arXiv论文提出ResiDPO并微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN
悉尼科技大学、华盛顿大学、伊利诺伊大学厄巴纳—香槟分校和浙江大学研究者在arXiv发布论文，提出残基级可设计性偏好优化方法ResiDPO，用它微调LigandMPNN得到EnhancedMPNN。
推荐理由：论文把AlphaFold2逐残基置信度反馈用于微调LigandMPNN，为序列设计筛选通过率提供了可比较的提升数据。
#蛋白质设计
BioAICraft精选AI 评分7373 Endpoints NewsAI 评分3838 北京BioGeometry获超1亿美元A轮融资，用于AI药物研发
总部位于北京的BioGeometry完成超1亿美元A轮融资，资金用于其AI驱动的蛋白质设计。该公司成立4年，具体投资方与融资细节未在可见内容中披露。
BioAICraft精选AI 评分7878 EPFL 团队在 bioRxiv 发布 SPARC：AI 从头设计光控蛋白开关
EPFL Bruno Correia 团队等人在 bioRxiv 发布论文，报道计算设计的光控蛋白开关系统 SPARC，将视黄醛结合、光诱导构象变化与短肽识别整合到同一蛋白中。
推荐理由：该预印本展示如何把视黄醛异构化的几何变化转化为可设计的蛋白构象开关，并给出多状态序列设计流程。
iNature精选AI 评分7474 AI蛋白设计进入深水区，诺奖得主David Baker在膜蛋白领域的研究进展
David Baker 团队 2026 年已发表 5 篇膜蛋白相关 AI 研究成果，涵盖从头设计、膜蛋白制备与结构机制研究。
推荐理由：梳理 Baker 团队今年 5 项膜蛋白 AI 设计工作，重点呈现 GPCR 迷你蛋白设计与 WRAP 增溶两条技术路线。
BioTender精选AI 评分7272 刚刚！Anthropic 公布首批 AI 药物研发成果！
Anthropic 于 2026 年 10 月 27 日集中公布六家机构使用 Claude 推进药物研发的早期案例，并宣布收购罕见病公司 Mithril Medicine。
推荐理由：梳理六家机构用 Claude 做药物研发的早期案例，逐项标出体外数据、对照缺失与验证边界。
BioAIDesign精选AI 评分7474 Anthropic 亲自下场 AI 制药：Claude 参与 7 个药物项目，还买下一家单人药企
Anthropic 公布 Claude 参与的六个药物研发合作与一个自有项目，并宣布收购由一人运营的 Mithril Medicine。
推荐理由：按证据强度分层梳理 Anthropic 七项药物研发动作，并指出分子设计项目缺少对照基线这一关键缺口。
药化猩球AI 评分5555 抗体设计5套工具的实际能力比较
文章比较了 RFD4-Proteina、BoltzGen、PPIFlow、OpenDDE-Harness 与备选的 PartiDesign 五套抗体设计工具，指出它们并非简单性能排名，而是生成机制与后处理路径各不相同。
下一分子AI 评分3232 AI制药日报｜2026-10-28
David Baker团队与苏黎世联邦理工学院等合作在Nature发表从头设计半胱氨酸蛋白酶研究，用RFD2-MI、ProteinMPNN和AlphaFold 3从Ulp1最小催化基序出发设计，69个实验设计中有13个出现肽键切割活性。
药化猩球AI 评分2525 分子之心许锦波：从RaptorX到AlphaFold，二十年蛋白质预测探索与MoleculeOS、MMDesign创业路
分子之心创始人许锦波开发的RaptorX-Contact在2016年CASP12蛋白质结构预测比赛中夺得第一，首次将深度残差卷积神经网络用于预测氨基酸残基间相互作用。他于2022年创立分子之心，推出AI大分子优化与设计平台MoleculeOS，并于2026年6月发布AI生物药从头设计平台MMDesign。公司称已完成逾亿美元A轮系列融资。
下一分子精选AI 评分6060 百奥几何完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元
百奥几何宣布完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元，本轮由国寿资本领投，老股东上海生物医药基金、达晨财智继续加码，国开科创、瑞力投资、国方创投及产业方跟投，指数资本担任独家财务顾问。
推荐理由：融资事件之外，材料还梳理了GeoFlow三代迭代与RSI干湿闭环的布局，并标注公司披露数据未经独立验证。
智药邦AI 评分4040 珞米发布 ⌈Nanomics AI4S科学智能闭环平台⌋，以RSI递归自进化驱动TechBio3.0
珞米智能在杭州发布「Nanomics AI4S科学智能闭环平台」，由LLM Agent、6-DOF机械臂自主实验室与自研AIVC-2.0虚拟细胞模型组成，形成Design→Robot→Validate→Redesign干湿闭环。
动脉网AI 评分5858 百奥几何完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元
AI Native生物制药公司百奥几何宣布完成A+轮融资，由国寿资本领投，上海生物医药基金等老股东加码，A轮系列融资累计超1亿美元。资金将用于GeoFlow（分子水平）与GeoCell（细胞水平）两大微观世界模型迭代、高通量自动化实验室扩建及自研管线商业化。公司称GeoFlow V3在20余个靶点上苗头分子平均命中率接近20%，多条双抗管线计划2027年进入IND阶段。
天鹜科技AI 评分3838 “长江杯”AI蛋白质设计挑战赛参赛指南：晓鹜®平台提供VHH与Minibinder全套设计工具并赠送10万积分
天鹜科技为“长江杯”全球AI蛋白质设计挑战赛参赛者提供MatwingsVenus®（晓鹜®）平台10万积分及晓鹜®Token平台100元Token券，覆盖VHH纳米抗体与Minibinder设计任务。
药化猩球精选AI 评分5858 RFD4-Proteina 深度拆解：多语境蛋白设计与 HER2 纳米抗体生成
作者拆解 RFD4-Proteina，指出该模型用一套 32 维隐变量把蛋白、核酸、磷酸化等六种语境纳入设计，使偶联位点和糖基化从设计第一步就被考虑。以 HER2 纳米抗体为例，模型可直接以靶点结构为背景、指定热点生成结合骨架，并预留非天然氨基酸位点供后续偶联。作者提到官方湿实验数据显示亲和力达皮摩尔级，但强调这些数字来自开发方、尚无独立复现，且测试基于蛋白-蛋白基准，用于纳米抗体仍需重新测试。
推荐理由：作者拆解 RFD4-Proteina 的多语境隐变量设计思路，并指出其湿实验数据尚未独立复现。
Generate:Biomedicines精选AI 评分6565 Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 受体信号域，缩短约 70% 并提升体外杀瘤
Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作，六名科学家用 Claude 结合自有模型、计算工具和湿实验数据，重构用于实体瘤的 CAR-T 受体。重新设计的信号组件比标准设计缩短约 70%，为新增功能留出空间，并在实验室测试中提升了对癌细胞的杀伤。相关结果以预印本形式发布，公司称该流程把数年工作压缩到数月、成本仅为原方案的一小部分。
推荐理由：Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 胞内信号域，展示大模型参与蛋白设计的可迁移流程。
Molence精选AI 评分7474 Molence 发布开源生物分子智能模型 Mol-1
Molence 发布开源生物分子智能模型 Mol-1，在 FoldBench-AB 上取得 75.0%，接近其引用的 IsoDDE 报告的 75.58%。该模型可在单张 H20 上完成 6 万 token 的组装，公司称其在 10 项对比中 8 项优于 Anthropic；VHH 结合命中率最高 63%，最佳 SPR KD 为 43 pM。代码已在 GitHub 开放，并提供在线试用入口。
推荐理由：Molence 发布开源生物分子模型 Mol-1，并给出结构基准、长序列组装与 VHH 结合筛选的对比数据。
途深智合AI 评分1212 途深智合上海交通大学2027届秋季校园招聘会启动
途深智合将在上海交通大学举办2027届秋季校园招聘会。该公司专注AI创新药研发，自研ToursynClaw大分子药物设计科学超智能体平台，融合蛋白大模型、科学智能体与全自动机器人实验产线，称可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证，半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
BioTender精选AI 评分6060 AISI与SecureBio用编程智能体复现ProteinMPNN、RFdiffusion3与CMD
英国AI安全研究所AISI与SecureBio合作的ReproBAIT预印本让Claude Opus 5、GPT-5.6 Sol、Kimi K3和Qwen3.8-2.4T四个编程智能体在提供训练数据与A10G GPU的条件下限时复现三个生物AI工具。
推荐理由：研究用编程智能体限时复现三个生物AI工具，给出闭源与开源工具可迁移性的具体边界。
智药局精选AI 评分5858 镁伽联合腾讯云、Twist发起Poreva Open蛋白质设计赛，计划湿实验验证超1万条序列
镁伽科技牵头，腾讯云、Twist、思朗科技、诺唯赞等参与，发起全球AI蛋白质设计竞赛Poreva Open，不限国家、模型与技术路线，计划对超过10000条设计序列做湿实验验证。评价体系除靶点结合外新增热稳定性和低非特异性指标，首批3项挑战靶点已公布，赛后拟择优引入类器官等模型进一步验证。奖金包括最高100万元现金、百万元级免费湿实验验证额度和千万元级投资激励。
推荐理由：镁伽联合腾讯云、Twist等发起不限模型的蛋白质设计赛，以万条湿实验验证切入AI4S数据入口。
LeapFun精选AI 评分7878 Pythia Labs发布Pythia-1，单轮设计22个难靶点的激动与拮抗全长抗体
2026年10月，Pythia Labs发布论文《Design of full-length agonist and antagonist antibodies for hard targets》。
推荐理由：报道介绍Pythia-1在22个难靶点上单轮设计全长IgG，并给出GPCR激动与拮抗的功能验证结果。
New Market Pitch精选AI 评分5858 哪些 AI 蛋白设计初创公司已有药物进入临床试验
NewMarketPitch 梳理认为，Generate:Biomedicines、Absci、BigHat Biosciences 和 iBio 是已有可识别 AI 设计药物进入人体试验的 AI 蛋白设计公司，四家合计至少 8 个候选药物进入过人体评估，但仅 Generate 的哮喘抗体 GB-0895 进入 3 期。
推荐理由：梳理四家 AI 蛋白设计公司已进入人体试验的候选药物，并区分临床阶段与疗效证据的强弱。
New Market PitchAI 评分3636 AI蛋白质设计融资追踪：2024年1月至2026年9月84笔交易、67家公司、27.5亿美元
AI蛋白质设计融资追踪显示，2024年1月至2026年9月67家公司完成84笔融资，披露总额至少27.5亿美元，但中位数仅1500万美元，远低于3673万美元的平均值。
下一分子精选AI 评分7373 IPD与NVIDIA开源RFD4-Proteina：从计算通过率到湿实验的采用判断
IPD与NVIDIA于10月公开RFD4-Proteina的代码与模型权重，模型把序列与结构放进同一生成过程，并提供候选搜索与评估入口，核心许可为BSD 3-Clause。
推荐理由：结合开源入口、计算基准口径与两组湿实验，给出团队自评该蛋白设计模型是否值得采用的判断框架。
下一分子AI 评分4242 Adaptyv与Anthropic蛋白设计竞赛第五题：设计突变KRAS选择性结合剂
Adaptyv Bio与Anthropic合办的蛋白设计竞赛第五题开题，要求设计只结合突变KRAS片段、不结合野生型KRAS的结合剂，以助免疫系统识别癌细胞。官方公告仅称"突变KRAS片段"，X用户提及KRAS G12D但未获官方确认，规则、评价指标与序列细节均未披露。提交截止日期为11月8日，之后主办方筛选并测试，结果公布时间未说明。
下一分子精选AI 评分7474 分子之心MMDesign技术报告：19个设计项目18个获实验确认结合分子
分子之心在Zenodo发布扩展版MMDesign技术报告，覆盖18个靶点、19个设计项目，涉及VHH与大环肽两类模态，报告称18个项目获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%。
推荐理由：报告汇总19个设计项目的湿实验命中情况，并区分项目成功率与候选命中率，为评估生成-过滤-验证流程提供具体参照。
下一分子精选AI 评分7171 Google团队预印本提出表位裁剪方法降低蛋白结合剂计算成本
Google Research、Google DeepMind 等机构在一篇预印本中提出将靶点裁成表位附近的局部窗口，再结合智能体迭代搜索用于从头设计蛋白结合剂。
推荐理由：预印本把靶点裁成表位局部窗口以降低结合剂设计算力，并给出截短重折叠与完整靶点的一致性对照。
分子之心MoleculeMind精选AI 评分7474 分子之心MMDesign技术报告：19个项目成功率94.7%，六个GPCR靶点全部命中
分子之心发布MMDesign最新技术报告，在覆盖18个靶点、纳米抗体与大环肽两类模态的19个项目中，18个获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%，单项目仅测试9—50个候选。
推荐理由：技术报告以19个项目的湿实验数据展示少量候选下的跨靶点设计成功率，并给出GPCR与跨轮次优化的具体结果。
智药邦AI 评分7878 英伟达与David Baker团队联合发布蛋白质设计模型RFD4-Proteina
NVIDIA与华盛顿大学医学院蛋白质设计研究所联合发布开源模型RFD4-Proteina，归属NVIDIA BioNeMo，兼具可编程蛋白质设计与搜索能力，可基于分子输入、约束条件和评分目标检索并优化设计方案。
AI-Protein DesignAI 评分7878 《Nature》发表AI从头设计对映选择性人工金属光酶
《Nature》刊出研究De novo design of enantioselective artificial metalloenzyme photocatalysts，团队用RFdiffusion All-Atom生成结合Ru(bpy)₃²⁺类辅因子的蛋白骨架、LigandMPNN设计序列并以AlphaFold2校验，96个设计序列中63个可溶性表达。
BioTender精选AI 评分6262 Anthropic 与 Adaptyv 蛋白设计挑战赛第五题要求识别 KRAS G12D 突变肽
10 月 26 日，Anthropic 与瑞士蛋白工程公司 Adaptyv 联合举办的蛋白设计挑战赛放出第五题，要求设计只结合 KRAS G12D 突变肽（VVVGADGVGK）、不结合野生型肽（VVVGAGGVGK）的蛋白，两者仅第 6 位一个氨基酸不同，靶点为 HLA-A*11:01 呈递的 pMHC。
推荐理由：赛事把特异性拆成突变识别、肽依赖与亲和力三关，为从零设计结合剂的评测提供了具体参照。
木可AI探索笔记AI 评分3838 不是通用大模型吃掉蛋白模型，是蛋白基础模型吃掉蛋白任务模型
蛋白领域真正在发生的是蛋白基础模型吸收单任务模型，而非通用大模型吞并蛋白模型。Anthropic将Basecamp Research的280亿参数EDEN接入Claude Science，Xaira的X-Scientist以通用大模型作调度、X-Cell与X-Design等蛋白模型作执行引擎。
天鹜科技AI 评分3535 天鹜科技“高质量数据驱动的蛋白质设计物理AI智能体”获2026年“数据要素×”大赛全国总决赛科技创新赛道一等奖
天鹜科技凭“高质量数据驱动的蛋白质设计物理AI智能体”项目获2026年“数据要素×”大赛全国总决赛科技创新赛道一等奖。其数据集涵盖数百亿条蛋白质序列、约67亿条功能及环境标签，VenusREM在哈佛医学院ProteinGym榜单长期位居榜首。
Martin Pacesa精选AI 评分5858 Martin Pacesa 评从头设计结合剂在结构生物学中的应用
Martin Pacesa 转发并评论 Xiaochun Li 团队发表于 NSMB 的论文，认为其从头设计结合剂的用法很有创意。被引内容称该研究解析了 Norrin 信号复合物的结构，并据此设计合成 Norrin 模拟物，朝恢复血视网膜屏障（BRB）的策略迈出一步。
推荐理由：作者借他人 Norrin 信号复合物论文，点评从头设计结合剂用于结构生物学研究的思路。
清华大学智能产业研究院精选AI 评分7474 清华AIR联合上海AI Lab发布PFArena，用202项真实实验评测大模型蛋白质改造能力
清华大学智能产业研究院联合上海人工智能实验室和清华大学药学院推出PFArena，基于202项真实蛋白质实验、293个任务实例和607,269条候选记录，评测蛋白质语言模型、通用大模型与科学智能体在突变生成和排序上的表现。
推荐理由：该基准把真实蛋白质适应度实验转成生成与排序任务，比较PLM、通用LLM与智能体在有限实验预算下的决策差异。
BioArt精选AI 评分8282 2篇Nature | David Baker团队从头设计半胱氨酸蛋白酶和金属蛋白酶
华盛顿大学David Baker团队在Nature发表两篇论文，分别从头设计半胱氨酸蛋白酶和锌离子辅助的金属蛋白酶，并在哺乳动物细胞中检测到切割活性。
推荐理由：两篇 Nature 论文报告从头设计半胱氨酸与金属蛋白酶的初筛成功率、动力学参数和晶体结构验证，并讨论催化水与预组织对活性的影响。
智药邦AI 评分5858 锋寻生物完成亿元Pre-A轮融资，推进体内CAR-T管线IND申报
锋寻生物（DeliNova Therapeutics）宣布完成亿元人民币Pre-A轮融资，比邻星投资、约印医疗基金、疆亘资本新进，君联资本、宏沣投资、菡源资产追加。
动脉网AI 评分4343 对话科理新序02后联创：AI4S的价值密度和Scaling Law
科理新序提出以Science Token、科学Token链和ScienceRSI递归自我改进循环重构AI4S，并发布Chain of Structures（COS）酶设计技术报告。COS在酶设计基准六项指标中五项第一，EC3达57.0%，高于CodeFP的55.3%，去掉推理链后EC3降至53.4%。这些设计尚未经湿实验验证，仅为计算评测结果。
途深智合AI 评分2222 途深智合将在第17届上海计算机辅助药物设计研讨会分享自主式AI生物制药研发实践
途深智合首席AI科学家林伟宁将于10月31日在第17届上海计算机辅助药物设计研讨会发表《Autonomous AI Biopharma Foundry》演讲，分享AI模型、智能体与实验验证协同的自主式研发模式。公司称其ToursynClaw平台可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证，半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
BioTenderAI 评分2020 巨头割据下的AI生物学
科技巨头正从分子模拟、蛋白质设计、科研智能体与自动化实验室等不同入口切入生物学。上周Google展示自主湿实验室，OpenAI用数千个Agent分析数百万个脑细胞并收购AI制药公司Orchestra Bio，微软发布BioEmu-2，Anthropic开放生命科学研究合作，NVIDIA推出蛋白质设计模型RFD4-Proteina。
BioTenderAI 评分4848 AI 生物学，进入巨头割据时代
OpenAI、Anthropic、NVIDIA 与 Google、微软近期密集发布动作，争夺科学家科研工作流的发起入口。OpenAI 披露数千个 GPT-Rosalind 代理用 32 分钟分析数百万鼠脑细胞既有数据，Google 的 VERID 经三轮适配体设计反馈将命中率从首轮 10.2% 提升至第三轮 33.5%。