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10月29日周四
10月15日周四
  1. 木可AI探索笔记83

    David Baker团队提出文本条件化全原子蛋白生成模型Prompteina,GM2A结合剂湿实验命中率6.7%

    David Baker团队联合新加坡国立大学和AI2提出文本条件化全原子蛋白质结构生成模型Prompteina,以自然语言作为统一条件入口,基底为NVIDIA团队的Complexa。

    推荐理由:梳理Prompteina如何用自然语言统一蛋白生成接口,并完整走通agent设计到湿实验命中的链条。

6月18日周四
  1. Roshan Rao60

    Roshan Rao 发布用公开 API 复现 ESMFold2 规模扩展结果的仓库

    Roshan Rao 表示所有必要参数已更新,并发布仓库 esmfold2-inference-scaling,用于通过公开 API 复现 ESMFold2 的规模扩展结果。其引用的说明指出,规模扩展高度依赖对 pair representation 的扰动,论文结果设置了每轮随机 LM dropout mask、开头随机 LM 输入 mask、每轮重新随机 MSA 子采样和每轮变化的 MSA 列掩码,这些关键参数此前未在公开 API 中暴露,具体设置见补充材料。

    推荐理由:作者公开可复现 ESMFold2 规模扩展结果的推理仓库,并说明此前 API 缺失的关键参数已更新。

6月3日周三
5月27日周三
  1. Alex Rives82

    ESMFold2 发布:面向蛋白预测、设计与发现的开放科学引擎

    Alex Rives 宣布推出 ESMFold2,一个面向蛋白生物学预测、设计与发现的开放科学引擎,称其在蛋白相互作用尤其是抗体上达到当前最优性能。作者称已针对癌症和免疫学相关的五个治疗靶点设计并验证了 miniprotein 结合剂和单链抗体,成功率很高,亲和力达到与治疗活性一致的水平。

    推荐理由:ESMFold2 同时覆盖蛋白相互作用预测与结合剂设计,并给出多靶点湿实验验证结果,可作为评估蛋白基础模型能力的参照。