBio 寻明生科精选AI 评分7272 寻明生科开源全原子生物分子基座模型 OpenDDE
寻明生科于2026年7月7日发布并开源全原子生物分子基座模型 OpenDDE，将生物分子共折叠、结构推理与规模化法则纳入同一框架。
推荐理由：寻明生科开源全原子共折叠基座模型，抗体-抗原基准成绩与规模化趋势为评估开放结构模型提供参照。
A-Alpha Bio 官网资讯精选AI 评分6868 A-Alpha Bio 推出 Atlas 平台，以实验结合数据缓解 AI 蛋白设计的数据瓶颈
A-Alpha Bio 推出名为 Atlas 的网页平台，提供可授权的机器学习就绪蛋白相互作用数据，并支持按需生成新的结合数据。平台由高通量平台 AlphaSeq 产生数据，采用统一实验条件与标准化对照，使不同实验的数据集可合并用于模型训练与基准评测。
推荐理由：该平台把标准化实验产生的结合数据组织成可授权数据集，为抗体设计模型的训练与基准评测提供数据来源。
Genesis Molecular AIAI 评分4040 Genesis 公开智能体药物设计系统 Sapphire
Genesis Molecular AI 首次披露其智能体药物设计系统 Sapphire，该系统构建于其分子基础模型之上，可全天候自主迭代候选药物，对2D化学结构与3D分子构象进行推理并形成、检验假设。
Inductive Bio 官网资讯精选AI 评分5858 Inductive Bio 加入 Anthropic 生命科学生态，通过 Claude 提供 ADMET 预测
Inductive Bio 宣布加入 Anthropic 生命科学生态，并发布 Model Context Protocol（MCP）连接器，让 Claude 和 Claude Science 用户可用自然语言对任意化学结构获取 ADMET 性质预测。
推荐理由：Inductive Bio 把其 ADMET 预测模型接入 Claude，为小分子设计中的性质评估提供了一种对话式调用入口。
Terray TherapeuticsAI 评分5050 Terray分享TerraSynth生成式合成规划器
Terray Therapeutics分享了其生成式合成规划器TerraSynth的工作，针对小分子药物发现中的合成瓶颈。该工具将合成规划纳入设计循环，而非事后处理，以减少生成模型提出难合成分子对DMTA循环的拖慢。TerraSynth已整合进其EMMI平台，帮助聚焦值得合成的分子以推进项目。
MedraAI 评分5858 NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，Medra 称将接入其物理 AI 实验室
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，这是一个开放的、面向智能体的工具包，为任意 AI 智能体提供蛋白质结构预测、分子对接、生成式化学和基因组分析等可调用工具。Medra 转发该消息并表示正与 NVIDIA 合作构建由智能体决定下一步运行什么、再由物理 AI 实验室执行的闭环，称期待将其投入使用。
Open Targets · Blog精选AI 评分5858 Open Targets Platform 26.06 发布：新增单细胞与蛋白组表达数据并更新靶点优先级评分
Open Targets Platform 26.06 已上线，基线表达数据新增 Tabula Sapiens 单细胞 RNA 测序与 PRIDE 质谱蛋白组数据，可在组织层级之外浏览细胞类型层级表达。
推荐理由：该版本把单细胞与蛋白组表达数据纳入靶点优先级评分，并公开了临床挖掘与L2G管线的具体改动。
Medra 官网资讯精选AI 评分5858 Medra 发布 AI Experimentalist 并宣布获 DARPA 资助项目
Medra 发布 Physical AI Scientist 平台的科学推理层 AI Experimentalist，可将自然语言科研目标与人工撰写的实验方案转化为可执行、可测量并迭代改进的实验。
推荐理由：该平台把自然语言科研目标转成可执行实验并闭环优化，展示了自动化实验室与推理层结合的具体形态。
ProximaAI 评分4242 Proxima用NVIDIA BioNeMo智能体工具包连接邻近药物发现
Proxima借助NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit，将其AI智能体用于整合基础模型训练、化学、生物学与蛋白质组学，以更快把新生物学转化为治疗假设并推进项目。该工具包由NVIDIA Health在BIO 2026发布，Proxima称其为合作方之一。
Baker Lab · IPD (蛋白质设计研究所)精选AI 评分5858 Baker Lab 蛋白质设计研究所与 NVIDIA 合作加速 RF3 推理，256 残基蛋白预测从 5.8 秒降至 2.5 秒
蛋白质设计研究所（IPD）与 NVIDIA 合作，将 NVIDIA cuEquivariance 和 TensorRT 集成到 RF3 流程中，在 256 残基蛋白上把端到端结构预测时间从 5.8 秒缩短到 2.5 秒。
推荐理由：IPD 与 NVIDIA 把 RF3 推理时间缩短一半以上，展示了设计模型与底层算力栈协同优化的路径。
NVIDIA Healthcare & BioNeMo精选AI 评分7272 NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，为 AI 智能体提供生命科学工具
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，将十余年积累的生命科学库、工具与开放模型封装为智能体可调用的技能，覆盖蛋白结构预测、分子对接、生成式化学、基因组分析、蛋白设计与生物标志物发现。
推荐理由：英伟达把十余年生命科学库与模型封装成智能体可调用工具，并列出多家药企与平台的接入情况。
Roshan Rao精选AI 评分6060 Roshan Rao 发布用公开 API 复现 ESMFold2 规模扩展结果的仓库
Roshan Rao 表示所有必要参数已更新，并发布仓库 esmfold2-inference-scaling，用于通过公开 API 复现 ESMFold2 的规模扩展结果。其引用的说明指出，规模扩展高度依赖对 pair representation 的扰动，论文结果设置了每轮随机 LM dropout mask、开头随机 LM 输入 mask、每轮重新随机 MSA 子采样和每轮变化的 MSA 列掩码，这些关键参数此前未在公开 API 中暴露，具体设置见补充材料。
推荐理由：作者公开可复现 ESMFold2 规模扩展结果的推理仓库，并说明此前 API 缺失的关键参数已更新。
MindWalk / ImmunoPrecise AntibodiesAI 评分3838 MindWalk 推出 ReefIQ 生物语境层
MindWalk 发布 ReefIQ，一个由 HYFT 驱动的生物语境层，位于客户发现数据与 AI 推理工作流之间，用于 AI 药物发现和生物制品开发。该层在 AI 工作流处理前重新连接分散在文件、格式、系统、团队和工作流中的数据，将序列、结构、检测输出、组学、文献、证据、溯源和项目历史转化为可治理、可查询的关联生物语境。
Roshan RaoAI 评分5858 Roshan Rao 说明 ESMFold2-Fast 公开 API 缺少影响扩展的关键参数
Roshan Rao 表示，ESMFold2-Fast 的公开 API 未暴露若干对扩展至关重要的参数，扩展高度依赖对 pair representation 的扰动。