BenchMHC 开源框架复现 pMHC 呈递预测模型

Borck 等作者发布开源框架 BenchMHC，仅用公开数据复现、重训和评测 pMHC 呈递模型，并记录复现中的每项实现决策。其 NetMHCpan-4.1 复现达到每等位基因 Mean Top-K 0.794（官方 webserver 为 0.790）、Median FRANK 0.0025（官方为 0.0022），对 28 万条肽/等位基因对打分耗时 27 秒，比原二进制快约 350 倍。 研究指出，在公开 NetMHCpan-4.1 eluted-ligand 数据集中，86% 至 99% 的命中肽存在于人类蛋白质组，而诱饵肽仅约 12%，模型可能借这一差异而非 MHC 结合特征区分二者。作者称，仅在各命中肽的源蛋白内重抽诱饵并匹配半胱氨酸状态，即可将重建 v2.0.0 评测集上的每等位基因 Mean Top-K 从 0.734 提至 0.755，CD8 表位的 Median FRANK 从 0.0025 升至 0.0053。 代码以 Apache-2.0、模型检查点以 CC BY-NC-4.0 许可公开。

AI 根据报道生成 · 12 天前更新