#结合亲和力

Google DeepMind 为 Antigravity 推出化学信息学技能，智能体一小时完成大环设计与合成路线

Google DeepMind 为 Google Antigravity 发布 Cheminformatics Skills，基于 RDKit 并接入 ChEMBL 与 PubChem，让语言模型负责流程编排、确定性化学工具执行分子计算。

AI4S如何赋能药物研发？星使智算亮出国产化实践答卷

星使智算在CDHC·2026峰会上展示基于自主SPONGE分子动力学与PySCF量子化学引擎的Mokda分子研发工作站和AsterFire系列产品，实现从物理层到应用层的全链路自主。

Corin Wagen 评 Rowan 自动生成合成中间体对 FEP 的改进

Corin Wagen 表示，自动生成合成中间体是 Rowan 已加入的体验改进之一，与自动扭转角重拟合、收敛检测等功能并列。他引用的 @manntis4 内容称，在测试小分子辅因子支持 FEP 时发现，把合成中间体配体加入 RBFE 图可改善与实验结合亲和力的相关性，示例为 KRAS-G12D。Wagen 认为稳健的智能体驱动 FEP 还需要更多此类能力。

MolVortex大师班第1期：CBL-b别构抑制剂的Hit分子发现

望石智慧在MolVortex大师班第1期展示了其全栈式小分子早研智能体MolVortex完成CBL-b别构抑制剂Hit分子发现的流程。该智能体在数十分钟内检索10+个文献源及80+个专业数据库完成靶点调研，基于8GCY、8QTK、8QNG共晶结构识别别构口袋，参照8GCY结合模式与NX-1607共享药效团生成30个全新候选分子。

gmx_MMPBSA 1.7 系列更新：结构水、熵计算和突变扫描有哪些变化？

开源结合自由能计算工具 gmx_MMPBSA 发布 v1.7.1，与今年 9 月的 v1.7.0 共同扩展了结构水、熵估计和 AMBER 工作流支持。

上海人工智能实验室等提出 DrugHarness：亲和力比较准确率从 62.2% 升至 81.1%

上海人工智能实验室、中国药科大学等机构发布预印本 DrugHarness，将 80 多项科学工具的执行与带条件的技能学习整合到同一智能体系统中。加入冻结领域技能后，Qwen3.7-Max 在 MolBench 的亲和力比较准确率从 62.2% 升至 81.1%，优化成功率从 79.5% 升至 87.2%，但虚拟筛选 Hit@3 从 60% 降至 48%。

SandboxAQ将讲智能体药物发现科学基础

SandboxAQ的Mary Pitman将在10月29日下午2:30做报告，讨论如何构建无需人工调参、跨问题灵活且原生适配自主工作流的科学方法，以支撑智能体药物发现。团队另有三篇海报入选，分别涉及AI与物理方法结合的靶点识别、基于非平衡嵌合切换的免费能计算，以及结合共折叠与自由能计算规模化预测E3连接酶调节剂的结合亲和力。

Baker 团队开源 Chaperone：面向 Agent 的蛋白质设计工作流框架

华盛顿大学蛋白质设计研究所等机构发布技术报告，开源 Chaperone 轻量工具框架与 Agent harness，把生成、序列设计、结构预测等工具封装为统一表格接口的 Block，由 ExecutionEngine 分块调度并支持断点恢复。

同一新闻，精选展示《Baker 团队发布 Chaperone 智能体蛋白设计框架，整合 RFdiffusion3 与 50 余种工具》

Recursion 详解其 AI 药物设计平台流程

Recursion 的药物设计高级副总裁 Donovan Chin 介绍，其 AI 原生引擎可在约一天内跑完一轮计算设计循环，将数百万分子快速筛选为可合成的高质量候选短名单。流程先用 Nesso-1 等 3D 结构模型评估结合亲和力，再整合 ADME、效力、模拟与 AI 逆合成等数百个模型，使化学家能探索全新化学空间并预测合成路线。公司称这些分子不仅在计算上有前景，而且在送实验室前即可实际合成。

望石智慧在云栖大会首发小分子医药早研智能体MolVortex

望石智慧在2026云栖大会首发全栈式小分子医药早研智能体MolVortex，以多智能体协同架构和决策罗盘数据底座覆盖情报分析、分子设计、亲和力与口袋分析、合成性与成药性评估等早期研发环节。

Inductive Bio 推出药化智能体 Indy，称数据质控准确率 89% 高于 Claude 与 GPT

Inductive Bio 发布小分子药化助手 Indy，内嵌于其 Compass 平台，可做剂量响应数据质控、FEP 提交、人体剂量预测与 SAR 幻灯片生成。

Terray 在 H100 上实测 NVIDIA BioNeMo 推理内核，TerraBind 三角注意力最高提速 7.1 倍

Terray Therapeutics 在 H100 GPU 上以自有生产架构 TerraBind 为基准，测试 NVIDIA 新发布的 BioNeMo Inference Runtime 内核（CuTeDSL），结果显示其比标准 PyTorch 注意力最高快 7.1 倍，比其现有优化内核栈 cuEquivariance 最高快 1.8 倍。

唯信计算与沐曦股份深化AI制药合作，拓展WeMol开放异构算力生态

唯信计算与沐曦股份围绕AI制药与生命科学计算深化合作，基于WeMol平台、沐曦GPU及MXMACA软件栈完成联合运行环境建设。BoltzGen、Boltz-2、GROMACS分子动力学模块、OpenDDE及沐曦自研MetaxFEP自由能微扰引擎均已集成至WeMol并正式运行，覆盖生成式分子设计、结构与结合亲和力预测、分子动力学模拟及自由能计算等任务。

A-Alpha Bio 推出 Atlas 平台，以实验结合数据缓解 AI 蛋白设计的数据瓶颈

A-Alpha Bio 推出名为 Atlas 的网页平台，提供可授权的机器学习就绪蛋白相互作用数据，并支持按需生成新的结合数据。平台由高通量平台 AlphaSeq 产生数据，采用统一实验条件与标准化对照，使不同实验的数据集可合并用于模型训练与基准评测。

碳硅智慧发布DrugFlow 3.0，推出小分子、大分子、FEP与SciGPT四大产品

碳硅智慧于2026年4月17日发布DrugFlow 3.0产品矩阵，包括小分子发现引擎DrugFlow、大分子设计平台BioFlow、自由能计算平台Inno-FEP和SciGPT及医药数据库。

碳硅智慧将于4月17日举办智能药物研发前沿交流会暨DrugFlow3.0发布会

碳硅智慧宣布将于2026年4月17日线上举办“智能药物研发前沿交流会暨DrugFlow3.0发布会”，届时正式发布以DrugFlow、BioFlow、SciGPT、Inno-FEP为核心的产品矩阵。会议将聚焦AIDD最新学术进展与产业落地路径，设置ADMET模型、全生物分子模态从头设计、知识增强科学工具智能体等主题报告及圆桌讨论。

A-Alpha Bio 推出 AlphaSeq 3D，构建分子胶系统性发现平台

A-Alpha Bio 宣布在其 AlphaSeq 平台上新增 AlphaSeq 3D，可在单次实验中用数百个预验证效应蛋白和靶点筛选数千个小分子，覆盖数千万种潜在三元复合物。