A-Alpha Bio 发起 Atlas Consortium 数据联盟,GSK、Boltz、Cradle、Dyno Therapeutics 为首批成员
A-Alpha Bio 宣布成立 Atlas Consortium,首批五家创始成员包括 GSK、Boltz、Cradle 和 Dyno Therapeutics,以订阅制按季度设计并共享标准化抗体抗原实验数据。
推荐理由:该联盟以订阅制汇集标准化抗体抗原实验数据,为AI抗体设计提供可比的亲和力与结构训练资源。
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A-Alpha Bio 的蛋白相互作用数据、机器学习设计平台与抗体研发合作。
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A-Alpha Bio 宣布成立 Atlas Consortium,首批五家创始成员包括 GSK、Boltz、Cradle 和 Dyno Therapeutics,以订阅制按季度设计并共享标准化抗体抗原实验数据。
推荐理由:该联盟以订阅制汇集标准化抗体抗原实验数据,为AI抗体设计提供可比的亲和力与结构训练资源。
A-Alpha Bio 推出名为 Atlas 的网页平台,提供可授权的机器学习就绪蛋白相互作用数据,并支持按需生成新的结合数据。平台由高通量平台 AlphaSeq 产生数据,采用统一实验条件与标准化对照,使不同实验的数据集可合并用于模型训练与基准评测。
推荐理由:该平台把标准化实验产生的结合数据组织成可授权数据集,为抗体设计模型的训练与基准评测提供数据来源。
Tamarind Bio与A-Alpha Bio宣布合作,Tamarind Bio用户可将用RFdiffusion、ProteinMPNN等蛋白设计模型生成的抗体序列直接提交至A-Alpha Bio的AlphaSeq平台,获得抗体-靶点对的定量结合亲和力数据。
推荐理由:合作把计算设计的抗体序列接入高通量亲和力测量,为评估AI设计到实验验证的衔接提供参考。
A-Alpha Bio 宣布在其 AlphaSeq 平台上新增 AlphaSeq 3D,可在单次实验中用数百个预验证效应蛋白和靶点筛选数千个小分子,覆盖数千万种潜在三元复合物。
推荐理由:A-Alpha Bio 系统介绍了其分子胶发现平台的工作流,从扩展效应蛋白库到 AlphaSeq 3D 多重筛选,为理解诱导邻近药物的发现路径提供了具体参照。
A-Alpha Bio 宣布参与 DeNOVO Initiative,与劳伦斯利弗莫尔国家实验室等机构开展为期 3 年的合作,用高性能计算和人工智能方法设计可中和未来生物威胁的抗体。
推荐理由:介绍 A-Alpha Bio 参与的多机构抗体设计项目,说明其高通量蛋白互作数据在训练结合预测模型中的角色。
A-Alpha Bio 发布 AlphaBind 预印本,称其为业界领先的抗体优化模型,并已测定第 10 亿次蛋白-蛋白相互作用,为预测蛋白结合提供关键训练数据。预印本链接指向 bioRxiv,具体评测结果与对照设置未在推文中披露。
推荐理由:A-Alpha Bio 公开 AlphaBind 预印本,并称已累计测定十亿次蛋白-蛋白相互作用,为抗体优化模型提供训练数据。
A-Alpha Bio 获美国国防部追加 1450 万美元资助,用于开发快速预测针对潜在生物威胁的治疗方案的机器学习模型。资金来自 JPEO-CBRND,将扩大其与劳伦斯利弗莫尔国家实验室在 GUIDE 项目下的合作。此前两年合作中,A-Alpha 的 AlphaSeq 数据被用于训练预测抗体-抗原结合的机器学习模型,合作范围从冠状病毒扩展到多个未披露的病原体家族。
推荐理由:该资助延续 A-Alpha Bio 与 LLNL 的抗体-抗原结合预测合作,并扩大病原体范围。
A-Alpha Bio 宣布扩大与 Amgen 自 2022 年开始的合作,进一步推进分子胶的理性发现。过去六个月中,A-Alpha Bio 在 Amgen 选定的靶点与一组 E3 泛素连接酶之间发现若干弱相互作用,提示或可通过小分子增强结合来诱导靶点降解;Amgen 随后对新识别的连接酶-靶点配对进行了验证。双方现将扩大合作,进一步研究选定配对,以期为分子胶降解剂的理性设计提供依据。
推荐理由:A-Alpha Bio 与 Amgen 在已有合作基础上扩大分子胶发现合作,披露了从弱相互作用筛选到靶点降解验证的推进路径。
A-Alpha Bio 宣布与 Gilead Sciences 合作,利用其合成生物学与机器学习专长发现治疗 HIV 的长效生物药。合作将先用 AlphaSeq 平台表征候选药物与 HIV 抗原变体之间的结合亲和力并产生大量数据,再输入机器学习平台 AlphaBind 预测具有更强结合广谱性和抗病毒逃逸能力的蛋白。双方目标是开发高交叉反应性的生物药,以中和多种突变形式的 HIV。
推荐理由:A-Alpha Bio 与 Gilead 合作开发长效 HIV 生物药,展示了 AlphaSeq 与 AlphaBind 双平台在结合广谱性优化上的应用路径。
A-Alpha Bio 与劳伦斯利弗莫尔国家实验室(LLNL)扩大合作,获美国国防部(DoD)追加 240 万美元资助,将合作范围从新冠扩展到 DoD 认定的其他潜在生物威胁。A-Alpha Bio 将用 AlphaSeq 测量抗体与病原体变异体之间数百万个蛋白质-蛋白质相互作用,用于训练机器学习模型,预测交叉反应性和毒株特异性结合剂,以加速未来药物发现。
推荐理由:合作从新冠扩展到其他潜在生物威胁,展示用高通量相互作用数据训练抗体结合预测模型的路径。
A-Alpha Bio 宣布与百时美施贵宝(BMS)合作,发现用于蛋白降解的分子胶靶点。A-Alpha Bio 将识别并表征新型 E3 泛素连接酶与靶点配对,供 BMS 用于分子胶的潜在设计与开发,以诱导靶向蛋白降解。其专有平台 AlphaSeq 用于检测弱蛋白-蛋白相互作用,以支持分子胶的工程化发现。
推荐理由:A-Alpha Bio 与 BMS 就分子胶靶点发现达成合作,可了解其 AlphaSeq 平台在检测弱蛋白互作上的定位。
A-Alpha Bio 宣布与劳伦斯利弗莫尔国家实验室(LLNL)合作,利用 AlphaSeq 产生的结合数据训练机器学习模型,以加速针对新冠变异株的治疗性抗体发现。该项目由美国国防部支持,计划测量数百万量级的蛋白-蛋白相互作用,并借助 LLNL 的计算能力预测抗体与变异株冠状病毒蛋白的结合,作者称该思路也可用于其他快速演化的传染病和生物威胁。
推荐理由:该合作把 AlphaSeq 的大规模蛋白互作测量与 LLNL 算力结合,用于训练预测抗体与变异株结合的模型。
A-Alpha Bio 宣布与 Kymera Therapeutics 建立合作,共同发现并表征 E3 泛素连接酶与高价值治疗靶点的新型配对,用于分子胶的理性前瞻性设计与开发。这是 A-Alpha Bio 在靶向蛋白降解领域公布的首个合作,双方将围绕分子胶靶点的发现与验证展开工作。
推荐理由:A-Alpha Bio 首次公布靶向蛋白降解领域合作,聚焦 E3 连接酶与靶点配对发现,可作为观察分子胶发现路径的案例。
A-Alpha Bio 发布预印本,用 AlphaSeq 技术对 33 种单克隆抗体与数千个 SARS-CoV-2 变异株进行结合测试,在抗体与 RBD 刺突蛋白变异体之间识别出超过 15 万对蛋白质-蛋白质相互作用。作者指出,许多抗体药物正针对 RBD 刺突开发,意外突变可能使病毒逃逸抗体治疗。
推荐理由:A-Alpha Bio 用 AlphaSeq 大规模筛查 33 种抗体与数千个变异株的结合,为变异逃逸评估提供高通量方法参照。
A-Alpha Bio宣布获得比尔及梅琳达·盖茨基金会80万美元资助,将与Lumen Bioscience合作,用AlphaSeq平台产生的数据训练机器学习模型,开发针对肠道和呼吸道病原体的高效、交叉反应疗法。
推荐理由:该资助把AlphaSeq的高通量抗体结合数据与机器学习预测相连,展示了抗体跨菌株反应性开发的合作路径。
A-Alpha Bio 宣布获得美国国家科学基金会 SBIR 二期资助,用于继续开发其 AlphaSeq 平台以发现分子胶。AlphaSeq 结合合成生物学与二代测序,可同时测量两个蛋白库之间的数百万蛋白-蛋白亲和力;一期中公司已在平台上表达 E3 泛素连接酶与靶蛋白,并正确观察到由现有分子胶增强的蛋白相互作用。
推荐理由:A-Alpha Bio 公布 AlphaSeq 在分子胶发现上的可行性验证,并获 NSF SBIR 二期资助继续开发。
A-Alpha Bio 宣布介绍 AlphaSeq 的论文已在 PNAS 发表。文中展示可通过重编程酵母交配同时表征数千个蛋白质-蛋白质相互作用,并观察到改变细胞外环境后相互作用强度的变化。
推荐理由:AlphaSeq 通过重编程酵母交配实现数千蛋白互作并行表征,为结合剂筛选提供可规模化的实验方法。