BoltzGen、RFD4、Mol-1:决定 binder 命中率的可能不是生成器而是过滤器
作者梳理 BoltzGen、RFD4-Proteina 与 Mol-1 的公开证据后认为,把注意力从生成器转向过滤器值得检验,但尚无把同一候选池分别交给 Boltz-2 和 Protenix 过滤再前瞻性比较湿实验命中率的公开配对研究。
推荐理由:文章把生成器与过滤器的证据分层拆开,指出结构恢复榜单与湿实验命中率之间缺少可核验的桥。
作者梳理 BoltzGen、RFD4-Proteina 与 Mol-1 的公开证据后认为,把注意力从生成器转向过滤器值得检验,但尚无把同一候选池分别交给 Boltz-2 和 Protenix 过滤再前瞻性比较湿实验命中率的公开配对研究。
推荐理由:文章把生成器与过滤器的证据分层拆开,指出结构恢复榜单与湿实验命中率之间缺少可核验的桥。
途深智合在11月2日至3日举行的香港金融科技周上参与AI与深科技论坛,创始人兼CEO王宇光讨论了AI如何适配小分子、肽类及生物大分子等不同药物模态。其ToursynClaw平台融合蛋白大模型、科学智能体与全自动机器人实验产线,公司称可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证,并在半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。
哈佛化学荣休教授、连续创业者 Gregory Verdine 在 DeepTech 访谈中表示,AI 目前最明确的价值是优化已有候选分子,而非从零设计全新小分子,后者受限于复杂结构的合成周期与水分子的物理计算难题。
推荐理由:连续创业者从分子设计、合成瓶颈与组织分工三层谈 AI 在药研中的实际边界,并以与晶泰的合作作为观察样本。
Isomorphic Labs 总裁 Max Jaderberg 在 Bloomberg Tech 采访中表示,未来所有药物都将由 AI 设计,公司正以推理模型提出假设、模拟模型开展虚拟实验两条路线推进药物研发。
Isomorphic Labs总裁Max Jaderberg称未来所有药物都将由AI设计,公司目前仍处临床前阶段,预计2026年年底启动首次临床试验。其统一药物设计引擎IsoDDE在Runs N' Poses基准上对全新蛋白质-配体系统的准确率超过AlphaFold 3两倍,并声称可在无需晶体结构下预测结合亲和力。上述基准数据主要由公司自行发布,尚需独立验证。
针对 KRAS G12D 肽-HLA-A*11:01 pMHC 复合物,文章提出以 VHH 纳米抗体识别突变肽,并强调需在真实细胞上验证其能否区分仅差一个氨基酸的野生型肽及人体自身肽组。已有 TCR 研究支持该 pMHC 作为识别入口,但 VHH 路线仍属项目设想,尚无实验数据。文章建议将肽长度、可及表面与突变相关构象纳入靶点定义,并用遗传对照矩阵和靶向免疫肽组学检验内源呈递靶标。
水木分子入选央视「中国AI创业十骏」,是名单中唯一AI制药公司。其以对话式药物研发平台ChatDD连接专家经验与AI,自研自身免疫领域双特异性抗体管线从立项到确认PCC仅用七个月,对比传统方法12-24个月。公司称2026年为商业放量阶段,预计今年收入为去年的3至4倍。
文章复盘Anthropic于2026年7月收购的Mithril Medicine:公司仅1名全职创始人,另有8名付费顾问和11家外部实验室,不到18个月将一款靶向laminin-α4与β-dystroglycan的双特异桥接抗体推进到LAMA2-CMD小鼠模型药效验证,2+2 IgG-scFv格式峰值肌力约为对照组1.95倍、体重标准化握力约1.94倍,1+1格式未见明确获益。
同一新闻,精选展示《Anthropic 收购一人 AI 药企 Mithril Medicine,Claude 协调 11 家外部实验室》
鲜翾出任同源康生物首席AI官,推动这家聚焦双抗、三抗、TCE与下一代ADC的AI原生Biotech以数字分身先于人类科学家评审立项,目前每周评估约两个项目、内部目标年底做到一天一个。她此前在金赛药业主导五年数字化转型,搭建两千多个数字看板,认为数字化能让业务“看得见”,但解决不了判断、信任与人性问题。同源康生物下一轮融资计划建设自动化实验平台,以产生公开领域难以获取的数据、训练差异化垂域模型。
随着双特异性、三特异性等多特异性抗体格式增多,每增加一个结合臂都会扩大潜在组合数量,使候选分子选择从发现转向筛选。Twist Bioscience 与 Invenra 就后者 B-Body® 双特异性抗体平台达成共同独家供应许可协议,Adimab 则通常建议合作伙伴采用 IgG 样/全 Fab 多特异性而非 scFv 格式以利于生产。
牛津大学结构生物信息学家、OpenBind 联合负责人 Charlotte Deane 在 Nature Reviews Drug Discovery 专访中表示,AI 药物发现的瓶颈在于数据而非模型,应重点收集能提升模型性能的数据。
Chai Discovery 的 chai-3 于 2026 年 6 月发布,按此计算其拿下 6 家 MNC 实际用时 4 个月而非 9 个月。chai-2 报告强调 24 孔板,湿实验整体 hit 率为 16%,据此推测 chai-3 的 hit 率在 32%-40%。其最新一轮投后估值为 38 亿美元,与晶泰、英矽、剂泰的市值处于同一量级。
水木分子CEO王卓智在2026网易未来大会上称,依托自研AI智能体ChatDD,抗体类大分子药物临床前候选分子研发周期由传统18至24个月缩短至10个月以内。ChatDD覆盖立项调研、靶点评估、分子设计、优化筛选及临床前设计等环节,公司已服务50多家海内外药企和机构,2026年订单数预计增长200%以上。
途深智合创始人兼CEO王宇光在9月18日“向新而生·智链未来”生物医药产业生态沙龙圆桌讨论上,分享了公司AI蛋白质从头设计的干湿闭环研发模式。公司称其ToursynClaw平台可实现约1.5个月完成抗体设计及功能实验验证,半年内推动16条抗体药管线完成PCC阶段验证。王宇光同时指出,AI设计分子从体外结合活性到表达、稳定性、药代动力学等成药性仍存在开发障碍。
抗体人源化、犬源化与猫源化虽同以降低异源性、保留结合功能为目标,但目标物种的抗体胚系库、CDR偏好、框架支撑方式和Fc生物学各不相同。犬猫源化并非简单更换框架,也不能直接套用人源化规则,而需将抗体重新“翻译”成目标物种更易接受的抗体语言。
OpenFold 团队在构建下一代生物分子模型之际,面向科学和工程方向扩招,并公开其开源承诺与招聘理念。团队称受资助条款约束,将开源全部训练代码基础设施与训练数据,发布结果可完全复现,且不会转型为初创公司或 API 模式。招聘重点为大规模训练模型的机器学习科学家/工程师,以及能整合复杂异构数据、搭建高效数据管线的生物信息学与计算生物学人才,薪资与算力对标工业界。
聂再清在《健康报》撰文指出,智能体可完成分子生成优化与活性预测,其团队用ChatDD从头设计数十种抗体,湿实验验证21%展现较高亲和力。他强调目前尚无药物全流程由AI全自动完成,瓶颈在于大量人体作用机制未被AI解析,更准确的定位是领域专家与AI协作。技术、应用与安全层面的挑战仍待解决。
LabGenius Therapeutics 计算科学与工程副总裁 Winston Haynes 指出,多特异性抗体优化因缺乏公开功能数据,仍主要依赖人工直觉,而连接子结构等组装方式的小改动即可显著改变效力与选择性。其提出将多特异性抗体构建与高通量自动化实验耦合,用智能体主动学习让 AI 模型与自动化实验室形成闭环,从每次实验数据中持续优化设计。
Anthropic 正招聘生物学家、开设湿实验室,并于上月收购成立八个月的初创公司 Coefficient Bio,以引入靶点选择、模态选择和管线规划等生物技术项目运营经验。
诺贝尔化学奖得主Michael Levitt与马剑鹏在复旦大学共建复杂体系多尺度研究院并联合创立奥泊生科OpusBio,以干湿结合闭环推进AI蛋白质设计与药物研发。
STAT News对AI设计抗体的现状做了平衡报道,既呈现实际进展也保留质疑。Nabla Bio CEO Surge Biswas表示,公司开发AI以压缩药物发现周期,针对难成药靶点、新功能和更优药物特性设计更好的药物,并与领先药企团队紧密合作。
欢迎收听我们最新一期#FODD节目,嘉宾是诺和诺德抗体设计高级数据科学家Rahmad Akbar。 我们聊了#人工智能如何为抗体设计创造新可能。 https://hubs.la/Q02Nm3Ny0 #antibodydiscovery
为什么靶点特异性抗体库对处理具有挑战性的靶点有用? 尽管预测准确性仍然有限,AI设计的抗体库提供了一种开始攻克“不可成药”靶点(如GPCR和离子通道)的途径。 #biotech #machinelearning #antibody