AI制药日报|大分子/小分子/虚拟细胞多项研究进展
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法,在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token,在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示,五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线,但同物种内优势有限。
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法,在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token,在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示,五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线,但同物种内优势有限。
本期日报收录谷歌DeepMind的Antigravity化学信息学技能演示,智能体可整理文献与分子数据、调用化学工具分析并协助提出待验证设计方案,官方称部分原需多天的工作可在约一小时内完成,但设计结果仍须实验验证。
Open Targets 发布临床数据挖掘管线 Mira(Multi-source Indication & Report Analytics),整合 ClinicalTrials.gov、DailyMed、PMDA、EMA 等 23 个来源,在 26.09 版本产出 289,954 条临床报告、覆盖 13 个研发阶段。
推荐理由:介绍 Open Targets 新临床数据管线如何整合 23 个来源并重估靶点临床先例,可了解其数据口径与阶段映射变化。
EMBL-EBI 研究负责人 Julio Saez-Rodriguez 等人在一篇 Perspective 文章中讨论生物医学基础模型的基准评测,提出数据质量、模型仓库与评测框架三个相互关联的支柱,并主张将性能评估与方法开发隔离、由独立方在未见数据上评测。
推荐理由:EMBL-EBI 研究负责人系统梳理生物医学基础模型基准评测的三角框架与独立评测原则,为理解模型评测争议提供参照。
Open Targets Platform 26.06 已上线,基线表达数据新增 Tabula Sapiens 单细胞 RNA 测序与 PRIDE 质谱蛋白组数据,可在组织层级之外浏览细胞类型层级表达。
推荐理由:该版本把单细胞与蛋白组表达数据纳入靶点优先级评分,并公开了临床挖掘与L2G管线的具体改动。