Marwin Segler 团队在 Nature 发表逆合成模型 retroChimera
Marwin Segler 团队在 Nature 发表逆合成模型 retroChimera，称其推进了 AI 合成规划模型的边界。作者指出合成是药物发现的主要瓶颈，AI 合成规划可帮助提出更优路线，并使生成式分子设计更可行。推文未披露具体评测指标与实验细节。
#生成式化学
Marwin SeglerAI 评分6262
Inductive Bio 官网资讯精选AI 评分7272 Inductive Bio 发布 Beacon-2，可由化学结构预测小分子人体有效剂量
Inductive Bio 于 9 月 17 日发布 Beacon-2，该系统可直接从小分子化学结构预测人体有效剂量，先预测吸收、分布、代谢、排泄与毒性等决定剂量的性质并估算效力，再通过药代动力学机制模型整合。
推荐理由：Beacon-2 把人体有效剂量作为可从结构计算的指标，并给出在真实药物项目与公开化合物上的验证范围。
英灵殿科技Valhalla精选AI 评分7474 英灵殿科技发布ADMET-EvO自演化科学智能体，在22项TDC ADMET任务中综合排名第一
英灵殿科技（Valhalla Technology）联合香港中文大学、浙江大学和斯坦福大学提出ADMET-EvO，一种面向异质任务持续开展自主研究、驱动任务专用算法演化的科学智能体。
推荐理由：该工作把端点理解、假设检验与算法演化串成研究闭环，为药物研发智能体的评测方式提供了可参照的架构。
Inceptive精选AI 评分7878 Inceptive 微调模型设计 in vivo CAR-T mRNA，5 条序列中 3 条在体内优于 Capstan 基准
Inceptive 用自建 CAR-T 数据微调序列设计模型，生成编码同一抗 CD19 CAR 蛋白的 mRNA 设计，并将 5 条序列推进 NSG-PBMC 人源化小鼠，与 Capstan 的抗 CD19 序列在同一 CD8 靶向 LNP（Amplitude Therapeutics 提供）下以 0.1 mg/kg 给药、24 小时终点比较。
推荐理由：Inceptive 用自建 CAR-T 数据微调序列设计模型，并在人源化小鼠中与 Capstan 基准序列做头对头比较，展示了模型排序到体内功能读数的转化路径。
Pranam Chatterjee精选AI 评分6363 ActFlow：用不确定性引导与验证器反馈扩展流模型与扩散模型的可生成空间
Pranam Chatterjee 转发介绍 ActFlow，这是一种持续预训练方案，通过不确定性引导探索和验证器反馈，让流模型与扩散模型扩展到新的有效区域，作者称之为可生成集合扩展，并将其定位为面向分布外生成建模的新学习原则。
推荐理由：该工作提出用不确定性引导探索与验证器反馈扩展生成模型可达的设计空间，为分布外生成提供可迁移思路。
Valence LabsAI 评分3030 Valence Labs 推出可合成化合物生成模型 Synflownet
Valence Labs 构建了 Synflownet，用于生成最可能具有所需活性的可合成化合物，以提升活性分子搜索效率。该模型针对可购买分子数量达数十亿、无法逐一评估的问题，定位为“锁匠”式生成工具，而非逐个匹配的评估模型。
Philippe Schwaller精选AI 评分8282 SynthEx：面向复杂天然产物的策略优先合成规划智能体
Schwaller 团队发布预印本 SynthEx，一个以语言模型生成原子级图编辑断键、由多智能体分工提出策略、扩展路线并模拟修复的合成规划器。在 1,098 个无报道全合成的复杂天然产物上，近乎穷举的 AiZynthFinder 解出 13.8%，SynthEx 达到 63.9%，分子越复杂差距越大。
推荐理由：该工作用智能体规划复杂天然产物合成路线，并以专家盲评比较机器与人类步骤，提供了可参照的评测设计。
Andrés M. BranAI 评分3434 开源IUPAC命名工具两周内涌现
当一个想法变成可用工具、多个团队几乎同时着手攻克它时，真是太酷了。开放 smiles 到 IUPAC 的翻译曾缺失了一段时间，而在两周内 @adrian_mirza_ 和 @NicholasRuncie 各自独立发布了相关工具。 这里的推动者是编码智能体！
Andrés M. BranAI 评分5555 b12 Labs 向学术与非营利研究者开放逆合成工具 Selenium
b12 Labs 宣布向学术和非营利研究者免费开放其逆合成工具 Selenium，用户可通过 app.b12-labs.com 注册使用。该工具主打策略优先的合成路线规划，官方邀请研究者提交高难度目标分子或 AI 设计结构进行尝试。Andrés M. Bran 转发了这一开放消息并附上注册入口与博客链接。
Simon Kohl精选AI 评分5858 Latent Labs 将抗体设计智能体 Latent-Y 上线平台，开放全球免费每日额度
Latent Labs 宣布抗体设计智能体 Latent-Y 即将上线 Latent Labs Platform，面向全球研究者开放并提供免费每日额度，其核心是首次向研究者开放的抗体设计生成模型 Latent-X2。
推荐理由：Latent Labs 将抗体设计智能体接入平台并开放免费额度，可了解其从自然语言到实验可用序列的产品化路径。
Genesis Molecular AIAI 评分4040 Genesis 公开智能体药物设计系统 Sapphire
Genesis Molecular AI 首次披露其智能体药物设计系统 Sapphire，该系统构建于其分子基础模型之上，可全天候自主迭代候选药物，对2D化学结构与3D分子构象进行推理并形成、检验假设。
Valence Labs 官网资讯精选AI 评分7272 Valence Labs 发布全原子显式溶剂玻尔兹曼采样模型 AquaGen
Valence Labs 发布 AquaGen，称其为首个全原子、显式溶剂、考虑周期性边界条件的生成模型，可从玻尔兹曼分布生成分子构型。该模型用 3D 图神经网络将噪声转为药物分子与水的全原子三维排布，再以力场评估能量、以灰盒方式计算绝对水合自由能，约需数百个样本即可获得相对 MD 参考约 1 kcal/mol 误差的结果，速度约为 MD 的 10 倍。
推荐理由：介绍首个全原子显式溶剂玻尔兹曼采样模型，说明其相对分子动力学的速度与误差权衡。
Terray TherapeuticsAI 评分5050 Terray分享TerraSynth生成式合成规划器
Terray Therapeutics分享了其生成式合成规划器TerraSynth的工作，针对小分子药物发现中的合成瓶颈。该工具将合成规划纳入设计循环，而非事后处理，以减少生成模型提出难合成分子对DMTA循环的拖慢。TerraSynth已整合进其EMMI平台，帮助聚焦值得合成的分子以推进项目。
MedraAI 评分5858 NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，Medra 称将接入其物理 AI 实验室
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，这是一个开放的、面向智能体的工具包，为任意 AI 智能体提供蛋白质结构预测、分子对接、生成式化学和基因组分析等可调用工具。Medra 转发该消息并表示正与 NVIDIA 合作构建由智能体决定下一步运行什么、再由物理 AI 实验室执行的闭环，称期待将其投入使用。
NVIDIA Healthcare & BioNeMo精选AI 评分7272 NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，为 AI 智能体提供生命科学工具
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit，将十余年积累的生命科学库、工具与开放模型封装为智能体可调用的技能，覆盖蛋白结构预测、分子对接、生成式化学、基因组分析、蛋白设计与生物标志物发现。
推荐理由：英伟达把十余年生命科学库与模型封装成智能体可调用工具，并列出多家药企与平台的接入情况。
Valence Labs 官网资讯精选AI 评分5858 Valence Labs 提出 f-Trajectory Balance 损失族，用于分子生成与 LLM 的探索调优
Valence Labs 的 Jason Hartford 介绍其 ICML 论文 f-Trajectory Balance，提出一族损失函数用于微调 GFlowNets、生成模型和 LLM，并支持离策略与在策略数据。
推荐理由：作者从损失函数角度解释生成模型探索与利用的权衡，为分子生成和 LLM 微调提供可迁移的方法视角。
Genesis Molecular AIAI 评分1212 Genesis Molecular AI 扩招以匹配药企合作与模型扩展
Genesis Molecular AI 因药企合作扩大、基础模型规模提升而扩充团队，正招聘 ML 与分子模拟科学家及基础模型 ML 研究科学家等岗位。前者将用 3D 扩散模型、物理启发神经网络和大规模分子模拟推进其 GEMS 药物发现平台，后者聚焦深度学习、物理与计算化学交叉的生成式 AI 模型研究。公司同时在 ML 研究、应用 ML 科学、产品与软件工程等方向开放职位。
Genesis Molecular AI精选AI 评分7474 Genesis Molecular AI 发布 DeCAF-Pearl 全原子共折叠流图模型，推理提速 5 倍
Genesis Molecular AI 发布 DeCAF-Pearl，称其为首个用于全原子共折叠的流图模型，相比其 Pearl 模型推理提速 5 倍且质量几乎无损。
推荐理由：DeCAF-Pearl 以更少计算步数在 Runs N' Poses 基准上超过多个全原子共折叠模型，为高通量筛选场景提供了速度参照。
AI4Protein精选AI 评分5858 昌平国家实验室余其林讲座介绍抗体设计框架PPIFlow
昌平国家实验室副研究员余其林将于2026年5月24日晚通过腾讯会议主讲抗体设计框架PPIFlow。据简介，该框架结合流匹配生成模型与新型体外成熟策略，无需实验优化即可直接生成皮摩尔至纳摩尔级亲和力的纳米抗体和迷你蛋白结合剂。
推荐理由：讲座介绍PPIFlow以流匹配加计算机成熟生成高亲和力纳米抗体与迷你蛋白，可了解纯计算结合剂设计思路。
Latent LabsAI 评分3838 Latent Labs部署Blackwell B300 GPU
今天我们宣布，与@nvidia和@nebiusai（领先的AI云服务提供商，用于训练和推理）合作部署NVIDIA Blackwell B300 GPU的成果：我们用于药物发现的生成模型实现了超过4倍的训练加速和超过60%的推理提速。
Vilya, Inc.精选AI 评分7070 Vilya 发布全原子基础模型 Vilya-1，用于大环结构预测与设计
Vilya 发布全原子基础模型 Vilya-1，专门建模含非天然氨基酸等多样化学的大环结构。公司称在公开与内部大环晶体结构合并基准上，Vilya-1 恢复晶体构象的表现超过次优方法一倍以上，物理与规则方法恢复的构象不到其一半，深度学习方法更落后。Vilya-1 还可微调用于富集可渗透化合物，并生成构象集合以评估能量景观、筛选结合剂；公司表示已在多个内部项目中应用该模型。
推荐理由：Vilya-1 以全原子模型覆盖非天然化学的大环结构预测，并给出与物理规则及深度学习方法的具体对比。
Marwin Segler精选AI 评分5858 Marwin Segler 报告用于合成步骤生成的推理模型
Marwin Segler 报告团队推出面向合成步骤生成的推理模型，针对该任务采用专门的思维链监督微调（SFT on COT）与可验证奖励强化学习（RLVR）。其表示语言模型在处理结构与丰富自然语言并存的化学任务（如合成）时带来新能力。
推荐理由：作者披露其合成路线生成推理模型采用SFT与RLVR训练，为化学语言模型的能力边界提供一手说明。
DeepLifeAI 评分1515 DeepLife 启动 CENTURI 黑客松
DeepLife 带来激动人心的消息！🚀 我们开启了 CENTURI Hackathon 2024！ 我们的 CTO Jean-Baptiste Morlot 展示了我们用于重建细胞数字孪生的突破性生成式 AI。衷心感谢我们团队和合作伙伴的支持！🙌 #Innovation #AI #BioTech #Deeplife
AurekaBio 寻明生科AI 评分4242 寻明生科与碧迪医疗(BD)启动加速试剂抗体开发项目
寻明生科与碧迪医疗(BD)启动合作项目，将利用寻明生科生成式AI赋能的抗体发现与工程平台开发高性能科研试剂。寻明生科称其结合超高通量单细胞功能筛选、酵母自主超突变与结构感知生成式AI模型，用于双特异性抗体、ADC及难成药靶点药物研发。
Bruno CorreiaAI 评分3636 实验室小分子设计探索
我们实验室在小分子设计方面的一次有趣探索 https://rdcu.be/dErPa 很高兴与一群很棒的人合作，让这件事成为可能 @igashov @HannesStaerk @rneschneuing Clemence Vignac @vgsatorras @pafrossard @wellingmax @mmbronstein