Kundaje称计算扰动实验验证良好
我们做多种计算机模拟的语法与变异扰动实验，很高兴它们验证得非常好。4/
#基因调控
Anshul KundajeAI 评分2020
Brian HieAI 评分3030 Evo2 上下文学习预印本与工具发布
预印本1：https://zenodo.org/records/23769316 预印本2：https://zenodo.org/records/23769453 调控ICL代码：https://github.com/evo-design/ICL_regulatory Evo2-flash：https://github.com/evo-design/evo2_flash ICL网页工具：https://proto.evodesign.org/tools/evo2-icl 10/n
Relation精选AI 评分5858 Relation 开发 prime-editing perturb-seq 新方案，为 DNA 基础模型生成训练数据
Relation Therapeutics 在 bioRxiv 发布预印本，提出一套用于 prime-editing perturb-seq 的新实验方案，目标是生成 DNA 基础模型所需的训练数据。公司称其不仅构建药物发现 AI 模型，也改进底层数据生成的基础。预印本链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.28.762453v1。
推荐理由：Relation 公开了面向 DNA 基础模型训练数据的 prime-editing perturb-seq 新实验方案，可作为扰动数据生成的参考。
智药邦AI 评分7474 Nature Biotechnology研究提出指标校准框架，重新评估AI虚拟细胞扰动预测模型
英国Shift Bioscience与多伦多大学等团队在《Nature Biotechnology》发表研究，分析14个基因扰动数据集和18种评估指标，指出MSE和基于对照细胞的表达变化Pearson相关系数等常用指标校准不足，可能低估深度学习模型的扰动预测能力。
Biohub · News精选AI 评分7474 Biohub 用 AI 建模肿瘤细胞状态，在 DMG 小鼠中验证双药组合延长生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构的研究者开发 AI 系统，用 ARACNe 与 VIPER/metaVIPER 从单细胞 RNA 测序数据中识别控制肿瘤细胞状态的 Master Regulators，发现同一瘤种的患者共享近乎相同的恶性细胞状态集合，相关结果发表于两篇 Nature Genetics 论文。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文用单细胞数据刻画肿瘤细胞状态，并在 DMG 模型中验证组合用药的协同生存获益。
Biohub · News精选AI 评分5858 Biohub 资助 15 个团队构建免疫细胞重编程工具包
Biohub 宣布支持 15 个研究项目，与合成生物学专家共同搭建免疫细胞工程的基础工具包，包括逻辑电路、合成受体、结合剂文库和传感平台。获资助团队包括 David Baker 团队设计可读取多种生物信号并作出响应的蛋白电路、James Collins 团队构建 RNA 分子电路、Wendell Lim 团队汇编传感器与逻辑电路模块目录。
推荐理由：Biohub 公布 15 个免疫细胞重编程资助项目，展示合成生物学工具包的模块化分工与团队布局。
EMBL-EBIAI 评分4242 EMBL-EBI扰动目录更新
🔬扰动目录（Perturbation Catalogue）全新更新！ 全新设计的界面、更丰富的数据集和强大的分析工作流，让探索遗传扰动数据比以往更加便捷。https://www.ebi.ac.uk/perturbation-catalogue/ #生物信息学 #功能基因组学 @OpenTargets