Anthropic有的,中国也有!全球AI蛋白质设计大赛"长江杯"今日开赛!
“长江杯”2026全球AI蛋白质设计挑战赛于9月24日开赛,面向全球开放报名,承诺为不少于5000条从头设计的纳米抗体或迷你结合蛋白提供免费湿实验检测,并按亲和力排名颁发总额100万元人民币税前奖金。
“长江杯”2026全球AI蛋白质设计挑战赛于9月24日开赛,面向全球开放报名,承诺为不少于5000条从头设计的纳米抗体或迷你结合蛋白提供免费湿实验检测,并按亲和力排名颁发总额100万元人民币税前奖金。
作者记录了Anthropic × Adaptyv蛋白设计大赛Challenge 5的轨道B方案:用RFdiffusion-Ab在h-NbBCII10人源化VHH骨架上生成500条CDR骨架,经ProteinMPNN生成2000条序列,再用RF2打分筛选出20条提交,全部在单块RTX 5080上耗时约68小时。
推荐理由:记录从500条RFdiffusion骨架到20条提交的完整计算流水线,并给出运行耗时与踩坑细节,可供同类设计复用。
2026赛季长江杯AI蛋白质设计大赛设EGFR、TNF-α、GLP-1R、TfR1、TL1A、TNFR1、IL-7Rα七条赛道,公开队先按ESMFold2预测加ipSAE打分排序入围,最终名次完全由实测KD决定。计划约7000条序列免费湿实验验证,每赛道约1000条,前50名免费加做成药性与细胞活性检测。EGFR赛道须测pH 6.0亲和力,GLP-1R仅给ECD却要求激动剂,为全场最难。
NVIDIA 于 2026-10-28 发布 BindClaw 技术报告,把抑制剂、降解剂、稳定剂、状态选择性、受体激动五类功能要求写成冻结评分的计算 assay,让智能体在固定评分标准下迭代蛋白设计。
推荐理由:报告把功能要求固化为可执行计算对照,并用钙调蛋白湿实验检验状态选择性设计。
作者 Colby Ford 用微软 BioEmu2 对一条 scFv 候选 sbio-bdbvgp-355 做构象传播演示,先抽取 10 个平衡构象各向前传播 1 ns,再逐次传播 10 次、每次 1 ns 形成 10 ns 轨迹,并另做一轮带梯度引导的采样。
推荐理由:作者以单个 scFv 候选实测 BioEmu2 的构象传播与引导采样,并逐项对照官方模型卡界定证据边界。
Adaptyv Bio与Anthropic合办的蛋白设计竞赛第五题开题,要求设计只结合突变KRAS片段、不结合野生型KRAS的结合剂,以助免疫系统识别癌细胞。官方公告仅称"突变KRAS片段",X用户提及KRAS G12D但未获官方确认,规则、评价指标与序列细节均未披露。提交截止日期为11月8日,之后主办方筛选并测试,结果公布时间未说明。
10 月 26 日,Anthropic 与瑞士蛋白工程公司 Adaptyv 联合举办的蛋白设计挑战赛放出第五题,要求设计只结合 KRAS G12D 突变肽(VVVGADGVGK)、不结合野生型肽(VVVGAGGVGK)的蛋白,两者仅第 6 位一个氨基酸不同,靶点为 HLA-A*11:01 呈递的 pMHC。
推荐理由:赛事把特异性拆成突变识别、肽依赖与亲和力三关,为从零设计结合剂的评测提供了具体参照。
Anthropic 公布一项生物学研究,Claude 在约 64 小时、约 1 万 GPU 小时内自主调用 12 种蛋白设计工具,针对 Cn2、Ts1、AaH I、AaH II、LqhIII 五种蝎毒神经毒素生成 318484 个微型结合蛋白设计,并完成超过 55 万组蛋白—毒素结构预测。
Anthropic 公布一项生物学研究,Claude 在 64 小时计算设计阶段生成 318484 种针对 5 种蝎毒神经毒素的微型结合蛋白设计,筛选出 211 个候选交由 Adaptyv Bio 和 Twist Bioscience 实验验证,最终 17 个达到预设结合标准。
Anthropic 公布内部研究模型 Claude 在 Claude Science 上针对五种蝎神经毒素从头设计 minibinder 的技术报告,约 64 小时内生成 318,484 个设计,最终 211 条送 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 用 SPR 湿实验验证,按双实验室硬标准 17 条达标。
Anthropic × Adaptyv 蛋白质设计竞赛第4期在 proteinbase 平台开放,靶点为 TfR1,要求设计能精确结合该受体特定位点的 pH 敏感结合剂,以帮助药物穿过血脑屏障进入脑内。作者 Amir Shanehsazzadeh 转述称,本期评测关注结合、小鼠交叉反应性与 pH 敏感性;TfR1 在血脑屏障高表达,pH 敏感结合剂可在内体中释放并从脑侧排出以递送治疗药物。
David Baker团队联合新加坡国立大学和AI2提出文本条件化全原子蛋白质结构生成模型Prompteina,以自然语言作为统一条件入口,基底为NVIDIA团队的Complexa。
推荐理由:梳理Prompteina如何用自然语言统一蛋白生成接口,并完整走通agent设计到湿实验命中的链条。
Anthropic × Adaptyv 蛋白质设计竞赛第三题开放,要求参赛者设计能激活 GLP1R 的蛋白质。GLP1R 是司美格鲁肽(Ozempic、Wegovy)和替尔泊肽在 2 型糖尿病与肥胖中作用的受体。
Anthropic 与 Adaptyv 蛋白设计竞赛公布第二道挑战,目标是为 TNF-α 设计更优结合剂,并要求其在细胞内体 pH 6.0 条件下选择性释放以改善药物半衰期。该设计还需同时结合人源和小鼠 TNF-α,以便在临床前模型中测试同一设计;Amir Shanehsazzadeh 转发称该靶点本身对结合剂设计就很难,pH 要求进一步加大难度。
Adaptyv Bio 宣布 Anthropic x Adaptyv 蛋白设计竞赛第二期,目标是设计优于现有药物的 TNF-α 结合剂,并能在细胞内体 pH 6.0 条件下选择性释放以改善药物半衰期。设计要求还包括同时结合人源和小鼠 TNF-α,以便在临床前模型中测试同一设计。
推荐理由:比赛把 TNF-α 结合剂设计放到 pH 6.0 选择性释放和跨人鼠结合的双重约束下,可观察设计如何兼顾亲和力与可开发性。
Adaptyv Bio蛋白质设计竞赛第一项挑战赛距截止还有两天,提交截止时间为10月6日(周二)。该挑战要求设计能在肿瘤酸性环境中结合EGFR、而在健康细胞中性pH下不结合,且须同时结合人源与鼠源EGFR变异体以便临床前测试。设计需通过ProteinBase平台提交。
Google DeepMind 推出面向合成生物学的 SynthID Bio 水印方法,可在蛋白序列和 AlphaFold 3 预测的 3D 结构中嵌入可检测签名,并在实验室测试中保持生物功能。
推荐理由:介绍一种嵌入蛋白序列与预测结构的可验证水印方法,并给出湿实验与检测稳健性证据。
Martin Pacesa 表示可将 BindCraft2 的多靶点与自定义损失实现用于设计任务,并给出在 AriaX、Tamarind 或 Google Colab 上运行的方式及 GitHub 链接。BindCraft2 由 Erik Mäeots 开发,仓库为 https://github.com/PacesaLab/BindCraft2;BC1 版本的多靶点 notebook 由 Lennart Nickel 和 Paul Kittner 提供。该帖引用了 Adaptyv 的 Anthropic x Adaptyv 蛋白质设计竞赛第一项挑战,要求设计在肿瘤酸性条件下结合 EGFR、在健康细胞正常 pH 下不结合的条件性结合剂,且需同时结合人源与小鼠源 EGFR 以支持临床前测试。
推荐理由:作者给出 BindCraft2 多靶点与自定义损失实现的可运行入口,便于复用条件性结合剂设计流程。
BindCraft2 已发布,代码当天开源,学术与工业使用均免费,作者团队未等论文发表即提前放出。该版本通过支持更多模态与靶点扩大了分子设计搜索空间,速度也更快,并可用于 Adaptyv 竞赛;Amir Shanehsazzadeh 表示 Claude 在复杂搜索空间中表现最好,相关竞赛由 Anthropic 与 Adaptyv Bio 共同赞助。
推荐理由:BindCraft2 提前开源并扩大分子设计搜索空间,为结合剂设计竞赛提供了可直接上手的工具。
Martin Pacesa 表示 Adaptyv 蛋白质设计竞赛中的靶点交叉反应问题正是 BindCraft2 的原生适用场景,并给出工具概览与 GitHub 代码入口。他同时列出 Lennart Nickel 和 Paul Kittner 基于 BindCraft1 的多靶点 notebook 变体链接。被引用的竞赛帖称将提供最高 100 万美元 Claude 额度并实验验证社区提交的 5000 个设计,赛题涵盖物种交叉反应、pH 敏感性和肽-MHC 特异性等。
推荐理由:作者以 BindCraft2 作者身份指出该工具原生支持 Adaptyv 竞赛中的靶点交叉反应设计任务,并给出代码入口。
Adaptyv Bio 表示,BindCraft2 已在其与 Anthropic 的新蛋白质设计竞赛开始前开源,该竞赛将有超过 5000 个设计在其实验室接受实验测试。作者回顾称,BindCraft1 在 2024 年其蛋白质设计基准中表现突出,赢得首届 EGFR 竞赛,并在后续轮次中被广泛使用。所引用的发布信息显示,BindCraft2 完整代码已放出,学术和工业用途均可免费使用,论文尚未发表。
推荐理由:BindCraft2 在 Adaptyv 新竞赛前开源,可对照其上一代在 EGFR 基准中的表现理解方法迭代。
Anthropic 测试 Claude 能否从头设计蛋白结合剂:在人类专家撰写的设计提示下,Claude 自主针对 15 个靶点中的 14 个完成了设计,随后由 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 独立构建并测试,作者称成功率和亲和力均较高。
推荐理由:Anthropic 与 Adaptyv Bio、Twist 的实测显示,Claude 编排开源模型在 15 个靶点中设计出 14 个从头结合剂,可作为智能体驱动蛋白设计的参照。
Mohammed AlQuraishi 评论称,不同蛋白质设计方法分到的靶点难度各不相同,Genie 3 拿到的是最难的靶点,并希望这算是一种恭维。该评论引用 Anthropic 关于 Claude 从零设计蛋白质结合剂的内容,其中称在人类专家撰写的设计提示下,Claude 自主针对 15 个靶点中的 14 个设计出结合剂,并由 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 独立构建和测试。
推荐理由:作者对比不同蛋白质设计方法分到的靶点难度,指出Genie 3拿到最难靶点,为解读各家设计结果提供难度差异视角。
Adaptyv Bio 在自动化湿实验室中对 Anthropic 的 Claude Mythos Preview 与 Opus 4.8 设计的从头结合剂进行匿名盲测,1320 个设计中 95% 成功表达、354 个结合靶点,总体命中率 26.8%,覆盖 15 个靶点中的 14 个。
【全文总结】【全文总结】Anthropic 报告 Claude 通过编排蛋白设计工具,在 15 个可评估靶点中的 14 个获得结合剂:1,320 个设计产出 354 个结合剂,仍属结合验证,不能等同药物疗效。原文另报告 Claude Opus 5 从原始 NMR 与 LC-MS 数据完成化学分析,所用时间分别为 23 和 19 分钟;这是不同任务的案例,不能合并为通用药物发现成功率。
推荐理由:Anthropic 用湿实验验证 Claude 自主设计的蛋白结合剂,并给出与公开设计竞赛和既有命中率的对照。