VCPI 发布首个开源转录组数据集:在 THP-1 细胞中分析 2200 余种化合物
虚拟细胞药理学倡议(VCPI)发布首个开源转录组数据集,在 THP-1 细胞中以 6 个剂量(0.03 至 10 µM)、24 小时处理约 2280 个小分子,采用阵列式 DRUG-seq 获得化合物特异的转录组谱。
推荐理由:VCPI 首次公开约 2280 个小分子的 THP-1 转录组数据,为虚拟细胞药物响应模型提供可复用训练集。
虚拟细胞药理学倡议(VCPI)发布首个开源转录组数据集,在 THP-1 细胞中以 6 个剂量(0.03 至 10 µM)、24 小时处理约 2280 个小分子,采用阵列式 DRUG-seq 获得化合物特异的转录组谱。
推荐理由:VCPI 首次公开约 2280 个小分子的 THP-1 转录组数据,为虚拟细胞药物响应模型提供可复用训练集。
Biohub 的 AI 研究者、免疫学家与生物工程师提出 6 项策略,用 AI 结合单细胞生物学和 iPSC 技术重编程免疫细胞,使其检测疾病、报告物理变化并递送治疗。
Biohub正以工程化思路开发5种测量炎症的新方法,目标是在人体组织中实时观察免疫细胞活动。具体包括基于质谱的活组织蛋白质组与代谢组非侵入检测、可对免疫细胞基因做CRISPR扰动并读出影响的功基因组平台,以及用高通量T细胞/抗原筛选结合AI解码细胞识别、预测免疫细胞决策的Decoder工具。
Ginkgo 于 11 月 18 日宣布发起虚拟细胞药理学计划 VCPI,以社区协作方式构建面向 AI 药物发现的虚拟细胞数据。该计划采用高通量阵列式 DRUG-seq 筛选,依托 10 亿美元自动化设施和标准化细胞系,并将公开 10 万个高质量化合物的 RNA 谱数据,具体化合物由社区投票选择。
推荐理由:Ginkgo 以标准化细胞系和 DRUG-seq 构建虚拟细胞药理学数据,并公开征集化合物,为数据侧建设提供参照。
Cellarity 宣布其镰状细胞病项目 CLY-124 与骨髓纤维化项目共两项口头报告入选第67届美国血液学会(ASH)年会。CLY-124 是处于1期临床评估的 first-in-class DCN1 抑制剂,报告聚焦其部分抑制 CUL3 neddylation 并诱导胎儿血红蛋白;另一报告展示利用单细胞 RNA 测序图谱与深度学习框架筛选选择性靶向 JAK2V617F 的小分子。
Cellarity在Science发表论文,提出整合高通量转录组与AI模型的细胞状态矫正药物发现框架,采用实验室在环的深度学习迭代,称表型活性化合物回收率较行业标准方法提升13至17倍。公司同步公开三个单细胞数据集,其中扰动转录组数据集含逾1700个样本、126万个单细胞,可用于跨细胞类型药物响应映射与扰动预测方法基准测试。平台首个候选CLY-124正针对镰状细胞病开展1期临床试验。
推荐理由:该框架把高通量转录组与主动学习闭环结合,并公开扰动数据集,为表型筛选的评测提供参照。
Eikon Therapeutics 在 Nature Methods 发表论文,介绍其斜线扫描(OLS)技术,该技术可与公司单分子追踪(SMT)平台结合,在活细胞中以最高每秒 14 平方微米的速度评估蛋白运动。
推荐理由:Eikon 在 Nature Methods 披露 OLS 与单分子追踪平台的技术细节,为高通量蛋白动态测量提供方法参照。
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