Nature:Shokat团队提出双位点激酶抑制剂设计原则并开发PonatiLink-2
加州大学旧金山分校Kevan M. Shokat与Kevin Lou团队在Nature发表研究,以ABL1和EGFR为模型系统梳理双位点激酶抑制剂的设计原则,并开发出双位点ABL1抑制剂PonatiLink-2。
推荐理由:研究以ABL1与EGFR为模型系统梳理双位点激酶抑制剂的设计参数,为兼顾效力与选择性提供可迁移思路。
加州大学旧金山分校Kevan M. Shokat与Kevin Lou团队在Nature发表研究,以ABL1和EGFR为模型系统梳理双位点激酶抑制剂的设计原则,并开发出双位点ABL1抑制剂PonatiLink-2。
推荐理由:研究以ABL1与EGFR为模型系统梳理双位点激酶抑制剂的设计参数,为兼顾效力与选择性提供可迁移思路。
发表在 Nature Communications 的 GluePlex 研究针对 VAV1 分子胶,在缺少三元复合物实验结构时用 PeSTo 预测接触区域、HADDOCK 对接生成 6 个构象簇模板,再由 Boltz-2 共折叠生成 120 个候选三元结构并按 chainpair_ipTM 筛选。
推荐理由:该研究把蛋白对接、共折叠与自由能计算串成分子胶优化流程,为缺少三元结构的项目提供可迁移做法。
北京大学来鲁华课题组在 Nature Machine Intelligence 发表 SynCraft,让大语言模型提出原子和化学键级编辑指令,由 RDKit 执行、SimpRetro 搜索逆合成路线,以改善生成分子的可合成性。
推荐理由:研究提出让大模型输出原子级编辑指令、由化学软件执行并检验逆合成的分子可合成性优化方法,为生成分子的后续改造提供可复用流程。
Inductive Bio 提出一套将临床前数据转化为人体剂量分布并显式传播实验与模型外推不确定性的框架,在与 Aleksia Therapeutics 的合作中用于三个后期先导化合物的排序。
推荐理由:以三个候选化合物的剂量分布对比说明概率化人体剂量预测如何改变优先级判断,并指出体外重复实验最能降低不确定性。
【全文节选总结】Yang Zhang Lab 提出分子基础模型 Ouroboros,采用表示、重建与性质预测三个正交模块,表示模块以构象空间药效团相似性(CSPS)和分子指纹相似性预训练,在 126248 个分子上构建约 47 亿条相似性标签。
推荐理由:该工作把构象空间与药效团相似性纳入分子基础模型预训练,并在虚拟筛选与多靶点抑制剂发现中给出湿实验证据。
研究以优化亲脂效率为目标,通过基于结构的药物设计发现高选择性IIb型c-Met抑制剂KIN-8741,对D1228X、Y1230X等获得性耐药突变及L1195X/F1200X后口袋突变具广谱抑制活性。
Repare Therapeutics研究团队通过基于结构的药物设计优化,从Centrinone B出发获得口服选择性PLK4抑制剂RP-1664,在临床前展现优异效力、激酶组选择性及药代动力学特征。