arXiv · q-bio.BM (生物大分子)· Valeria B. C. Visani, Simone Reale, Alfonso Gautieri, Elisabetta Di Nitto·· 4 天前精选AI 评分58
混合量子-经典退火用于蛋白质侧链优化:一项可行性研究
Hybrid Quantum-Classical Annealing for Protein Side-Chain Optimization: A Feasibility Study
AI 导读
研究将蛋白质侧链优化建模为二元二次规划,在20个实验测定的蛋白质结构衍生的40个实例上比较D-Wave混合求解器与商业求解器Gurobi。实例最多约200个氨基酸、2000个二元变量,混合求解器运行5秒,Gurobi分别运行10秒、1000秒和4小时;混合求解器在存在认证最优解时达到该最优解,在较小实例上与Gurobi持平,在较大实例上找到能量更低的解。
推荐理由
可行性研究把蛋白质侧链优化建模为二元二次规划,在真实结构实例上比较量子混合退火与经典求解器。
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