研究提出在共享隐空间中进行亲和力引导的PDZ结合肽设计

该预印本提出一种深度学习方法，通过定量PDZ-PBM亲和力预测学习PDZ-PBM共享隐空间，并将单靶点、避脱靶和双靶点设计目标表述为该空间中的方向。在DLG4-PDZ3单靶点重设计中，方法给出的100个排名最高候选里有84个落入已发表突变体库实验测得互作适应度的前1%，对比方法为64个；在10残基PDM从头设计中，该方法在四个测试PDZ结构域中的三个取得最高中位计算机结合分数。